计算QM/MM MD时，用gromacs可以与哪些程序结合呢？

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-6 09:34:34

恩，谢谢大家的解释。我要用gromacs与cpmd连用算QM/MM MD是不是可以先用gromacs跑Classical MD获得初始构型，然后用这个构型在cpmd程序中跑QM/MM MD?

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-6 09:45:40

15whyhq 发表于 2017-3-6 09:34
恩，谢谢大家的解释。我要用gromacs与cpmd连用算QM/MM MD是不是可以先用gromacs跑Classical MD获得初始构型 ...

CPMD程序本身跑不了QM/MM，只有gmx和CPMD挂在一起才能跑QM/MM

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-6 10:07:12

sobereva 发表于 2017-3-6 09:45
CPMD程序本身跑不了QM/MM，只有gmx和CPMD挂在一起才能跑QM/MM

哦，谢谢老师，那gmx和CPMD是怎么挂在一起的？两个软件都有

谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-6 21:12:23

本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-6 21:22 编辑

CPMD说明书里面的API是指什么？
interface code 接口代码什么意思？是用来干什么的呢？
http://comppsi.csuohio.edu/groups/qmmm.html
这个链接打不开是什么情况？谁有相关知识可以发给我看看吗？
谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-6 21:26:24

本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-6 21:27 编辑

CPMD说明书里面的grompp是指什么意思？
rgmx script哪里有呢？

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[GROMACS] 计算QM/MM MD时，用gromacs可以与哪些程序结合呢？