计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 58|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 周期扰动法模拟甘油三酯(C57)的粘度与实验值相差很大(10-100倍),求帮忙排查错误

[复制链接 Copy URL]

4

帖子

0

威望

87

eV
积分
91

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
用周期扰动法对甘油三酯的粘度进行模拟,我目前使用的流程是:
建模:建立分子模型-结构优化-packmol建立盒子-用LigParGen得到itp文件(电荷用Multiwfn计算的1.2*CM5原子电荷取代),然后include进top文件。

模拟:em-nvt退火-npt_eq平衡相-nvt_eq平衡相-nvt_vis生产相
细节:npt平衡先用的使用V-rescale方法和Berendsen方法在1000bar下进行模拟(1bar收敛太慢),然后换成1bar,等温度和压强达到设定值后换用Nose-hoover 方法和Parrinello-Rahman进行平衡。nvt平衡相使用的是Nose-hoover 方法控温。平衡相是否平衡参考sob老师的博文《谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元》,检查的rmsd曲线均已收敛。
我的猜测:在npt平衡相后使用gmx energy 从平衡开始对密度采样,平均值和实验值差不多,系统能量、体积和box的z方向长度也已经收敛了。所以我怀疑是后面nvt模拟的问题,这里贴上nvt_vis.mdp
另:附上itp文件和npt_eq.mdp(模拟是用  gmx convert-tpr  一段一段跑的,最后加到rmsd收敛为止,所以mdp文件里的模拟时长不够)。我浏览了所有含有粘度的帖子,还是不知道自己哪里有问题,解决不了。请各位老师帮忙看看,非常感谢。
integrator               = md               
nsteps                   = 5000000   
dt                       = 0.001            
comm-grps = system


; Output control
nstxout                 = 1000            
nstvout                 = 1000         
nstenergy               = 10            
nstlog                  = 1000         
nstxout-compressed      = 10           
compressed-x-grps = system
nstcheckpoint = 1000


; Neighbor searching and cutoffs
pbc                     = xyz            
cutoff-scheme           = Verlet         
coulombtype             = PME            
rcoulomb                = 1.5            
vdwtype = cut-off
rvdw                    = 1.5               
Dispcorr                = Enerpres
        
cos-acceleration = 0.025



; Temperature coupling with annealing
Tcoupl                  = nose-hoover      
tc-grps                 = System         
tau_t                   = 0.2               
ref_t                   = 273.15           


; Pressure coupling (disabled for NVT)
Pcoupl                  = no               
Pcoupltype               = isotropic         
tau_p                    = 2.0               
ref_p                    = 1.0               
compressibility          = 4.5e-5            


gen_vel = no
gen_temp =273.15
gen_seed = -1




npt2.mdp

643 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

molecule2.itp

94.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 01:00 , Processed in 0.272577 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list