lammps反应分子动力学模拟化学机械抛光遇到问题

moonlightblade

本人目前做反应分子动力学模拟蓝宝石超声化学机械抛光(ultrasonic vibration chemical mechanical polishing)。

体系为蓝宝石（基底）—水（抛光液）—二氧化硅（磨粒）

模拟流程为：1. 水与二氧化硅磨料和蓝宝石充分反应（弛豫）

2. 二氧化硅部分向下移动，直到获得所需压力

3. 在一定抛光压力下，二氧化硅层沿水平方向作正弦运动，振幅为3埃，频率为20Ghz

蓝宝石包括：边界层、恒温层、牛顿层

二氧化硅磨粒包括：可移动刚性层、恒温层、牛顿层

目前模拟遇到的问题：

1.    如何在体系弛豫过程中：进行速度初始化，是对恒温层、牛顿层单独速度初始化还是整体速度初始化，

例如：

velocity        temp_layer create 300 123456 rot yesdist gaussian

velocity        newton_layer create 300 456789 rot yesdist gaussian

velocity        free（整体） create 300 123456 rot yes distgaussian

2.    如何使用nvt或nve系综控温，nvt控温某一组时，其他组温度不会变化

3.    fix nvt/nve 和fix move linear/swiggle 之间的冲突，在对磨粒先使用fix nvt/nve，再使用fix move linear/swiggle后，磨粒牛顿层温度会分别变低（变成几K）或者变高（1500K-2000K）

11zz111

哥能提供一下你写的代码吗，本科一点没学过老师让做相关毕设

lixiaoguai

您好，我最近学的是用laammps去做反应分子动力学的，用其中的reaxff，想要模拟fe与naoh溶液之间的一个化学反应，具体怎么学的步骤如何学呢