求助Hirshfeld电荷分析应用与计算

wbqdssl

各位老师好，我想计算一系列结构相似的药物分子的Hirshfeld电荷，根据电荷大小来判断氧原子等氢键供受体形成氢键的潜力。就是说，如果氧原子A的Hirshfeld电荷为-0.27；氧原子B的Hirshfeld为-0.25，是否可以判断A作为氢键受体能形成更稳定的氢键？这种判断是否正确呢，能否用在正式的文章中？
对于计算细节，我使用Gaussian在B3LYP/6-31G(d,p)下，使用SMD模型，加GD3BJ矫正对小分子进行几何优化，再用Multiwfn中的“Hirshfeld atomic charge”-->" 1 Use build-in sphericalized atomic densities in free-states (more convenient)" 进行计算，精度是否合适？
如果使用“2 Provide wavefunction file of involved elements by yourself or invoke Gaussian to automatically calculate them”调用Gaussian进行计算，用b3lyp/6-311g(d,p) scrf=smd em=gd3bj  这个级别精度够吗？会不会被审稿人质疑呢？
谢谢各位老师！

sobereva

一定程度可以，但更推荐用ADCH电荷，对表面静电势重现性比Hirshfeld电荷好得多，看下文了解相关知识
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）

更严格的对比方式是考察氧对应的分子表面静电势极小点数值，越负通常说明是越好的氢键受体，看下文
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
静电势与平均局部离子化能相关资料合集
http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

单纯说你问的计算级别问题，当前设置没问题，本来Hirshfeld电荷对基组的敏感度就低（在《原子电荷计算方法的对比》http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml里有专门测试），这种档次基组足矣，而且B3LYP得到的电子密度准确性不错。Multiwfn里选1 Use build-in sphericalized atomic densities in free-states (more convenient)就完了，选2没明显额外好处还更麻烦。

wbqdssl

sobereva 发表于 2025-1-9 21:36
一定程度可以，但更推荐用ADCH电荷，对表面静电势重现性比Hirshfeld电荷好得多，看下文了解相关知识
一篇 ...

感谢sob老师！！