SOC计算辅助 for ORCA (更新c++版本)

wal · 发表于 Post on 2025-3-1 21:24:57

本帖最后由 wal 于 2025-5-13 13:10 编辑

5.13
发出来的时候有一个小问题我没意识到，昨天有小伙伴私我问了，在这里解释一下：
脚本使用的ΔE＜0.3eV与socme＞0.5cm-1没有出处，是我根据自己研究的体系，总结出的认为值得关注一个阈值；如果您研究的不是有机发光材料，而是重原子体系、金属团簇等，这个阈值可能是不合适的，您可以考虑自行修改脚本

4.7
7.3.1版已更新(见3L)

4.5更新：
修复C++版本无法处理二位数state的问题，本次更新后能处理至多99个态，如果有人算多于100个态的我估计那矩阵图都得成筛子了所以暂时就这样吧。暂时先更新gcc11.4.0版，7.3.1版等回学校了连上集群更新(见3L)
PS: 试了下python版也有一样的问题hhh，但是由于UI问题估计屏幕也显示不下那么大，就暂时不修py版了

4.4更新：
更新了备用提取逻辑，适应ORCA5.0.4的输出文件
修改了SOC矩阵提取逻辑，明确终止提取条件

soc.py (20.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 58)

---- 以下为原帖----
去年算过一段时间三重态，写了个依赖于ORCA输出文件的SOC计算器，当时顺手传到我的FCclasses3脚本贴里了，但好像没啥人关注，所以后面也没再更新了
结果今天无意间截图我的脚本到群里发现好像还是有好多人对这个感兴趣(? 于是把几番魔改后现在的版本传上来了

脚本运行截图：

加载SOC计算文件后自动把6*5所有旋轨耦合和ΔEST全给出来。我算soc的输入全都是脚本生成的，所以只测试过nroots 5的情况，你要是nroots多可以改改tkinter的网格设置，但要是太多估计界面是显示不下的

! wb97x-d3 def2-svp tightSCF RIJCOSX
%pal
nprocs 32
end
%maxcore 3000
%tddft
nroots 5
dosoc true
printlevel 3
end
* xyzfile 1 1 td_HC-3.xyz

复制代码

生成的6*5的块全都是按钮，点一下自动调用matplotlib对对应块的两个态作个简单的图：

soc.py (14.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 93) (旧版本)

requirements：
matplotlib>=3.5.0
numpy>=1.20.0
tkinter>=8.6
tkinterdnd2>=0.3.0

打包之后一看妈呀这破脚本六百兆就不提供打包版本了装好环境直接运行即可

wal · 发表于 Post on 2025-3-24 10:12:44

本帖最后由 wal 于 2025-8-12 17:01 编辑

- 25.8.12 update-
可以使用yaml格式配置文件控制一些参数

soc (2.67 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

soc.yaml (654 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)
暂时只有静态链接版，体积会大一点

- origin -
最近有大批soc任务，准备自动化soc计算流程，于是写了个C++版本的纯命令行运行，完成后打印文本结果，并尝试用gnuplot绘图
这个是集群上编译的，系统库比较老，gcc7.3.1

soc (688.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 65) （last update: 25.4.7）

这个是本地编译的，gcc11.4.0，上面那个有问题可以换这个

soc-gcc11.4.0 (705.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 90) （last update: 25.4.5）

使用方法：

chmod +x soc
./soc soc.log

复制代码

于铮 · 发表于 Post on 2025-3-12 21:25:34

非常好用

陈AG · 发表于 Post on 2025-3-27 08:59:11

老师，请问我上传了这个文件，为什么显示找到 0个单重态激发态(S1-S0)和 0个三重态(T1-T0)的

wal · 发表于 Post on 2025-3-27 10:16:54

陈AG 发表于 2025-3-27 08:59
老师，请问我上传了这个文件，为什么显示找到 0个单重态激发态(S1-S0)和 0个三重态(T1-T0)的

看了一眼输出，不太应该，也许是有bug，我做完实验回工位看看，这会没电脑

陈AG · 发表于 Post on 2025-3-27 10:43:37

wal 发表于 2025-3-27 10:16
看了一眼输出，不太应该，也许是有bug，我做完实验回工位看看，这会没电脑

谢谢老师

wal · 发表于 Post on 2025-3-27 13:49:48

陈AG 发表于 2025-3-27 10:43
谢谢老师

我拿我的机子算了一下，可以正常读取。可能是ORCA版本的原因，我看到你的输出文件里光谱部分表头跟我的输出文件不一样，所以脚本没有匹配到单重态与三重态能量。我改天更新一下脚本吧，写点可以切换的备用逻辑

1mini.log (152.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

lushiyue · 发表于 Post on 2025-3-31 17:14:10

本帖最后由 lushiyue 于 2025-3-31 17:16 编辑

wal 发表于 2025-3-24 10:12
最近有大批soc任务，准备自动化soc计算流程，于是写了个C++版本的纯命令行运行，完成后打印文本结果，并尝 ...

老师您好，我使用这个C++版本的能够正常提取soc，但每次只能提取9个S和9个T态，实际上S和T是各算了20个态，请问是啥原因呢？输出的矩阵图能够看到20个态，但只处理了10×10的数据。ORCA用的是6.0.1版本

wal · 发表于 Post on 2025-3-31 19:02:15

lushiyue 发表于 2025-3-31 17:14
老师您好，我使用这个C++版本的能够正常提取soc，但每次只能提取9个S和9个T态，实际上S和T是各算了20个态 ...

我平常没算过那么多态，可能处理太多行有点问题，下次更新一并改一下逻辑吧

lushiyue · 发表于 Post on 2025-3-31 20:00:16

wal 发表于 2025-3-31 19:02
我平常没算过那么多态，可能处理太多行有点问题，下次更新一并改一下逻辑吧

谢谢老师，期待下次的更新

swagger · 发表于 Post on 2025-4-1 17:27:27

wal 发表于 2025-3-27 13:49
我拿我的机子算了一下，可以正常读取。可能是ORCA版本的原因，我看到你的输出文件里光谱部分表头跟我的输 ...

老师，请问这个soc.py脚本跟新了嘛

，我也是这个问题

wal · 发表于 Post on 2025-4-1 17:38:28

swagger 发表于 2025-4-1 17:27
老师，请问这个soc.py脚本跟新了嘛，我也是这个问题

最近在赶课题，忙做实验，可能要稍等几天

swagger · 发表于 Post on 2025-4-1 17:52:23

wal 发表于 2025-4-1 17:38
最近在赶课题，忙做实验，可能要稍等几天

好的，谢谢老师，祝您课题顺利

wal · 发表于 Post on 2025-4-4 01:22:53

陈AG 发表于 2025-3-27 10:43
谢谢老师

已更新，可以从TDDFT输出里提取能量了

wal · 发表于 Post on 2025-4-5 01:02:26

本帖最后由 wal 于 2025-4-5 18:07 编辑

swagger 发表于 2025-4-1 17:52
好的，谢谢老师，祝您课题顺利

我看错了，还以为你问的是C++，python脚本昨天也更新过了

已更新，gcc11.4.0版的已可以画至多99个态(但太多的话估计图片尺寸要手动调gnuplot脚本)
7.3.1的等回工位了去编译

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