请各位老师帮忙看一下我的拓扑文件的问题

ZQing · 发表于 Post on 2024-12-9 21:50:52

各位老师好，我想模拟碳酸钙熔体在1100k，1bar下的性质，体系是由400个钙离子和400个碳酸根离子构成的，是用packmol堆成的，但是模拟时遇到gromacs提示
Fatal error:
1 particles communicated to PME rank 42 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.
我试过缩短步长、改成NVT、降低温度这几种办法，但都不起作用
我觉得可能是我的拓扑文件有问题，所以想请各位老师帮忙检查一下

itp文件里[ nonbond_params ]里的参数时文献中转化来的
碳酸根离子的[ atoms ]、[ bonds ]是文献中的参数。[ angles ]、[ angles ] ; bond-bond cross term、[ dihedrals ]是利用sobtop基于Hessian计算得到的参数中截取出来的

caco3.itp (2.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

elsa_D.top (425 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

eq.mdp (789 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

caco3.gro (87.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-10 08:34:31

建议先直接用力场自带的ions.itp以及sobtop直接产生的[CO3]-（基于RESP原子电荷）的拓扑信息做模拟，没问题了再尝试改成文献里的。自己照着文献添加参数很可能因为力场形式弄错、单位弄错之类导致模拟异常

ZQing · 发表于 Post on 2024-12-10 09:16:11

好的，谢谢sob老师

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