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[建模与可视化] 双分子反应复合物优化的初始结构问题

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楼主
各位老师好,我刚刚开始学习化学反应的计算,对于一个双分子反应,我想先优化初始复合物结构,再通过延长断裂键的方式寻找初猜,搜索过渡态,来计算反应能垒。但对于如何构建初始的复合物结构我不是很清楚,想请问两个分子该如何摆放,什么样的相对位置才是合适的有什么判断方法吗。本来想按照两个分子的正负静电势相对的位置来摆放,但发现静电势最大和最小值都不是反应位点,所以很困惑,还请各位老师解答,感谢!

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发表于 Post on 2024-12-25 08:02:33 | 只看该作者 Only view this author
如果你要用二聚体的能量最低结构,用genmer+molclus做二聚体构型搜索,看
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

但能量最低结构往往并不是直接与过渡态相连的结构。这种情况应当先找过渡态,然后再跑IRC、优化末端得到反应复合物结构。过渡态具体是什么样、怎么找,需要结合自己预估的机理反复尝试,并且能用的算法取决于程序。没有统一的答案。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-3 14:15:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-25 08:02
如果你要用二聚体的能量最低结构,用genmer+molclus做二聚体构型搜索,看
Molclus FAQ
http://sobereva.c ...

感谢老师的回答,还想请教下通常什么情况下需要对二聚体进行构象搜索呢,比如我计算复合物的结合能时,构象搜索是必须的步骤吗

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发表于 Post on 2025-1-3 14:25:23 | 只看该作者 Only view this author
11111111m 发表于 2025-1-3 14:15
感谢老师的回答,还想请教下通常什么情况下需要对二聚体进行构象搜索呢,比如我计算复合物的结合能时,构 ...

当你不确定二聚体的构象时就需要做构象搜索。如果你要算结合能,你不确定复合物中的几个分子是怎么结合的,即复合物的构象,那就有必要做构象搜索。
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发表于 Post on 2025-1-3 15:46:03 | 只看该作者 Only view this author
11111111m 发表于 2025-1-3 14:15
感谢老师的回答,还想请教下通常什么情况下需要对二聚体进行构象搜索呢,比如我计算复合物的结合能时,构 ...

分子复合物叫构型搜索,除非你真的确定同时要考虑里面每个单体的多构象问题,此时必须准确交代清楚

仔细看
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html

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