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[GROMACS] 请教各位老师,我想模拟不同温度下的体系,是在eq阶段就要改变温度吗?

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楼主
比如我想模拟400K工况下的体系,是在平衡时就要使用400K,还是eq是为常温,跑md时改变温度?
另,若在eq时就需要达到400K,那么eq.mdp中gen_temp也设置为400K吗?


eq.mdp

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发表于 Post on 2025-1-13 00:58:20 | 只看该作者 Only view this author
md指代不明。本来预平衡阶段(eq)本身做的就是分子动力学(MD)任务
不要用不明不白、不严格和确切的写法

如果md指的是产生相(叫做prod,这才是和eq并列的),显然产生相在什么温度下模拟,预平衡阶段后期就必须能平衡到什么温度,否则产生相的前期处于非平衡状态,根本不算是产生相。


gen_temp完全是无所谓的事,这只影响初速度的产生。eq只需要在意最终的参考温度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-13 10:50:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-13 00:58
md指代不明。本来预平衡阶段(eq)本身做的就是分子动力学(MD)任务
不要用不明不白、不严格和确切的写法 ...

老师好 那您的意思是说如果分子动力学模拟阶段是常温常压下,即能量最小化后的条件,是不是eq也属于分子动力学模拟的一部分,与md功能重合?那这时候eq还有意义吗?
我感觉一般即使分子动力学模拟是在常温常压下,也会进行eq啊

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发表于 Post on 2025-1-14 00:40:07 | 只看该作者 Only view this author
xxx127 发表于 2025-1-13 10:50
老师好 那您的意思是说如果分子动力学模拟阶段是常温常压下,即能量最小化后的条件,是不是eq也属于分子 ...

把下文第20部分仔细看了
计算化学中的一些常见不良写法和用词
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