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[Sobtop] 关于sobtop生成小分子的gro文件的问题

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近日学习gromacs跑蛋白-小分子复合物的动力学模拟,发现小分子的拓扑文件生成如按教程非常麻烦,搜到了sob老师建立的sobtop小程序可以方便的生成gro文件。
有个疑问,这样生成的小分子化合物的电荷、成键顺序等,都是没有问题的吧?可以直接粘贴到蛋白的gro文件里形成复合拓扑吗?教程上还挺复杂的。

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发表于 Post on 2024-12-12 12:51:37 | 只看该作者 Only view this author
没问题。前提是认真把http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的例子和说明看了,免得犯低级错误,诸如没定义原子电荷之类

分清楚gro和拓扑文件,描述得莫名其妙

别上来就说个“教程”,谁知道你说的什么教程
好好看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

我已删除你的不礼貌的回帖。下次你再发帖催我回答,直接封号处理
好好看此文
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79http://bbs.keinsci.com/thread-57-1-1.html
1 问问题时一定要态度谦虚、语言客气、高度尊重提问者。要记住在一对一的请教时,对方完全没有义务回复,人家不是你免费的导师,对方不会因回复而得利,如果回复了则完全是出于好心,应该怀着感激的心情。所以发问应注意措辞、语气。通过电子邮件提问时要有问候和落款。并且一对一提问时千万不能催促对方回复,否则容易惹火对方,记住高人都很忙,也不欠你的情。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-12 14:22:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-12 12:51
没问题。前提是认真把http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的例子和说明看了,免得犯低级错误,诸如没定义 ...

好的,谢谢SOB老师的指导

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-12 21:08:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-12 12:51
没问题。前提是认真把http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的例子和说明看了,免得犯低级错误,诸如没定义 ...

sob老师,我想产生蛋白-小分子复合物中的小分子化合物的拓扑结构,目前是按您的教程里的例2进行的,目前进行到产生bond的参数,不懂就选了2,结果出现下面的提示fch文件,请问这该怎么办呢?另外,有没有更直接的产生小分子拓扑的方法,应该参考例几呢?谢谢!

202412122108479167..png (151.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

202412122108479167..png

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发表于 Post on 2024-12-13 01:46:32 | 只看该作者 Only view this author
pkuchemistry 发表于 2024-12-12 21:08
sob老师,我想产生蛋白-小分子复合物中的小分子化合物的拓扑结构,目前是按您的教程里的例2进行的,目前 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop讲例子部分一开始就明确说了
注:绝对不要以为什么时候都得像本例这样提供含有Hessian的文件并让Sobtop计算力常数。如果你要对普通有机体系产生拓扑文件,应该效仿的是例2直接用GAFF的参数,那是最省事的。老有人只看了本例,居然连例2都不看就去胡搞!也记得把FAQ10和FAQ11看了,搞清楚什么时候才有必要基于Hessian算力常数。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-13 12:08:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-13 01:46
http://sobereva.com/soft/Sobtop讲例子部分一开始就明确说了

多谢sob老师,根据您的提示,我用强大的sobtop工具生成了需要的各种文件,走到grompp一步生成离子的tpr文件时候,遇到了很多人遇到的atomtypes报错的问题,经过搜索帖子没有彻底解决,我发了个新帖http://bbs.keinsci.com/thread-50523-1-1.html,请您在百忙之中帮忙回答一下哈,谢谢~

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发表于 Post on 2024-12-13 12:42:35 | 只看该作者 Only view this author
pkuchemistry 发表于 2024-12-13 12:08
多谢sob老师,根据您的提示,我用强大的sobtop工具生成了需要的各种文件,走到grompp一步生成离子的tpr文 ...

哥们报个班或者买一份讲义吧,用不多的金钱换取无尽的知识和节省大把的时间是值得的http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html
不羡大神不羡仙,努力学习每一天

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-13 12:44:47 | 只看该作者 Only view this author
xsc6 发表于 2024-12-13 12:42
哥们报个班或者买一份讲义吧,用不多的金钱换取无尽的知识和节省大把的时间是值得的http://www.keinsci.c ...

看了sob老师截取的PPT还是不太明白,其实就是那么一下。不是不舍得花这个钱,之前有其它软件做MD的基础,GMX确实刚接触,有点小问题,但可能也就是UU们指点一下就解决了,问题属实也不算大。

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发表于 Post on 2024-12-14 02:11:50 | 只看该作者 Only view this author
pkuchemistry 发表于 2024-12-13 12:44
看了sob老师截取的PPT还是不太明白,其实就是那么一下。不是不舍得花这个钱,之前有其它软件做MD的基础, ...

学过之后你会发现你不懂的远比你想象得多得多
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