计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 113|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Molclus] 求助为什么用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化时traj.xyz无法识别

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

115

eV
积分
122

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 科研小白0126 于 2024-11-11 10:45 编辑

各位老师好,我最近在学习sob老师的使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索(http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html),想要通过Molclus结合xtb去进行构象搜索,但是在第二步./molclus的时候出现了下面这种情况,我看了我的轨迹并没有跑散,这是什么原因导致的,我的md.inp用的sob老师案例里的写的,望各位老师能给予指导,谢谢各位老师。

捕获.PNG (35.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

捕获.PNG

md.inp

104 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

traj.zip

8.17 MB, 下载次数 Times of downloads: 4

settings.ini

2.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-11-11 03:01:41 | 只看该作者 Only view this author
上传压缩后的traj.xyz、molclus的settings.ini
截图别就截那么一丁点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

7

帖子

0

威望

115

eV
积分
122

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-11 09:55:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-11 03:01
上传压缩后的traj.xyz、molclus的settings.ini
截图别就截那么一丁点

好的老师,已上传,我在vmd中看不出他跑散呀

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-11-11 10:19:01 | 只看该作者 Only view this author
科研小白0126 发表于 2024-11-11 09:55
好的老师,已上传,我在vmd中看不出他跑散呀

仍然没给更完整的截图
谁也没说和什么跑散有任何关联,别胡思乱想
没事甭用GFN0-xTB,精度太糙。对普通有机体系,用这个甚至还不如用GFN-FF


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

7

帖子

0

威望

115

eV
积分
122

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-11 10:47:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-11 10:19
仍然没给更完整的截图
谁也没说和什么跑散有任何关联,别胡思乱想
没事甭用GFN0-xTB,精度太糙。对普通 ...

老师我上传了之前错误的完整截图,这是因为我精度不够造成的吗,之前看也有人在论坛里发过类似的,有人建议降低温度,您看这样有用吗

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2024-11-12 11:16:37 | 只看该作者 Only view this author
科研小白0126 发表于 2024-11-11 10:47
老师我上传了之前错误的完整截图,这是因为我精度不够造成的吗,之前看也有人在论坛里发过类似的,有人建 ...

traj.xyz文件末尾不完整。用文本编辑器打开拉到最后便知

并且看此文了解xyz格式
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 06:34 , Processed in 0.169200 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list