amber能截取蛋白和肽链的作用区域吗？（能不能截取簇来做量化）

Ruzhuang · 发表于 Post on 2024-10-29 23:37:14

我的体系是肽链和大分子蛋白作用，目前分子对接以及MD都已经跑完了，接下来我想用sob老师之前说的簇模型的方法对体系进行弱相互作用的分析，但是目前我不知道怎么构建簇模型，我按照sob老师的方法用vmd当中的语句去构建没问题，我想问下amber里边有没有截取簇模型的工具，因为我跑了1250帧，我的想法是取这两者构象概率比较大的模型来截，不知道amber里边的clustering是用来截取簇模型的吗，还是说他只是来判断哪一个构想概率比较大的呢？
我的肽链是7个残基的，图一是我准备的脚本，图二是amber里边的板块。谢谢各位大佬指点

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-30 00:36:49

本帖最后由 student0618 于 2024-10-30 00:39 编辑

cpptraj 的cluster 是做 clustering analysis 不是截取簇模型，而是找轨迹中有代表性的帧

截取部分的话可用例如

strip !(:1-9<:3.0)

复制代码

这句代表删除“不是距离残基1-9 3埃内的残基”(换句话说，即保留残基1-9及其3埃内的残基）。当然要用来作簇模型要再修一下。

更多cpptraj和amber mask的用法可参考Amber手册。

Ruzhuang · 发表于 Post on 2024-10-30 10:14:33

student0618 发表于 2024-10-30 00:36
cpptraj 的cluster 是做 clustering analysis 不是截取簇模型，而是找轨迹中有代表性的帧

截取部分的话 ...

那么怎么导入轨迹呢，因为这1250帧每一帧的构象豆不一样

Ruzhuang · 发表于 Post on 2024-10-30 15:45:39

student0618 发表于 2024-10-30 00:36
cpptraj 的cluster 是做 clustering analysis 不是截取簇模型，而是找轨迹中有代表性的帧

截取部分的话 ...

用strip命令的话，即使把轨迹文件导入进去，也会出现出来1250个构象，那么如何在这1250个构象里选取最具有代表性的那个呢

18217265596 · 发表于 Post on 2024-10-31 10:02:14

Ruzhuang 发表于 2024-10-30 15:45
用strip命令的话，即使把轨迹文件导入进去，也会出现出来1250个构象，那么如何在这1250个构象里选取最具 ...

你首先要定义：“具有代表性”

Ruzhuang · 发表于 Post on 2024-10-31 10:38:21

18217265596 发表于 2024-10-31 10:02
你首先要定义：“具有代表性”

谢谢老师，我可不可以先用clustering先定义出来最有代表性的那一帧，然后再用strip去截取呢？

18217265596 · 发表于 Post on 2024-11-2 09:35:45

Ruzhuang 发表于 2024-10-31 10:38
谢谢老师，我可不可以先用clustering先定义出来最有代表性的那一帧，然后再用strip去截取呢？

当然可以

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