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[GROMACS] 求助,聚合物塑料粒子模型加水后模拟报错的问题?

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本帖最后由 zyp1999 于 2024-10-24 16:34 编辑

求助各位大佬,我前期用packmol建了sds包围的MMA粒子模型(图1),让它在水中跑完5ns的md之后提取出了sds+MMA的粒子构型,想复制几个之后再重新加水,组成体系(图2)去跑后续的过程。但是重新加完水之后就报错了,我试了把粒子附近的水去除,选取距离sds和MMA一定距离之外的水(sameresidue as {water not within 15 of resname MMA SDS}),也依旧报错,我猜测是存在一些不合理的接触,但是具体不知道如何处理,该怎么解决?

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