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[GROMACS] 求助-构建高岭石完整边缘结构后使用GROMACS进行MD模拟,如何获得对应的拓扑文件

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求助-构建高岭石边缘结构后使用GROMACS进行MD模拟,如何获得对应的拓扑文件。
老师们好,最近我在做关于高岭石的边缘结构对水分子结冰性能的影响,我首先下载得到了高岭石的cif晶体结构文件,然后在MS软件中将边缘结构使用-OH或-OH2进行补齐,之后将整体高岭石结构在MS的clayff力场进行结构优化,将优化后的结构导出后我打算在GROMACS中进行MD模拟。但是不太清楚这种高岭石晶体结构进行边缘结构补齐之后,如何获得完整的拓扑文件用于GROMACS的MD模拟,我在GROMACS中也打算使用clayff力场。所以想请教下各位老师们,应该通过什么方法获得高岭石边缘完整结构的拓扑文件,此外,还想问一下有没有除了MS软件以外的软件能够用于晶体边缘结构的补齐。

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发表于 Post on 2024-12-24 15:11:58 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/soft/Sobtop产生,里面有产生周期性体系的例子

GaussView可以补
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-24 15:40:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-24 15:11
用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生,里面有产生周期性体系的例子

GaussView可以补

好的好的谢谢老师,我去试试!

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发表于 Post on 2025-12-28 14:20:32 | 只看该作者 Only view this author
你好,我想请问将“边缘结构使用-OH或-OH2进行补齐”是否是010面切晶胞的结构用-OH或-OH2进行补齐?有什么依据吗,是文献的做法吗,可否提供一下做参考呢?感谢您

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