多个聚合物MD模拟中团聚，相互作用分析的评估指标有哪些？

mtpeng

各位老师好，我想请教模拟多个聚合物体系时（一个聚合物原子数在1800左右），可以用那些指标来分析MD后的团聚程度和相互作用？具体是想探究一系列在单体不同配比下聚合物的团聚和相互作用差异；若是二聚体模拟，是否可以考虑计算结合能（有什么较好的方法计算）来相对比较？

sobereva

比如考察距离当前聚合物分子的3埃内存在另外聚合原子的聚合物分子的数目，除以总聚合物分子数，得到不孤立存在的聚合物分子的百分比，等等。具体需要根据体系特征和MD轨迹中的聚合物团聚实际特征来判断可用的标准

对于二聚体，算结合能当然可以，但光是这种计算太单调、肤浅了。能做的相关分析在Multiwfn里多了去了，诸如IGMH、基于力场的能量分解、色散作用分析、表面静电势穿透图、范德华势分析，等等，能用什么取决于实际情况，看
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）
使用Multiwfn图形化展现原子对色散能的贡献以及色散密度
http://sobereva.com/705（http://bbs.keinsci.com/thread-44723-1-1.html）
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值
http://sobereva.com/645（http://bbs.keinsci.com/thread-30769-1-1.html）

另外，量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班（http://www.keinsci.com/WFN）里对相互作用分析有最全面完整的讲解和示例。

mtpeng

sobereva 发表于 2025-1-11 22:01
比如考察距离当前聚合物分子的3埃内存在另外聚合原子的聚合物分子的数目，除以总聚合物分子数，得到不孤立 ...

好的，谢谢老师指点。另外想在请教对于聚合物二聚体的结合能计算是用gmx内置功能实现，还是需要其他具体的外部程序？利用Multiwfn进行弱相互作用分析是否是将MD模拟后聚合物间接触的区域提取出来再做相关量子化学计算，不然体系会太大？

sobereva

mtpeng 发表于 2025-1-12 11:53
好的，谢谢老师指点。另外想在请教对于聚合物二聚体的结合能计算是用gmx内置功能实现，还是需要其他具体 ...

量子化学级别计算需要用量子化学程序，如果分子力场级别计算在gromacs里定义能量组就可以实现

看具体什么弱相互作用分析。mIGM（http://sobereva.com/755）、Hirshfeld surface（http://sobereva.com/701）等分析都不需要波函数信息，基于MD得到的原子坐标就能做，但即便如此也得抠出一部分区域来做，诸如好几万原子的体系直接做肯定做不动。