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[Sobtop] sobtop产生关于含硅分子的itp文件

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sob老师,我有个分子含有Si原子,在经过g16优化后拿去用sobtop产生itp文件,产生过程中发现分配Si原子类型源于UFF力场,请问该如何让Si原子类型源于GAFF力场了。

202503101506348396..png (45.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

202503101506348396..png

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已用g16优化过

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发表于 Post on 2025-3-11 00:56:12 | 只看该作者 Only view this author
根本不可能
GAFF没定义Si的原子类型。看GAFF的原文便知。GAFF只对有机体系中常见元素有定义。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-11 10:45:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-11 00:56
根本不可能
GAFF没定义Si的原子类型。看GAFF的原文便知。GAFF只对有机体系中常见元素有定义。

老师,那这个需要自己在文献里找Si的力场参数,自己取sobtop里面设置嘛

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发表于 Post on 2025-3-12 03:47:32 | 只看该作者 Only view this author
古与春分 发表于 2025-3-11 10:45
老师,那这个需要自己在文献里找Si的力场参数,自己取sobtop里面设置嘛

让sobtop用UFF的Si的LJ参数,Si如果只涉及刚性的成键项参数,让sobtop直接猜或者基于Hessian计算;如果涉及柔性的二面角参数而且很关键,需要自己拟合
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