在gromacs中使用grompp命令报错，报错的内容为 Atom index in bonds out of bounds

暮晨 · 发表于 Post on 2024-10-20 22:42:17

我想用gromacs模拟水中两个小分子的对接动力学，在gromacs中输入gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr后，gromacs出现报错。我查了之前有相同错误的帖子，但情况不是同一种，我想问下这个错误有什么解决方法吗？

chcl.itp (8.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

topol.top (1.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

urea.itp (2.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

pal · 发表于 Post on 2024-10-21 10:29:03

本帖最后由 pal 于 2024-10-21 10:31 编辑

错误信息不是挺清楚的，问题是urea.itp，力场文件里面只有6个原子，然后在bond信息以及后面的信息里面却有序号7和序号8

暮晨 · 发表于 Post on 2024-10-21 10:43:53

pal 发表于 2024-10-21 10:29
错误信息不是挺清楚的，问题是urea.itp，力场文件里面只有6个原子，然后在bond信息以及后面的信息里面却有 ...

我刚刚更改了一下itp文件，现在所有文件数量都是一样的了，问题解决了，谢谢！

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[GROMACS] 在gromacs中使用grompp命令报错，报错的内容为 Atom index in bonds out of bounds