进行pull处理时提示position_restraints不合理

zhangfaxue · 发表于 Post on 2025-1-20 19:34:43

pull时对一个分子进行位置限制，生成porse.itp文件，并把porse.itp中[position_restraints]放在该分子itp文件的最后，然后模拟时提示错误：

这是porse.itp

请问哪里有问题？应该如何处理？

JinxrDK · 发表于 Post on 2025-1-21 07:56:33

别的方法我不清楚，就我经验来看，itp文件应当放在你要约束的分子的top文件后面,类似这样

。并把首列序号修改为与分子的itp文件顺序一致，类似这样：

，实现对磷脂头部的几个原子的位置约束

sobereva · 发表于 Post on 2025-1-21 08:10:43

[position_restraints]字段里的原子序号是相对于上面最近的[moleculetype]中的[atoms]里的序号而言的，别写成全局序号

FrancisCho · 发表于 Post on 2025-1-22 07:57:22

我一般做模拟加posre时是使用cat md.top posre.itp > md.itp的方法将gmx x2top生成的、删去多余行后的top文件与posre.itp文件合并，跑模拟时没有发生过报错。我模拟中把posre restraints的内容放在主itp文件末尾处没有发生过报错

zhangfaxue · 发表于 Post on 2025-2-2 11:56:49

sobereva 发表于 2025-1-21 08:10
字段里的原子序号是相对于上面最近的[moleculetype]中的[atoms]里的序号而言的，别写成全局序号

老师，我有个疑问，如果写成相对于上面最近的[moleculetype]中的[atoms]里的序号而言，那就是对于所有A分子（我要进行位置限制的是A这类分子中的一个分子）进行了位置限制？那就达不到我的目的？另外我上述生成porse.itp的方式是适用gmx genrestr，请问老师有什么方法可以生成您所说的让他不是全局序号的

zhangfaxue · 发表于 Post on 2025-2-2 12:09:49

JinxrDK 发表于 2025-1-21 07:56
别的方法我不清楚，就我经验来看，itp文件应当放在你要约束的分子的top文件后面,类似这样。并把首列序号修 ...

感谢回复！但是我还有疑惑想向您请教：
1、我发现你的itp文件和相关的porse.itp文件里面原子序号是一一对应的，请问这个意思是你是针对POPC这类分子的每一个分子里面对应的原子都进行了位置限制吗（2 5 9 13 17）？
2、请教您是如何获取porse文件的，使得你的itp文件和相关的porse.itp文件里面原子序号是一一对应的，我用gmx genrestr方式获得，porse.itp里面的原子序号在该分子.itp里并没有包含

zhangfaxue · 发表于 Post on 2025-2-2 12:23:39

FrancisCho 发表于 2025-1-22 07:57
我一般做模拟加posre时是使用cat md.top posre.itp > md.itp的方法将gmx x2top生成的、删去多余行后的top文 ...

感谢回答

sobereva · 发表于 Post on 2025-2-2 17:45:20

zhangfaxue 发表于 2025-2-2 11:56
老师，我有个疑问，如果写成相对于上面最近的[moleculetype]中的[atoms]里的序号而言，那就是对于所有A分 ...

是
位置限制和不限制的A分子作为两种moleculetype进行区分

[position_restraints]字段格式极其简单，还是自由格式，自己用ultraedit之类的文本编辑器靠列模式自己写就完了

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[GROMACS] 进行pull处理时提示position_restraints不合理