用GROMACS做CHARMM36力场的糖模拟报错

baimengyao

老师您好，我已经把下载好的CHARMM36力场解压并放到了gromacs程序的top文件夹下，并且在residuetypes.dat文件中添加了糖的残基名称，如葡萄糖的[BLGLC] ,但是在运行pdb2gmx程序时，一直提示不识别我的残基名，并且似乎当成了氨基酸处理，也尝试过用acpype生成top和gro文件，但似乎不是CHARMM36的参数，请问老师这种问题怎么解决？错误提示及pdb文件如下：
Read 12 atomsAnalyzing pdb file
Splitting chemical chains based on TER records or chain id changing.
There are 1 chains and 0 blocks of water and 1 residues with 12 atoms
chain  #res #atoms
  1 'L'     1     12  

WARNING: there were 0 atoms with zero occupancy and 12 atoms with
         occupancy unequal to one (out of 12 atoms). Check your pdb file.
Processing chain 1 'L' (12 atoms, 1 residues)
Identified residue BLG0 as a starting terminus.
Identified residue BLG0 as a ending terminus.
8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully
Start terminus BLG-0: NH3+
End terminus BLG-0: COO-

-------------------------------------------------------
Program:     gmx pdb2gmx, version 2018.8
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/resall.cpp (line 639)

Fatal error:
Residue 'BLG' not found in residue topology database

我的pdb结构文件如下：
HETATM    1  C6   BLGLC    0      -0.105   2.426  -2.574  1.00  0.00      C
HETATM    2  C5   BLGLC    0       0.104   1.483  -1.409  1.00  0.00      C
HETATM    3  C4   BLGLC    0       1.120   2.004  -0.408  1.00  0.00      C
HETATM    4  C3   BLGLC    0       1.375   0.947   0.640  1.00  0.00      C
HETATM    5  C2   BLGLC    0       1.842  -0.334  -0.021  1.00  0.00      C
HETATM    6  C1   BLGLC    0       0.835  -0.773  -1.075  1.00  0.00      C
HETATM    7  O5   BLGLC    0       0.567   0.254  -1.994  1.00  0.00      O
HETATM    8  O1   BLGLC    0      -0.316  -1.182  -0.367  1.00  0.00      O
HETATM    9  O2   BLGLC    0       2.071  -1.354   0.938  1.00  0.00      O
HETATM   10  O3   BLGLC    0       2.359   1.454   1.528  1.00  0.00      O
HETATM   11  O4   BLGLC    0       0.574   3.178   0.167  1.00  0.00      O
HETATM   12  O6   BLGLC    0       1.081   2.612  -3.325  1.00  0.00      O
HETATM   13  H61  BLGLC    0      -0.398   3.400  -2.192  1.00  0.00      H
HETATM   14  H62  BLGLC    0      -0.910   2.034  -3.202  1.00  0.00      H
HETATM   15  H5   BLGLC    0      -0.847   1.321  -0.895  1.00  0.00      H
HETATM   16  H4   BLGLC    0       2.056   2.224  -0.930  1.00  0.00      H
HETATM   17  H3   BLGLC    0       0.439   0.758   1.177  1.00  0.00      H
HETATM   18  H2   BLGLC    0       2.797  -0.148  -0.511  1.00  0.00      H
HETATM   19  H1   BLGLC    0       1.233  -1.593  -1.672  1.00  0.00      H
HETATM   20  HO1  BLGLC    0      -0.906  -1.623  -0.986  1.00  0.00      H
HETATM   21  HO2  BLGLC    0       1.199  -1.694   1.172  1.00  0.00      H
HETATM   22  HO3  BLGLC    0       2.609   0.726   2.107  1.00  0.00      H
HETATM   23  HO4  BLGLC    0       1.153   3.412   0.902  1.00  0.00      H
HETATM   24  HO6  BLGLC    0       1.376   1.732  -3.581  1.00  0.00      H

sobereva

在residuetypes.dat里添加有什么用，要添加的是rtp文件

baimengyao

老师 可是rtp文件都已经在top下的charmm36力场文件夹下了，里面的内容也是全的，如下：（附件是charmm36里包含的所有rtp）
[ BLGLC ]
; beta-L-glucose
  [ atoms ]
       C1   CC3162  0.3400   1
       H1     HCA1  0.0900   1
       O1    OC311 -0.6500   1
      HO1     HCP1  0.4200   1
       C5   CC3163  0.1100   1
       H5     HCA1  0.0900   1
       O5   OC3C61 -0.4000   1
       C2   CC3161  0.1400   2
       H2     HCA1  0.0900   2
       O2    OC311 -0.6500   2
      HO2     HCP1  0.4200   2
       C3   CC3161  0.1400   3
       H3     HCA1  0.0900   3
       O3    OC311 -0.6500   3
      HO3     HCP1  0.4200   3
       C4   CC3161  0.1400   4
       H4     HCA1  0.0900   4
       O4    OC311 -0.6500   4
      HO4     HCP1  0.4200   4
。。。。。。

sobereva

提示里写明了Residue 'BLG' not found in residue topology database
pdb2gmx找的是BLG

Lecly

pdb2gmx提示你找不到BLG，而不是BLGLC。个人胡乱猜测一下，可能是PDB格式的问题，18-20列记录的是ResName，因此可能只识别到了BLG。

你可以试试rtp中改为BLG。或者干脆从根源入手，统一替换为一个合理的ResName。（注意同时保持其他字段位置合理，可参考https://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/sect9.html）

baimengyao

Lecly 发表于 2024-11-14 13:44
pdb2gmx提示你找不到BLG，而不是BLGLC。个人胡乱猜测一下，可能是PDB格式的问题，18-20列记录的是ResName， ...

非常感谢老师的解答~ 但是我在调整了pdb格式之后 提示我找不到N原子 问题是我的葡萄糖也没有N原子啊 CHARMM36的糖的rtp和tdb也没有N原子，还是当成了氨基酸处理，请问老师这种情况怎么办呢？
Back Off! I just backed up alpha_001.top to ./#alpha_001.top.11#
Processing chain 1 (24 atoms, 1 residues)
Identified residue ALGL0 as a starting terminus.
Identified residue ALGL0 as a ending terminus.
8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully
Start terminus ALGL-0: NH3+
End terminus ALGL-0: COO-

-------------------------------------------------------
Program:     gmx pdb2gmx, version 2018.8
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2top.cpp (line 1149)

Fatal error:
atom N not found in buiding block 1ALGL while combining tdb and rtp

SPHK1

baimengyao 发表于 2024-11-14 16:25
非常感谢老师的解答~ 但是我在调整了pdb格式之后 提示我找不到N原子 问题是我的葡萄糖也没有N原子啊 CHAR ...

你加的是O-GlcNAc修饰吧

chenbq18

baimengyao 发表于 2024-11-14 16:25
非常感谢老师的解答~ 但是我在调整了pdb格式之后 提示我找不到N原子 问题是我的葡萄糖也没有N原子啊 CHAR ...

你修改pdb中残基名后，pdb2gmx在rtp中找到了这个残基。但现在的报错是pdb中残基的原子名与力场文件中的对不上。所以你现在要根据力场文件改pdb中的原子名

wyx2006

解决了吗

baimengyao

wyx2006 发表于 2025-2-3 09:25
解决了吗

葡萄糖模拟解决了，用CHARMM-GUI的GLYCAN READER MODELER模块生成葡萄糖，得到pdb文件之后就可以用CHARMM36力场生产top和gro文件了。