GMXPBSAtool是否支持 Gromacs2016或5.0

xpyp

借地求个 GMXPBSAtool, 官网上不去.

HarrisLin

xpyp 发表于 2017-11-5 21:31
借地求个 GMXPBSAtool, 官网上不去.

如附件

jackie

根据测试，只要是gmx4.5以上的版本，GMXPBSA均支持计算。只是在脚本自动生成Mm.mdp文件中的一些参数用时过老旧，所以经常出错。如果想使用gmx5.0以上甚至更新的版本来计算就需要在$路径/GMXPBSAtool/print_files.dat文件里找到Mm.mdp对应输出内容的部分进行修改成当前gmx程序支持关键词即可。
GMXPBSA程序优点就是可以较准确处理MM部分计算，因为直接调用gmx程序计算vdW和coul部分，这样我们可以通过修改"epsilon-r        =        1"关键词来控制不同介电常数下静电能的计算，甚至也可以将cutoff考虑进去，这是g_mmpbsa目前无法做到的；
另外，该工具也可以进行丙氨酸扫描，这样就可以来计算氨基酸突变自由能从而评判哪些氨基酸贡献比较大；
唯一的缺点就是GMXPBSA工具还不能对单个residue进行能量分解，而g_mmpbsa就可以解决这一问题。

总体来说，目前结合gmx程序做自由能计算的软件均存在一定的缺陷；如果有条件还是推荐使用AMBER程序来做模拟，因为其自带的MMPBSA.py脚本可以完美解决以上的问题。