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[VMD] 求助用VMD做gromacs动力学模拟的图时盒子内的分子是残缺的

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用VMD做gromacs动力学模拟的图,我导入轨迹文件后,想对其中一帧作图,但是盒子内的分子是残缺的,有原子跑到盒子的另一侧,我应该如何正确的使用周期性边界条件呢,或者如何适当的加入晶格参数来保证图示内分子的完整性

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2#
发表于 Post on 2024-11-15 12:06:50 | 只看该作者 Only view this author
轨迹先用gmx trjconv -pbc mol 处理。
Yet to be strong in theory, yet to have enough practical skills.
Still I am having fun with MD simulation.

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公社社长

3#
发表于 Post on 2024-11-15 12:08:18 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “用VMD做gromacs动力学模拟的图” 改了,以后务必注意!

trjconv处理轨迹



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