Gromacs成品模拟时报错Both parameters in the gamma distribution must be >0.

Mingyu · 发表于 Post on 2024-11-12 12:05:11

如图所示，做完能量最小化之后用NVT系综进行成品模拟，输入

gmx mdrun -v -deffnm nvt 后

报错：
Program: gmx mdrun, version 2022
Source file: src/gromacs/random/gammadistribution.h (line 169)
Function: gmx::GammaDistribution<RealType>::param_type::param_type(gmx::GammaDistribution<RealType>::result_type, gmx::GammaDistribution<RealType>::result_type) [with RealType = float; gmx::GammaDistribution<RealType>::result_type = float]

Error in user input:
Both parameters in the gamma distribution must be >0.

试图找到src/gromacs/random/gammadistribution.h这个文件无果，不知道是哪里出了问题，网上也没见过别人有这个报错。
求各位大佬帮忙看看，谢谢！@sobereva @Frozen-Penguin

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-12 12:55:18

起码把mdp贴出来
并且先尝试纯用CPU跑

Mingyu · 发表于 Post on 2024-11-12 15:11:17

sob老师，这是我的mdp文件，itp文件和top文件（分子筛的itp太大了传不上来），跑的是分子筛和有机分子的体系，以前类似的体系都是用GPU运行的，没有出现过这个错误。@sobereva

Mingyu · 发表于 Post on 7 day ago

解决了，是冻结维度和温控的冲突，将冻结组排除在温控之外就好
tc-grps = SIO BEN
tau_t = 0.1 0.1
ref_t = 473 473

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