两个蛋白对接复合物模拟位点与已知的结合位点符合程度较低

模拟xiaobai · 发表于 Post on 2024-11-7 19:49:29

我是先将两个蛋白进行对接，选取得分最高的复合物做了400ns的模拟，模拟的mdp文件设置了comm-grps = protein，comm-mode = angular限制蛋白复合物整体的平动转动，然后根据rmsd等数据判断模拟此时达到了平衡，但是我做能量分解时发现起主要作用的残基及它们所处的位置与已知的这两个蛋白的结合位点不同。
我目前有几个想法是：只选择限制受体的平动转动，或者在对接的时候看着选取一个对接位点与已知结合位点相似度更高的，或者直接在空间中放入这两个蛋白去观察它们的结合情况
想请教一下应该怎么做更好一点，或者有什么其他建议，非常感谢

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-7 21:45:52

是对接结果已经和已知位点不同？还是MD时跑开跑到其他地方了？

模拟xiaobai · 发表于 Post on 2024-11-8 09:28:57

student0618 发表于 2024-11-7 21:45
是对接结果已经和已知位点不同？还是MD时跑开跑到其他地方了？

是与已知位点不同

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-8 10:12:43

模拟xiaobai 发表于 2024-11-8 09:28
是与已知位点不同

我的意思是，问题出在对接结果上吗？对接结果是否在已知位点不同？还是对接结果是已知位点，但MD时跑到其他地方了？
只看描述不知道是对接已经出问题，还是MD的问题。

模拟xiaobai · 发表于 Post on 2024-11-8 16:59:09

student0618 发表于 2024-11-8 10:12
我的意思是，问题出在对接结果上吗？对接结果是否在已知位点不同？还是对接结果是已知位点，但MD时跑到其 ...

哦哦，明白您的意思了，我是对接的时候最高分的那个位置看着就与已知位点不太一致

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-9 00:11:13

有没有证据证明他一定会在已知位点结合？如有，可以试一下其他对接程序，或是对接时指定该位置。有些蛋白对接程序如haddock(没有记错light dock好像也可以)可以加这些条件。

用MD sample PPI binding modes不是不行，但通常要用增强采样的方法如metadynamics 或GaMD，而且需时很长。

模拟xiaobai · 发表于 Post on 2024-11-9 10:14:31

student0618 发表于 2024-11-9 00:11
有没有证据证明他一定会在已知位点结合？如有，可以试一下其他对接程序，或是对接时指定该位置。有些蛋白对 ...

好的，明白了，非常感谢

模拟xiaobai · 发表于 Post on 2024-11-9 10:26:12

student0618 发表于 2024-11-9 00:11
有没有证据证明他一定会在已知位点结合？如有，可以试一下其他对接程序，或是对接时指定该位置。有些蛋白对 ...

您好，我还想问一下因为已知结合位点是确定在蛋白中的一个结构域，我可不可以在多个对接结果中去挑选在这个区域发生结合的模型去进一步模拟呀

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-9 11:51:46

可以，分数只是个参考，应以实验数据爲准。

模拟xiaobai · 发表于 Post on 2024-11-15 14:42:38

student0618 发表于 2024-11-9 11:51
可以，分数只是个参考，应以实验数据爲准。

感谢

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[GROMACS] 两个蛋白对接复合物模拟位点与已知的结合位点符合程度较低