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[GROMACS] 如何在动力学模拟过程中寻找复合物最稳定的构象?

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楼主
各位老师好,我的体系是蛋白配体复合物,先前使用Gromacs进行了50ns的分子动力学模拟,想了解一下常见的在模拟过程中寻找能量最稳定构象的方法,我目前知道的有使用gmx sham命令得到能量、RMSD、Rg三者之间的关系,然后制作3D自由能形貌图找寻能量最低点。想问一下除了这种方法还有没有别的方法?

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发表于 Post on 2024-10-30 01:56:15 | 只看该作者 Only view this author
MMPBSA计算各帧体系能量,然后排序
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-31 11:23:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-30 01:56
MMPBSA计算各帧体系能量,然后排序

谢谢sob老师

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