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[Gaussian/gview] Gaussian 16 / GaussView 6 新功能

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发表于 2017-1-18 20:07:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-4-20 03:28 编辑

本文在 (1) 在文章内容开始前注明出处、作者 (2) 非商业用途 的前提下可以任意转载。
(以我感觉对我的实用性为序)

P.S. G16的第一个公开版本是Gaussian 16 A.03

Gaussian 16 新功能

  • 支持在限制性优化、柔性扫描等任务中,使用新的广义内坐标定义方式 (一门小语言,这是新Gaussian里面唯一令我眼馋的东西 →_→,非常灵活)

              通过 geom=GIC 声明一个新的输入段落编写下列内容
              可以定义几何变量名,如 HOH=A(2 , 1 , 3);对变量进行运算;运算中修改数值;使用条件控制语句;协同的限制性优化、柔性扫描

              支持的几何变量函数:
                            原来的键长、键角、二面角、线性弯曲 R、A、D、L
                            原子坐标分量 X、Y、Z
                            n个原子的重心分量 XCntr、YCntr、ZCntr (如XCntr(1 , 12 - 15 , 27) 表示这5个原子重心的原子坐标 X 分量)
                            两向量的点积 DotDiff(i , j , k , l) = ( i - j ) · ( k - l ),其中 i , j , k , l 为原子序号对应的坐标向量

              支持的数学运算:加、减、乘、除、乘方,开方 SQRT,指数 EXP,三角函数 SIN、COS、TAN,ARCCOS

              支持的操作:
                            冻结     Frozen
                            柔性扫描     StepSize=x, NSteps=n
                            (恢复)指定初值     Value=X
                            增加 / 不增加 / 删除冗余内坐标     Active / Inactive / Kill
                            输出值     PrintOnly
                            指定初始Hessian中的相应对角项数值     ForceConstant = x
                            在特定数值区间内时激活选项    Min, Max
                            条件控制语句     OnlyIf, IfNot

              使用示例:
无标题12.png

  • 计算两分子/两分子片段间的电子能量转移速率(rate of EET),可用于考察光化学中的常见过程如 M* + A --> M + A*
  • 新方法:
              半经验:PM7
              泛函:M08系列(?)MN15MN15L
              双杂化:DSDPBEP86PBE0DHPBEQIDH
  • 更好的 GEDIIS 几何优化方法
  • 提供 opt=recalc 选项代替原来隐藏的 IOp(1/40=n) 选项,在优化过程中每隔n步计算一次精确 Hessian
  • TD-DFT 解析 Hessian (可用于激发态频率、红外拉曼、过渡态优化、IRC);(注:不支持TD+SCRF的解析频率,即只能不加溶剂做)
  • 提供高斯与 C++, Fortran, Python, Perl 的接口
  • 优化核数较多时高斯的并行效率
  • 可以指定 Gaussian 使用的 CPU 线程号(其实这个功能完全可以通过排队程序管理):
              使用 %CPU=0‑7 可以指定 Gaussian 使用第1个至第8个线程,在只有8个线程的机器上等效于 %nprocshared=8
              使用 %CPU=0-16/2 指定 Gaussian 使用第 1、3、5、7、9、11、13、15 号线程,主要用于防止挤在某核超线程出来的两个线程中、及在多 CPU 的机器上均衡负载
              P.S. Gaussian 官方推荐关掉超线程了,WTF!抽空发个评测打脸。
  • 支持在命令行或环境变量中定义原来的各 %link0 选项

  • 修改了一些默认设置
              全面提升各种默认积分精度:
                            默认积分精度从 1E-10 修改为了 1E-12,等价于默认 int=ACC2E=12
                            在所有 DFT 计算中默认 int=UltraFine (吃饱了撑的?)
                            CPHF 默认 int=SG1
              修改默认内存使用量至 %mem=800MB
              SCRF默认算法修改为“symmetric form of IEFPCM”,之前没有这个功能(竟然不是SMD)
              使用2010年公布的基本物理常数
              竟然没有改进 IRC 算法、也没有改默认 IRC 选项


GaussView 6 (都比较实用,好评)

  • 支持简单的构象搜索(感觉类似HyperChem,随机笛卡尔坐标移动、随机二面角旋转、随机环构象翻转)

无标题12.png

  • 支持MMFF94力场(此条未列出,根据上一条发现)
  • 创建初猜结构时使用对称性工具降低(破坏)分子对称性
  • 支持对一批分子使用同一套关键词批量创建输入文件
  • 自带简单的任务排队功能
  • Summary可以显示更多实用的量
无标题12.png

  • 同时显示多个光谱
无标题12.png

  • 曲线似乎好看点儿了(此条也未列出,据图发现)
  • 支持通过鼠标拖动轨迹快速选择原子
无标题12.png

  • 创建计算时有更多鼠标能点出来的选项(%oldchk,预览产生的输出文件,等)
  • 保存MP4格式动画视频
  • 显示PCM溶剂空腔
  • 显示非谐振振动光谱、ORD、振动耦合电子光谱结果

以及我觉得我用不着的 Gaussian 16 新功能:

