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[新手求助] 优化三个分子1:3:1比例的时候segmentation violation报错求助

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请教各位老师,在优化三个分子1:3:1比例的时候计算四个小时后出现segmentation violation报错,输入文件如下:

%chk=x.chk
%mem=30GB
%NPROC=30
# opt freq b3lyp/6-31+g(d,p)

Title Card Required

0 1
O                 -7.42899960    0.65123905    2.71267048
O                 -6.38259154   -3.92165145    4.03404651
C                 -6.58449725   -0.35016962   -0.71301317
C                 -7.16020084    0.38192326    0.36924834
C                 -6.86543431    0.03202421    1.71649693
C                 -5.94767840   -0.99656233    1.93087124
O                 -5.51331307   -1.52621716    3.07235872
C                 -5.36145372   -1.59359609    0.87523318
C                 -4.26911410   -2.43953821    1.35973840
C                 -4.69652648   -2.72931591    2.80166007
C                 -5.49625682   -4.05513169    2.91982172
C                 -6.23176683   -4.42980118    1.62735085
C                 -5.51990041   -4.34412381    0.45873531
C                 -4.13474999   -3.64056775    0.45030674
H                 -3.34924559   -4.29011371    0.77584957
C                 -3.85324266   -3.12839386   -0.98869570
N                 -2.64409168   -2.26310891   -0.98876755
C                 -2.42816471   -1.76740183   -2.35571108
C                 -2.77809266   -1.11451181   -0.08975394
C                 -2.99588565   -1.60467682    1.34659543
C                 -5.15218766   -2.39784067   -1.48546429
C                 -5.70967121   -1.41376627   -0.42880943
H                 -7.21652756    0.40172538    3.61499902
H                 -6.99684106   -3.20235719    3.86996893
H                 -6.82293207   -0.09921941   -1.72547268
H                 -7.82345832    1.19645905    0.16550063
H                 -3.88782293   -2.84272209    3.49306087
H                 -4.81807523   -4.86632192    3.08399231
H                 -7.23827084   -4.79264322    1.64188798
H                 -5.91593521   -4.76161812   -0.44334612
H                 -3.66409560   -3.94397732   -1.65499538
H                 -2.30675884   -2.59672385   -3.02083655
H                 -1.54816837   -1.15917565   -2.37968843
H                 -3.27238037   -1.18548661   -2.66159428
H                 -1.88740109   -0.52306672   -0.13174632
H                 -3.61521565   -0.52180113   -0.39441100
H                 -2.16632898   -2.19516202    1.67531891
H                 -3.10591671   -0.76069309    1.99504096
H                 -4.95489657   -1.89167263   -2.40729731
H                 -5.90379578   -3.14472299   -1.63436568
C                 -4.44404460    0.04569846    3.39866921
C                 -4.82261017    0.46580557    2.16709334
C                 -5.86089559    1.32654095    2.03422779
C                 -6.23945721    1.74664121    0.80264654
C                 -5.57973067    1.30601472   -0.29607228
C                 -4.54143631    0.44528051   -0.16320227
C                 -4.16287585    0.02517928    1.06838377
O                 -3.47991498   -0.75355219    3.52202429
O                 -5.07751868    0.46878891    4.45370454
C                 -5.95830703    1.72613807   -1.52764895
C                 -5.29860379    1.28552561   -2.62638573
H                 -6.38178574    1.67443671    2.90171363
H                 -7.05923753    2.42623365    0.69774816
H                 -4.02053978    0.09737632   -1.03068726
H                 -3.34309506   -0.65441533    1.17329561
H                 -4.80933405    0.17117895    5.32611778
H                 -6.77809965    2.40572919   -1.63252935
H                 -5.59752048    1.61723900   -3.59876497
H                 -4.47881385    0.60593299   -2.52151973
C                -10.09715137    0.71512327    2.07195387
C                -11.42934624    0.82970219    2.29263551
C                -12.14344746   -0.16485728    3.22671714
C                -12.13312573    1.81949171    1.69132619
O                 -9.51362912    1.52778947    1.30864118
O                 -9.42136326   -0.23527493    2.64938972
H                -12.49109444   -1.00177831    2.65785952
H                -11.45992017   -0.50296547    3.97729914
H                -12.97548358    0.31914606    3.69399915
H                -13.18496686    1.90994286    1.86554204
H                -11.63695670    2.51053122    1.04234269
H                 -8.47766380   -0.31645949    2.49305988
C                 -8.55106335   -6.24918590    2.39079501
C                 -9.21902648   -6.60949287    3.51354878
C                 -8.43921803   -6.95975223    4.79449169
C                -10.57321617   -6.66156944    3.50906888
O                 -9.18826953   -5.96301597    1.34406395
O                 -7.25073456   -6.19913795    2.39512075
H                 -8.22052539   -8.00712123    4.80376163
H                 -7.52501438   -6.40428036    4.81863124
H                 -9.03029535   -6.71121426    5.65108512
H                -11.10060852   -6.94607690    4.39553104
H                -11.11502920   -6.41818130    2.61906903
H                 -6.77755017   -5.94391843    1.59978551
C                 -3.46273020   -4.57628159   -2.87480602
C                 -3.68392974   -5.82844610   -3.34355613
C                 -3.17281767   -7.04773573   -2.55381262
C                 -4.35490655   -6.00763084   -4.50727634
O                 -3.88033939   -3.57994032   -3.52015668
O                 -2.81847977   -4.40423592   -1.75734454
H                 -2.18349830   -7.29391855   -2.87867480
H                 -3.15783073   -6.81547955   -1.50943122
H                 -3.82200048   -7.88097387   -2.72460985
H                 -4.52953188   -6.99627669   -4.87739486
H                 -4.71005157   -5.16046092   -5.05597846
H                 -2.66176760   -3.51723079   -1.42528762

想问一下如果想优化两个分子之间的不同比例的稳定结构然后计算结合能的话,用高斯是不是不合适,是否有更合适的软件,谢谢!


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发表于 Post on 2024-11-13 10:01:36 | 只看该作者 Only view this author
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-13 10:20:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 TRNA 于 2024-11-13 10:22 编辑

报错部分的截图。

error.png (139.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

error.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-13 10:21:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-11-13 10:01
上传完整输出文件

您好,输出文件太大不能上传,这是报错部分的截图。

error.png (139.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

error.png

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发表于 Post on 2024-11-13 10:37:42 | 只看该作者 Only view this author
TRNA 发表于 2024-11-13 03:21
您好,输出文件太大不能上传,这是报错部分的截图。

报错信息说得很清楚了,FormBX had a problem。这是因为三个原子共线导致的,解决方法在论坛上一搜就有
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-13 10:44:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-11-13 10:37
报错信息说得很清楚了,FormBX had a problem。这是因为三个原子共线导致的,解决方法在论坛上一搜就有

好的老师,我去搜索一下解决方法,谢谢!

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发表于 Post on 2024-11-13 14:37:33 | 只看该作者 Only view this author
TRNA 发表于 2024-11-13 10:21
您好,输出文件太大不能上传,这是报错部分的截图。

论坛首页公告栏、置顶的社员必读贴明确说了,超过500KB的文本文件必须压缩后再试图上传

优化分子复合物用B3LYP不带色散校正完全不能接受,好好看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413


内存甭给得那么抠,看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-13 17:51:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-13 14:37
论坛首页公告栏、置顶的社员必读贴明确说了,超过500KB的文本文件必须压缩后再试图上传

优化分子复合 ...

收到,谢谢老师!

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