分享一个castep转CHGCAR方法

从头开始搞计算

1、下载den2vasp.tar.gz压缩包
https://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/
2、上传服务器，解压缩
tar -zxvf den2vasp.tar.gz
得到den2vasp.f90文件，把den2vasp.f90文件复制到要转换的文件路径
3、CASTEP计算之前需要在parm文件里添加write_formatted_density = true指令
4、使用gfortran编译器进行编译和运行
which gfortran      #检查是否已经安装了 gfortran
gfortran den2vasp.f90 -o den2vasp      #编译文件
./den2vasp 文件名      #运行den2vasp文件，文件名为.castep的文件名
5、得到CHGCAR文件

logzzz

在这。也是找了一阵。

从头开始搞计算

logzzz 发表于 2024-12-6 17:36
在这。也是找了一阵。

这个程序有问题，导出的没有元素及匹配个数，写了个从头到尾的提交脚本。MS的文件传到服务器按这个脚本直接提交计算完就能得到可以直接用VESTA处理的CHGCAR文件。
#!/bin/bash
#SBATCH -n 48
#SBATCH -N 1
# 打印任务信息
echo "Starting job $SLURM_JOB_ID at " `date`
echo "SLURM_SUBMIT_DIR is $SLURM_SUBMIT_DIR"
echo "Running on nodes: $SLURM_NODELIST"

# 遍历当前目录下所有 .param 文件
for file in *.param; do
  # 检查文件是否已经包含 'write_formatted_density = true'
  if ! grep -q "write_formatted_density = true" "$file"; then
    # 将配置追加到文件末尾
    echo "write_formatted_density = true" >> "$file"
    echo "已更新文件: $file"
  else
    echo "文件已包含配置: $file"
  fi
done


# 执行任务
# 这里演示如何提交CASTEP任务。可以将RunCASTEP.sh替换为RunDFTB.sh, RunDMol3.sh, RunMesoDyn.sh 等 来运行对应的程序。
module load MaterialsStudio
export LD_PRELOAD=/opt/pub/softwares/MaterialsStudio2020/BIOVIA/strtok_proxy.so

RunCASTEP.sh -np 48 PP-Li2S6-diff  #NAME_CHANGE
RunCASTEP.sh -np 48 PP-Li2S6-diff_Subset1 #Prefix_name
RunCASTEP.sh -np 48 PP-Li2S6-diff_Subset2

gfortran den2vasp.f90 -o den2vasp

# 函数1：替换文件的特定行
replace_lines() {
    local file_name="$1"
    # 定义文件名
    local input_file="${file_name}.cell"
    local output_file="CHGCAR_${file_name}.vasp"
    local temp_file="${output_file}.tmp"
    # 提取第2-4行的内容
    local replacement
    replacement=$(sed -n '2,4p' "$input_file")
    # 使用awk替换目标文件的第3-5行
    awk -v repl="$replacement" '
    BEGIN {
        split(repl, lines, "\n")  # 将替换内容按换行符分割
    }
    NR >= 3 && NR <= 5 {          # 替换目标文件的第3-5行
        print lines[NR-2]
        next
    }
    { print }                     # 保留其他行
    ' "$output_file" > "$temp_file"
    # 替换原文件
    mv "$temp_file" "$output_file"
    echo "完成替换：$input_file 的第2-4行已替换到 $output_file 的第3-5行"
}

# 函数2：统计元素及个数
count_words_in_array() {
    # 初始化标志
    in_block=false
    # 声明关联数组用于统计单词出现次数
    declare -A word_count
    # 用于记录单词的出现顺序
    order=()
    # 读取文件并统计单词
    while IFS= read -r line; do
        # 检查是否遇到%BLOCK POSITIONS_FRAC
        if [[ "$line" == "%BLOCK POSITIONS_FRAC" ]]; then
            in_block=true
            continue
        fi   
        # 检查是否遇到%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC
        if [[ "$line" == "%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC" ]]; then
            in_block=false
            continue
        fi
        # 如果在%BLOCK POSITIONS_FRAC和%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC之间，提取第一个单词并统计
        if $in_block; then
            first_word=$(echo "$line" | awk '{print $1}')
            
            # 如果该单词第一次出现，记录它的顺序
            if [[ -z "${word_count["$first_word"]}" ]]; then
                order+=("$first_word")
            fi

            # 更新该单词的计数
            ((word_count["$first_word"]++))
        fi
    done < "$1"
    # 输出按顺序排列的单词
    for word in "${order[@]}"; do
        echo -n "$word "
    done
    echo
    # 输出每个单词的计数，按照单词的顺序
    for word in "${order[@]}"; do
        echo -n "${word_count[$word]} "
    done
    echo
}

# 函数3：添加元素及个数
insert_count_to_file() {
    local file_name="$1"
    # 获取统计结果
    output=$(count_words_in_array "$file_name.cell")
   
    # 分割统计结果为第一行和第二行
    first_line=$(echo "$output" | head -n 1)
    second_line=$(echo "$output" | tail -n 1)

    # 使用sed命令替换第6行并插入第二行到第7行
    sed -e "6s/.*/$first_line/" -e "7i\\
$second_line" "CHGCAR_$file_name.vasp" > temp_file && mv temp_file "CHGCAR_$file_name.vasp"

}



# 遍历当前目录下所有 .param 文件
for param_file in *.param; do
        # 如果 CHGCAR 文件存在，则删除
        if [ -f "CHGCAR" ]; then
                    rm CHGCAR
        fi

        # 检查文件名中是否包含 _Subset1 或 _Subset2
         if [[ "$param_file" != *"Subset1"* && "$param_file" != *"Subset2"* ]]; then
                    # 如果文件名不包含 _Subset1 和 _Subset2，直接执行
                file_name=$(basename "$param_file" .param)
                echo "$file_name"
                 ./den2vasp "$file_name"
                    mv CHGCAR CHGCAR_$file_name.vasp
                replace_lines "$file_name" #替换坐标
                insert_count_to_file "$file_name" #添加元素及个数
        elif [[ "$param_file" == *"Subset1"* ]]; then
                    # 如果文件名包含 _Subset1，执行并重命名
                file_name=$(basename "$param_file" .param)
                echo "$file_name"
                    ./den2vasp "$file_name"
                    mv CHGCAR CHGCAR_$file_name.vasp
                replace_lines "$file_name" #替换坐标
                insert_count_to_file "$file_name" #添加元素及个数
          elif [[ "$param_file" == *"Subset2"* ]]; then
                    # 如果文件名包含 _Subset2，执行并重命名
                file_name=$(basename "$param_file" .param)
                echo "$file_name"
                    ./den2vasp "$file_name"
                    mv CHGCAR CHGCAR_$file_name.vasp
                replace_lines "$file_name" #替换坐标
                insert_count_to_file "$file_name" #添加元素及个数
          fi
done


# 任务结束
echo "Job $SLURM_JOB_ID done at " `date`