能否用lammps计算gromacs轨迹的原子温度

yiranfengbai · 发表于 Post on 2024-11-2 02:33:24

老师您好，我想得到MD模拟过程中不同时刻下每个原子的温度，然后绘制温度分布云图。因为查询到lammps可以将原子的温度输入到dump文件中dump 1 all custom 1000 filename.xyz id type x y z v_TEMP，所以考虑能否使用lammps实现这一目的。目前只有gromacs的轨迹md.gro，请问该怎么做呢？是否是先通过ovtio转化为dump格式，然后lammps中重新做计算呢？

thor · 发表于 Post on 2024-11-2 11:36:50

mdnanlysis直接读取gromacs轨迹

yiranfengbai · 发表于 Post on 2024-11-2 16:00:32

thor 发表于 2024-11-2 11:36
mdnanlysis直接读取gromacs轨迹

您好，您能具体说一下吗？我之前没用过mdanalysis，今天试着安装了很久也没成功

thor · 发表于 Post on 2024-11-2 16:28:38

yiranfengbai 发表于 2024-11-2 16:00
您好，您能具体说一下吗？我之前没用过mdanalysis，今天试着安装了很久也没成功

用conda装应该很容易啊，然后用这个动能公式计算。注意输出的轨迹需要带有速度（trr文件）

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[Lammps] 能否用lammps计算gromacs轨迹的原子温度