通过lammps模拟分子在囊泡(vesicle)中的聚集的问题

meatball1982

大家好。
      我希望通过lammps，模拟若干个粗粒化的小球在囊泡(vesicle)中的聚类过程。
      我打算作如下的测试。
      01. 只有囊泡
      02. 囊泡+水（一个球）代表
      03. 囊泡+水+负电粗粒化小球。希望看到不聚集。
      04. 囊泡+水+负电粗粒化小球+正电粗粒化小球，希望看到聚集。

      实现01时，
      只有囊泡的情况，我参考的是lammps/examples/ASPHERE/vesicle下的例子，可以正常跑。

      实现02时，
      我将水小球放到体系当中（囊泡体系2个原子，两个水小球，测试用）。
      报的是原子格式错误。

      All pair coeffs are not set (../pair.cpp:253)

      因为用到的是ylz势，所以囊泡是要定义为ellipsoid的。
      我的问题是
      01. 负电小球，我应该用哪种或几种atom_type.（我用的是charge)
      02. 我查了All pair coeffs are not set的解决方法，是因为


    pair_style   hybrid ylz 2.6 lj/cut 3.6

   pair_coeff   1  1 ylz 1.0  1.0  4  3  0.0  2.6

   pair_coeff   1  2 lj/cut  ${ew} 1.0

   pair_coeff   2  2 lj/cut  ${ew} 1.0

     进行了重复设置。我尝试用来解决，还是不行。

    pair_style   hybrid ylz 2.6 lj/cut 3.6 lj/cut 3.6

   pair_coeff   1  1 ylz 1.0  1.0  4  3  0.0  2.6

   pair_coeff   1  2 lj/cut 1 ${ew} 1.0

   pair_coeff   2  2 lj/cut 2 ${ew} 1.0

     非常感谢。

                                                               meatball1982
我出错的input文件，如下给出

1. units lj
   
2. 
   
3. variable T equal 0.23
   
4. variable     ew  equal 0.2
   
5. 
   
6. atom_style hybrid ellipsoid charge
   
7. 
   
8. boundary     p p p  
   
9. 
   
10. read_data read_data.atoms
    
11. 
    
12. mass * 1.0
    
13. 
    
14. 
    
15. group mem type 1
    
16. group wat_in type 2
    
17. 
    
18. velocity mem create ${T}  87287 loop geom
    
19. velocity wat_in  create ${T}  87287 loop geom
    
20. 
    
21. pair_style   hybrid ylz 2.6 lj/cut 3.6
    
22. pair_coeff   1  1 ylz 1.0  1.0  4  3  0.0  2.6
    
23. pair_coeff   1  2 lj/cut  ${ew} 1.0
    
24. pair_coeff   2  2 lj/cut  ${ew} 1.0
    
25. 
    
26. neighbor    1.0 bin
    
27. 
    
28. thermo_style custom step temp press ebond
    
29. 
    
30. thermo 200
    
31. timestep 0.005
    
32. 
    
33. fix 1 all npt temp 0.23 0.23 1 iso 0.05 0.05 1
    
34. run 100
    
35. 
    

复制代码

read_data.atoms

1. vesicle with diameter =    30.000000
   
2.        4 atoms
   
3.        2 ellipsoids
   
4. 
   
5. 5 atom types
   
6. 
   
7.   -35.000000    35.000000 xlo xhi
   
8.   -35.000000    35.000000 ylo yhi
   
9.   -35.000000    35.000000 zlo zhi
   
10. 
    
11. # type 1 : membrane CG
    
12. # type 2 : Water in Cell
    
13. Atoms  #atom ID, type,     x,            y,           z,         ell flg,   density, charge              
    
14. 
    
15.        1      1            0.236369      0.008147     0.007400   1         0.238732   0.0
    
16.        2      1            0.236369      0.009058     0.008176   1         0.238732   0.0
    
17.        3      2            1.236369      0.008147     1.007400   0         0.238732   0.0
    
18.        4      2            0.236369      1.008147     1.007400   0         0.238732   0.0
    
19. 
    
20. Ellipsoids
    
21. 
    
22.        1     1.000000     1.000000     1.010000      0.707299     0.000000    -0.706915     0.000349
    
23.        2     1.000000     1.000000     1.010000      0.707320    -0.000000     0.706893     0.000385
    
24. 
    
25. 
    

复制代码