cp2k做AIMD时出现process rank 0....exited on signal 9 (Killed)是什么原因

DOCTOR_Q · 发表于 Post on yesterday 13:26

各位老师好，我是第一次用cp2k做AIMD，想模拟水溶液中的超支化聚赖氨酸的质子化位点和质子化程度。.inp文件前面部分是Multiwfn生成的，后面Motion部分是自己找攻略模仿写的。我在WSL的ubuntu系统做的，输入mpirun -np 4 cp2k.popt solv.inp |sudo tee solv.out运行后，出现错误：prterun noticed that process rank 0 with PID 391 on node DESKTOP-E51S8C2 exited on signal 9 (Killed).请问这个是什么原因？是因为体系太大了不收敛吗？还是我的inp文件写的有问题？烦请各位老师指点！

solv.inp (148.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

solv.out (12 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on yesterday 13:32

完全是瞎算，哪能用那么大盒子，周期性体系的计算留那么大真空区做什么，这成了团簇。此时傅里叶变换格点巨多，不崩溃才怪。而且体系2000多原子，就算盒子设合适了，一般计算条件下也完全算不动。而且本来就是显式水环境，用SCCS隐式水模型做什么。而且就算你想只包一层水用杂化溶剂模型跑MD，也根本跑不动，而且就算计算资源极强而能跑得动，显式水也可能自发运动到其它地方去而达不到目的。也完全不知道你写&RESP是要做什么，这个体系算RESP原子电荷本来就没意义（而且CP2K的RESP电荷也不是一般意义的RESP电荷）。
硬伤太多了。强烈建议通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）系统、完整学学怎么正确使用，并参照里面海量的例子举一反三。正确使用CP2K需要掌握的知识极多，绝对不是随便凭感觉就能用对的。

DOCTOR_Q · 发表于 Post on yesterday 13:37

sobereva 发表于 2024-11-26 13:32
完全是瞎算，哪能用那么大盒子，周期性体系的计算留那么大真空区做什么，这成了团簇。此时傅里叶变换格点巨 ...

谢谢Sob老师回复，看来自学还是有点难的

打算今年报名学一下（如果导师可以报销的话

）

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[CP2K] cp2k做AIMD时出现process rank 0....exited on signal 9 (Killed)是什么原因