求助RMSD波动大。进行了周期性边界处理，但RMSD的波动仍然较大

lyan66

RMSD波动大，按照社长的帖子，谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元。进行了周期性边界处理，但RMSD的波动仍然较大。

我的体系中包含A、B两种物质，以及溶剂。为计算A的RMSD，周期性边界的处理步骤如下：

• 使用以下命令去除周期性边界效应：
  gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -center
  其中，偏移参考选择分子A，输出时选择系统作为整体输出。
• RMSD计算命令如下：
  gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns
  在“用于最小二乘拟合”的组中选择分子A，RMSD计算时也选择分子A。
  

不知道问题在哪，请教一下，谢谢

sobereva

RMSD和轨迹直接对应，问这种问题前始终应当先自己在VMD里观看轨迹（包括trjconv处理前和处理后的），弄清楚到底怎么回事

并且提问时别含糊其辞，A、B是什么都要说清楚，直接给出截图并把盒子画出来。

lyan66

sobereva 发表于 2025-1-5 02:10
RMSD和轨迹直接对应，问这种问题前始终应当先自己在VMD里观看轨迹（包括trjconv处理前和处理后的），弄清楚 ...

A是聚丙烯，B是苯系物，我已经选择聚丙烯作为中心偏移了，但依旧有聚丙烯在盒子外，波动大的时刻我看轨迹确实是聚丙烯分子在盒子外的原因，但是我不知道怎么解决，还希望社长能解惑一下

sobereva

“作为中心偏移”语义不明
前面说了，给出截图
如果有一大堆聚丙烯分子，根本就不该拿聚丙烯的组的RMSD判断平衡，这又不是单个生物分子。

lyan66

社长，你好。作为中心偏移就是选择整个组的聚丙烯分子，正是按您所说有一堆聚丙烯分子，某一时刻个别聚丙烯分子跑到盒子外，造成了RMSD突变（如下图）。这种不能以所有聚丙烯为一组计算RMSD。可以对最大团簇体上的聚丙烯分子计算RMSD吗，这样的话，请问怎么建立组呢

王肖索

lyan66 发表于 2025-1-7 09:49
社长，你好。作为中心偏移就是选择整个组的聚丙烯分子，正是按您所说有一堆聚丙烯分子，某一时刻个别聚丙烯 ...

楼主解决了吗？我也是出现结构分离，接下来要怎么做？还有组要怎么选择

lyan66

王肖索 发表于 2025-2-20 15:24
楼主解决了吗？我也是出现结构分离，接下来要怎么做？还有组要怎么选择

没有，就算你选择最大团簇组，也会有较大的波动，你对哪个做RMSD，是单个分子吗，还是体系中有多个

王肖索

lyan66 发表于 2025-2-20 16:27
没有，就算你选择最大团簇组，也会有较大的波动，你对哪个做RMSD，是单个分子吗，还是体系中有多个

体系是多条链的，老师让我提取结构看了一下，结构分开了，我要重新跑，你提取一下结构看看是不是结构分开了