加速采样软件plumed可视化界面工具PVST发布

七尺贱

helper 发表于 2024-12-25 16:04
这份代码win平台其实也能直接运行，只不过一些字符串会乱码，要改成win下的是很简单的。但是介于这里面有 ...

感谢，因为比如说超算这种情况没有图形界面就很难受

helper

ljh123 发表于 2025-1-7 13:55
感谢您的回答。因为我是刚入门正在挣扎自学的小白，我可以问下我下面的理解是否合理吗？我理解的元动力学 ...

我也是有很多地方理解的不到位，我认为你说的基本上是正确的。
但是还是有一个问题。
不管恢复的是不是真实的自由能值，一些区域你也必须采样到了才会有对应的值，如果偏置势给的太离谱，你根本采样不到这个区域，那肯定是有问题的

ljh123

helper 发表于 2025-1-8 11:35
我也是有很多地方理解的不到位，我认为你说的基本上是正确的。
但是还是有一个问题。
不管恢复的是不是 ...

明白您的意思了。还有就是请问下，我在元动力学模拟过程中途改变高斯峰宽是否可行呢？因为有时候发现最开始设置的高斯峰宽不合理（比如采样太慢或者是自由能面过于平滑）。

helper

ljh123 发表于 2025-1-8 14:14
明白您的意思了。还有就是请问下，我在元动力学模拟过程中途改变高斯峰宽是否可行呢？因为有时候发现最开 ...

什么叫做中途改变峰宽呢？metad中的sigma_max这种？

ljh123

helper 发表于 2025-1-8 17:14
什么叫做中途改变峰宽呢？metad中的sigma_max这种？

就是比如前1ps我设置的高斯峰宽为0.1，也就是plumed中的SIGMA=0.1。然后发现这个参数不合适，于是暂停计算，把后续1ps改为SIGMA=0.2后续算。我看了下说明，这样不会影响已经叠加的偏置势，只是在原本的偏置势基础上加上改SIGMA后的新偏置势。这样是否可行呢？

嘤嘤嘤

helper 发表于 2025-1-4 17:53
这个一般是根据体系的能量决定的，一般情况设置过小会导致不能很好的对系统进行限制，但是设置太大又会产 ...

请问kappa设置2000可以吗？这个值会影响什么呢？