求助：固体生物碱分子A和固体脂肪酸分子B的扩散系数计算

chuanghao

请教各位大佬！
实验中，不同摩尔比的固体生物碱分子A和固体脂肪酸分子B混合后，有些会是液体，而有些还是固体。这里我构建不同摩尔比的体系（使用sobtop构建的gaff力场参数），分别加入几百个A分子和B分子（体系总原子数一万左右），50ns的平衡过程（berendsen控压，V-rescale控温，加热再降温到室温），之后20ns的md过程（P-R控压，V-rescale控温，298K）。计算md过程的体系扩散系数，然而有些实验中为固体的体系的扩散系数相对实验中为液体的体系的要大很多。重复跑了三次，结果误差很小。而md过程使用berendsen控压（只改变了控压方式），计算得到的扩散系数相比P-R控压得到的小一两个数量级，多次重复，重现性也很好。该如何理解这一结果？对于这样的体系，是否应该使用nvt系综来计算扩散系数？另外，对于与实际情况不对应的情况，是否对于这种有机小分子，使用opls-aa力场会更合理？万分感谢各位老师们的解答。

sobereva

你若怀疑压浴的问题，等盒子尺寸跑平衡后改成NVT跑完全可以

你都没说sobtop产生拓扑文件用的什么原子电荷，这是至关重要的信息。所有明显影响结果的要素必须全都交代完整

不要轻易怀疑GAFF，这是非常稳健、对有机体系非常普适的力场，改用原子类型定义混乱的OPLS-AA对绝大多数情况都不会有明显优势。就算GAFF真的不理想，还可以尝试用sobtop产生更理想的基于GAFF2参数的拓扑文件（做法在程序主页里说了）。

chuanghao

sobereva 发表于 2025-1-10 23:56
你若怀疑压浴的问题，等盒子尺寸跑平衡后改成NVT跑完全可以

你都没说sobtop产生拓扑文件用的什么原子电 ...

感谢卢老师的解答。
1 尝试了之后，nvt后的结果大小顺序确实符合液体体系大于固体体系
2 使用的是resp电荷，这里忘记提到了
3 明白了