计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 485|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 体系加入了3层MoS2纳米片跑完后散了,请教如何解决

[复制链接 Copy URL]

60

帖子

0

威望

337

eV
积分
397

Level 3 能力者

  各位老师好,在做单体扩散的时候加入了三层MoS2,如图1所示,但是在跑完之后三层MoS2散了,如图2所示。我又采用冻结MoS2之后发现跑完MoS2没有发生移动,如图3所示。
我想请问老师有没有可以实现三层MoS2的整体三层结构不变,而可以在体系中自由移动的方法吗。因为冻结之后MoS2原子的位置全都不动了,对于分析加入MoS2前后PIP(哌嗪)扩散系数的变化可能会不准确。谢谢老师。


屏幕截图 2024-12-06 183653.jpg (213.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

图2 MoS2跑散了

图2 MoS2跑散了

图片1.png (635.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

图1 初始结构

图1 初始结构

屏幕截图 2024-12-06 195212.jpg (248.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

图3 冻结MoS2的模型

图3 冻结MoS2的模型

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-12-7 04:55:44 | 只看该作者 Only view this author
每层MoS2之间的边角的原子间加上适当的谐振势实现绑住
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

60

帖子

0

威望

337

eV
积分
397

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-7 09:51:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-7 04:55
每层MoS2之间的边角的原子间加上适当的谐振势实现绑住

请问老师谐振势是从itp文件里手动添加吗,还是通过其他软件可以得出,比如cp2k,vasp等,请老师赐教。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-12-8 03:11:22 | 只看该作者 Only view this author
cgy 发表于 2024-12-7 09:51
请问老师谐振势是从itp文件里手动添加吗,还是通过其他软件可以得出,比如cp2k,vasp等,请老师赐教。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

53

eV
积分
65

Level 2 能力者

5#
发表于 Post on 2025-3-5 23:41:40 | 只看该作者 Only view this author
你的MoS2用的什么力场呢

60

帖子

0

威望

337

eV
积分
397

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-7 10:47:06 | 只看该作者 Only view this author
zzvion 发表于 2025-3-5 23:41
你的MoS2用的什么力场呢

gromacs里面用的UFF力场,materials studio里面用的cvff力场

12

帖子

0

威望

53

eV
积分
65

Level 2 能力者

7#
发表于 Post on 2025-3-7 13:40:36 | 只看该作者 Only view this author
cgy 发表于 2025-3-7 10:47
gromacs里面用的UFF力场,materials studio里面用的cvff力场

感谢您的回答,但是UFF和CVFF是不是都没有有电荷项啊,我想做吸附,是不应该根据计算去添加呢

60

帖子

0

威望

337

eV
积分
397

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-9 19:35:39 | 只看该作者 Only view this author
zzvion 发表于 2025-3-7 13:40
感谢您的回答,但是UFF和CVFF是不是都没有有电荷项啊,我想做吸附,是不应该根据计算去添加呢

太客气了您,确实需要根据文献手动加电荷

20

帖子

0

威望

213

eV
积分
233

Level 3 能力者

9#
发表于 Post on 2025-6-18 11:53:48 | 只看该作者 Only view this author
cgy 发表于 2025-3-9 19:35
太客气了您,确实需要根据文献手动加电荷

请教老师,您的三层MoS2看着用的不是周期性体系,请问是做边缘饱和了吗,可以请教一下用什么方法吗

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 05:56 , Processed in 0.175084 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list