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[建模与可视化] 什么软件可以把开链建模成单螺旋的结构?

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MS或者gaussian可以吗?最好是能一键扭曲成螺旋结构的,求各位大神帮帮忙。

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发表于 Post on 2025-1-4 21:11:14 | 只看该作者 Only view this author
这取决于你研究的是什么链,如果是肽链或核酸,工具很多;其他聚合物不好说
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2025-1-5 02:20:05 | 只看该作者 Only view this author
提问的时候始终自觉把体系描述得尽可能清楚、不要有任何歧义

假定你说的是核酸,看下文
几种基于核酸序列构建三维结构的工具
http://sobereva.com/692http://bbs.keinsci.com/thread-42139-1-1.html

Gaussian又不是建模程序,怎么可能想到Gaussian
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-13 17:06:15 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我导儿想让我看看一些开链醚或者一些聚合物醚链与金属离子是否会形成一个螺旋的结构,从而形成离子通道,金属离子恰好通过?有什么量子化学或者分子模拟的手段可以证明吗,是否有类似的文献说明这个想法是否到底可行,请各位老师帮帮忙。

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发表于 Post on 2025-6-15 08:59:26 | 只看该作者 Only view this author
被科研狠狠摩擦 发表于 2025-6-13 17:06
各位老师,我导儿想让我看看一些开链醚或者一些聚合物醚链与金属离子是否会形成一个螺旋的结构,从而形成离 ...

如果金属离子是碱金属、碱土金属等可以用MM描述得比较好的离子,那么可以跑MD。否则研究起来很困难
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-16 16:25:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-15 08:59
如果金属离子是碱金属、碱土金属等可以用MM描述得比较好的离子,那么可以跑MD。否则研究起来很困难

那老师用什么软件有比较好的推荐吗?

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发表于 Post on 2025-6-16 16:36:11 | 只看该作者 Only view this author
被科研狠狠摩擦 发表于 2025-6-16 16:25
那老师用什么软件有比较好的推荐吗?

可以用gromacs,既快又免费,网上教程还多
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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