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楼主 Author: 15whyhq
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[GROMACS] 计算QM/MM MD时,用gromacs可以与哪些程序结合呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 09:34:34 | 只看该作者 Only view this author
恩,谢谢大家的解释。我要用gromacs与cpmd连用算QM/MM MD是不是可以先用gromacs跑Classical MD获得初始构型,然后用这个构型在cpmd程序中跑QM/MM MD?

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发表于 Post on 2017-3-6 09:45:40 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-3-6 09:34
恩,谢谢大家的解释。我要用gromacs与cpmd连用算QM/MM MD是不是可以先用gromacs跑Classical MD获得初始构型 ...

CPMD程序本身跑不了QM/MM,只有gmx和CPMD挂在一起才能跑QM/MM
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 10:07:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-6 09:45
CPMD程序本身跑不了QM/MM,只有gmx和CPMD挂在一起才能跑QM/MM

哦,谢谢老师,那gmx和CPMD是怎么挂在一起的?两个软件都有 谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 21:12:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-6 21:22 编辑

CPMD说明书里面的API是指什么?
interface code  接口代码什么意思?是用来干什么的呢?
http://comppsi.csuohio.edu/groups/qmmm.html
这个链接打不开是什么情况?谁有相关知识可以发给我看看吗?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 21:26:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-6 21:27 编辑

CPMD说明书里面的grompp是指什么意思?
rgmx script哪里有呢?



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