求助，packmol生成体系无法跑能量最小化

zhijiu · 发表于 Post on 2024-10-21 10:21:16

各位老师好，我用packmol生成了一个比较拥挤的体系，然后跑能量最小化，总是显示有原子重叠，“Energy minimization has stopped because the force on at least one atom is not finite. This usually means atoms are overlapping.”我用vmd尝试移动重叠原子，但是因为体系比较致密，重叠的原子比较多，而且也很难把重叠的原子移动到合适的位置上。但是如果我把体系建的稍微松散一点，跑能量最小化是没问题，但是跑NVT盒子会出现空的地方，这不是说明体系确实比较松散吗？但是稍微致密一点的又不行。请问该如解决？因为我本身就是想要建立一个致密体系。

dzdhp · 发表于 Post on 2024-10-21 10:34:12

直接npt不就紧了

zhijiu · 发表于 Post on 2024-10-21 10:44:10

本帖最后由 zhijiu 于 2024-10-21 10:52 编辑

dzdhp 发表于 2024-10-21 10:34
直接npt不就紧了

因为我想要的是致密的体系，而不是松散的，但是致密的体系连能量最小化都跑不过去。如果我用松散的体系跑npt后，盒子能变小，但是因为我是需要溶剂的占盒子体积配比来做的，所以其实就会有个问题，因为不知道NPT后盒子会缩窄到什么程度。

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-21 11:29:30

根据实验上或者模拟纯体系得到的质量密度，以及单分子质量，很容易就知道两类分子在盒子里各充满一半需要填充多少两种分子，建模后跑NPT就完了

zhijiu · 发表于 Post on 2024-10-21 16:42:22

sobereva 发表于 2024-10-21 11:29
根据实验上或者模拟纯体系得到的质量密度，以及单分子质量，很容易就知道两类分子在盒子里各充满一半需要填 ...

老师，您的意思是不跑能量最小化，直接跑NPT吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-21 20:55:53

zhijiu 发表于 2024-10-21 16:42
老师，您的意思是不跑能量最小化，直接跑NPT吗？

初始结构有明显不合理的接触才有做em的绝对的必要。如果原子间距离都足够大就可以省略em（如果NPT直接跑起来确实不报错就说明em可以省略）

zhijiu · 发表于 Post on 2024-10-22 10:15:33

sobereva 发表于 2024-10-21 20:55
初始结构有明显不合理的接触才有做em的绝对的必要。如果原子间距离都足够大就可以省略em（如果NPT直接跑 ...

好的，我知道了，谢谢老师

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