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[配置讨论] gmx服务器配置求助

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各位老师好,想购置一台服务器,主要用于gromacs跑蛋白模拟,有时候会用比较大的蛋白,盒子尺寸能达到16nm,一般跑100ns以上,看了sob老师置顶的计算机配置帖子,想请问一下在显卡的选择上面,对我我的情况,4090和4080差别大吗?谢谢各位老师!




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发表于 Post on 2024-12-2 15:53:28 | 只看该作者 Only view this author
一分钱一分货,花更多钱就能有更快的速度、更少的计算时间。只能说其中一个完全算不动的,另一个也算不动。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-2 17:07:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-2 15:53
一分钱一分货,花更多钱就能有更快的速度、更少的计算时间。只能说其中一个完全算不动的,另一个也算不动。

老师您好,谢谢您的回复,请问您的意思是说即使用推荐的4090D,我现在这个蛋白也跑不了是吗?

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发表于 Post on 2024-12-2 17:39:21 | 只看该作者 Only view this author
961106 发表于 2024-12-2 17:07
老师您好,谢谢您的回复,请问您的意思是说即使用推荐的4090D,我现在这个蛋白也跑不了是吗?

严重误解
4090D完全跑不动的情况,性能是其2/3左右的4080 SUPER也跑不动。没说这俩算你当前体系都跑不动,说原子数、要跑的时间长度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-3 09:13:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-2 17:39
严重误解
4090D完全跑不动的情况,性能是其2/3左右的4080 SUPER也跑不动。没说这俩算你当前体系都跑不动 ...

谢谢老师解答,我现在最大的体系有180000个原子,跑100ns左右,请问这个体系这两种GPU可以带得动吗

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发表于 Post on 2024-12-3 22:19:48 | 只看该作者 Only view this author
961106 发表于 2024-12-3 09:13
谢谢老师解答,我现在最大的体系有180000个原子,跑100ns左右,请问这个体系这两种GPU可以带得动吗

如果是18万原子体系不算大,应该蛮轻松的。我没体验过4080S,但是我算过180万个原子的体系,跑100 ns,步长2 fs,Xeon 6430 16核+4090大约5-6天。

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