  • GPU加速:Linux 下支持 HF 和 DFT 计算中用 Tesla K40、K80 显卡加速(支持的GPU、价格都一个顶俩CPU →_→,思路新颖)
  • 优化内存使用策略,避免(减少?)了CCSD迭代过程中读写硬盘
  • 优化活性空间>10*10的CASSCF,可以做包含16个轨道的活性空间的CASSCF
  • 大幅优化W1热力学组合方法中核相关能的计算
  • EOMCC 解析梯度 (几何优化)
  • 可在用非谐振模型计算 VCD 和 ROA 谱
  • 振动耦合电子光谱及峰强度计算

以及我不知道什么意思的 Gaussian 16 新功能:

  • Adamo excited state charge transfer diagnostic (仿佛是某种激发过程的波函数分析方法?)
  • The EOMCC solvation interaction models of Caricato
  • Gaussian 16 incorporates algorithmic improvements for significant speedup of the diagonal, second-order self-energy approximation (D2) component of composite electron propagator (CEP) methods as described in [DiazTinoco16].


应有(期待)却没有更新的功能:(参考 7L of http://bbs.keinsci.com/thread-1802-1-1.html

  • 高效率 RI 加速(看来 ORCA 还能活的很好)
  • 方法:PWPB95、CASPT2、KT 泛函、CC2、CC3、DSD-BLYP、MP2.5、SCS-MP2
  • 基组: LanL2TZ, LanL08/LanL08(d), def2-xZVPD (分明是举手之劳。。。)
  • CDFT
  • DKHSO of DFT;态-态旋轨耦合
  • 可接受的高维PBC
  • Linda 并行效率
  • 能量分解

  • (?) IOp(5/13=1) 的警告(未知,之前向Gaussian客服提出这个意见,其表示接受)
  • (?) 输出的改进
  • (?) 报错的改进


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 楼主| 发表于 2017-1-18 20:40:04 | 显示全部楼层
→_→ 一开始没打完就发出去了。。。

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发表于 2017-1-18 20:41:39 | 显示全部楼层
Adamo excited state charge transfer diagnostic
没准是delta_r, D_CT,H, t, 电子,空穴分布RMSD,等一些描述子。
还有就是他的电子空穴密度是根据电子密度差来算的。
十室之邑,必有忠信如丘焉,不如丘之好学也。

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首席卖萌官

发表于 2017-1-18 21:21:05 | 显示全部楼层
李大博士开飞机啦
为雪国耻身先去,重整河山待后生。

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发表于 2017-1-18 22:18:04 | 显示全部楼层
咨询一下,新的支持激发态频率计算了吗?
有梦想,才有实现。奋斗吧,骄傲的少年。

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发表于 2017-1-18 22:26:31 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2017-1-18 22:18
咨询一下,新的支持激发态频率计算了吗?

TDDFT支持解析 Hessian,频率计算速度大幅提高

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发表于 2017-1-18 22:30:11 | 显示全部楼层
遗忘爱神 发表于 2017-1-18 22:26
TDDFT支持解析 Hessian,频率计算速度大幅提高

偶?也就是支持解析求解激发态频率了?我记得当时群里说只能算gas下,溶剂中也能算吗?谢谢
有梦想,才有实现。奋斗吧,骄傲的少年。

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 楼主| 发表于 2017-1-18 23:08:17 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2017-1-18 22:30
偶?也就是支持解析求解激发态频率了?我记得当时群里说只能算gas下,溶剂中也能算吗?谢谢

不支持。http://gaussian.com/scrf/ availablility可以看到 TD+scrf只支持数值频率

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发表于 2017-1-19 18:14:24 | 显示全部楼层
大博士们,期待资源

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发表于 2017-1-19 18:37:41 | 显示全部楼层
遗忘爱神 发表于 2017-1-18 22:26
TDDFT支持解析 Hessian,频率计算速度大幅提高

欧?支持了吗?我看楼主说不支持呢,谢谢哈
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 楼主| 发表于 2017-1-19 18:42:34 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2017-1-19 18:37
欧?支持了吗?我看楼主说不支持呢,谢谢哈

支持气相,不支持和scrf联用时的解析频率

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发表于 2017-1-19 19:13:50 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2017-1-19 18:42
支持气相,不支持和scrf联用时的解析频率

偶,这样子啊,气象和scrf之间差距很大吗,是不是很难实现,不懂,嘿嘿。如果这样的话,那就不买了。本来就是想计算溶剂中的。谢谢了哈
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发表于 2017-1-20 03:17:18 | 显示全部楼层
是不是RI还是有问题,不被大多数人认可?
GPU是新的尝试吧, 但是受制于内存问题,加速效果并不明显,8个GPU才能达到2倍的加速, 根本用不起啊

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发表于 2017-1-20 08:23:47 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2017-1-19 19:13
偶,这样子啊,气象和scrf之间差距很大吗,是不是很难实现,不懂,嘿嘿。如果这样的话,那就不买了。本来 ...

用oniom(td:amber)模拟溶剂化效应,解析频率应该可以了吧?

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发表于 2017-1-20 09:46:46 | 显示全部楼层
新的内坐标能够约束两个PI平面保持平行或者垂直么?
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