一个修复pdbqt键参数的脚本

James-Li7571 · 发表于 Post on 2025-3-10 12:15:21

本帖最后由 James-Li7571 于 2025-3-12 08:23 编辑

在一些情况下，我们需要使用vina对接结果进行分子动力学模拟，但pdbqt文件并不含有键参数。可以将pdbqt文件转为pdb后使用本脚本将文件转为正确键格式的mol2文件
使用方法：在确定氢正确添加的前提下，输入ligprep.py -i INPUT [-o OUTPUT] [-p PH] --has-hydrogens

注：如氢未正确添加可能造成错误，更简易使用protein plus修补氢

James-Li7571 · 发表于 Post on 2025-3-10 12:29:43

本帖最后由 James-Li7571 于 2025-3-11 21:42 编辑

已修复

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[程序/脚本开发] 一个修复pdbqt键参数的脚本

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