赖氨酸、PEG，以及小分子药物组成的嵌段共聚物的粗粒化力场的问题

milk_q · 发表于 Post on 2025-3-6 20:17:49

想求助一下大家关于有赖氨酸、PEG，以及小分子药物（与氨基酸共价偶联）组成的嵌段共聚物要怎么构建粗粒化模型，以及力场的选择和拓扑参数生成

student0618 · 发表于 Post on 2025-3-6 20:24:11

为什么不用全原子？

milk_q · 发表于 Post on 2025-3-7 08:35:27

student0618 发表于 2025-3-6 20:24
为什么不用全原子？

全原子和粗粒化都做，先粗粒化，大分子体系全原子太耗时

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2025-3-7 08:44:24

全部是常见的生物分子的话直接用polyply生成Martini粗粒力场构建的粗粒模型，

具体的你可以看polyply的GitHub：https://github.com/marrink-lab/polyply_1.0

Martini3 的文献：SOUZA P C T, ALESSANDRI R, BARNOUD J, et.al.. Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics[J/OL]. Nature Methods, 2021, 18(4): 382-388. DOI:10.1038/s41592-021-01098-3.

milk_q · 发表于 Post on 2025-3-7 08:51:47

jrfjrf123 发表于 2025-3-7 08:44
全部是常见的生物分子的话直接用polyply生成Martini粗粒力场构建的粗粒模型，

具体的你可以看polyply的G ...

好的谢谢

student0618 · 发表于 Post on 2025-3-7 11:52:18

milk_q 发表于 2025-3-7 08:35
全原子和粗粒化都做，先粗粒化，大分子体系全原子太耗时

尤其是当葯物分子附近的相互作用很重要的话会有concern。粗粒化力场如Martini中不同的functional groups也可以用同一coarse-grained representation。

不过有补全原子可能还行。

zylaaa · 发表于 Post on 2026-3-16 17:07:22

请问一下最后PEG怎么粗粒化建模了

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[综合交流] 赖氨酸、PEG，以及小分子药物组成的嵌段共聚物的粗粒化力场的问题