修改cube格点文件中的分子结构的脚本

ggdh · 发表于 Post on 2024-11-30 17:37:59

本帖最后由 ggdh 于 2024-11-30 20:44 编辑

有些时候，出于各种奇葩原因，需要修改cube中的分子结构。
把http://sobereva.com/125 喂给gpt后，让其帮忙写了个程序，用法如下：
1. 用gaussview打开cube文件(这里设为abc.cub)
2. 进行你需要的修改
3. 保存成gjf文件(这里设为xyz.gjf)，和cub文件放到一起
4. 把脚本modcube.py和cub.gjf放到同一位置
5. 打开命令行并运行(需要安装python，并且把python加入环境变量中）

python modcube.py abc.cub xyz.gjf

复制代码

产生的output.cube即为修改后的cube文件

wal · 发表于 Post on 2024-11-30 20:39:41

奇葩原因是指

cokie · 发表于 Post on 2024-11-30 21:18:31

gpt用于写程序太强大了
现在喂进去一本书都可以写一个可执行文件

xiaobo-haust · 发表于 Post on 2025-1-1 19:02:48

奇葩原因之一，我计算的电荷密度差文件，其分子因为周期性边界条件导致边界的一些原子不显示，因此想修改一下cube文件中的原子的分布。

五十八 · 发表于 Post on 2025-1-1 19:11:35

xiaobo-haust 发表于 2025-1-1 19:02
奇葩原因之一，我计算的电荷密度差文件，其分子因为周期性边界条件导致边界的一些原子不显示，因此想修改一 ...

那其实ase package很适合你，读进去直接替换atoms之后write就可以了😂，转换成chgcar也可以的

xiaobo-haust · 发表于 Post on 2025-1-5 00:19:05

五十八发表于 2025-1-1 19:11
那其实ase package很适合你，读进去直接替换atoms之后write就可以了😂，转换成chgcar也可以的

谢谢，我去尝试一下

五十八 · 发表于 Post on 2025-2-17 23:23:31

xiaobo-haust 发表于 2025-1-5 00:19
谢谢，我去尝试一下

注意哦，ase的可能因为版本会有两处bug，注释掉就行了

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[辅助/分析程序] 修改cube格点文件中的分子结构的脚本

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