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[GROMACS] 进行分子动力学模拟定义盒子,选择水模型时遇到问题

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各位老师们,我在使用gromacs进行生物体系(蛋白配体复合物)的分子动力学模拟时遇到以下几个问题:
1.在选择盒子时,十二面体是官网推荐的,我选择的十二面体,但是蛋白质没有位于盒子中心,这种情况对模拟有啥影响吗,那请问我应该继续用这个盒子还是选择别的?选择盒子有没有什么要求?
2.我使用的是Amber99SB+GAFF力场,请问水模型能否选择SPC?

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发表于 Post on 2024-11-10 19:08:22 | 只看该作者 Only view this author
1 你必须修正盒子的unit representation才能看到处于中心

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)里我专门讲了这点






2 蛋白质部分建议用更好的AMBER14SB,结合TIP3P水模型(已知是AMBER14SB最好的组合)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-11 16:51:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-10 19:08
1 你必须修正盒子的unit representation才能看到处于中心

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://w ...

好的,我试一试,谢谢老师!

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