计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 42|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Lammps] ms中建模,lammps加载后元素种类变了

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

72

eV
积分
79

Level 2 能力者

最近才接触lammps,很多基础不太明白,我是参考这篇
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ypeid%26typeid%3D29
不过是在ms里建模,使用vmd导出成data文件,data文件里是这样的:
Masses
1 12.011000 # C
2 18.997999 # F
3 14.007000 # N
4 15.999000 # O
然后输入文件里我这样写的:
pair_coeff            * * ../ff/CHOSFCIN.ff C F N O
我理解的是pair_coeff 后元素种类的顺序和data中的元素种类顺序一致,然后每种元素的符号是按照力场文件里对符号的定义来的。我只改了这两个地方,是不是有别的地方需要改?

运行后查看轨迹时发现结构有一大堆氢,完全不含氟,我不太明白为什么氟会变成氢,并且程序也没报错什么的(只不过在升温后出现了原子丢失然后停了)
力场文件是使用的https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp406248m 的附录2的文件。看起来力场文件有问题的概率比较大?输出日志中在读取了pair coeff后输出了一句警告:
pair_coeff            * * ../ff/CHOSFCIN.ff C F N O
WARNING: Changed valency_val to valency_boc for F (../reaxff_ffield.cpp:296)
但是力场文件有问题会让氟元素直接变成氢元素吗?不太确定究竟是力场文件的问题还是我的输入设置有问题,希望大家能够教教,

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 00:36 , Processed in 0.150944 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list