CP2K做QM/MM在nvt报错cpassert failed

liumengru

在进行配体蛋白质复合物使用CP2KQM/MM计算时，使用AmberTools生成了prmtop文件，并在2024.1版本cp2k进行了能量最小化，但是在进行nvt时，cp2k报错cpassert failed，我在parmed检查prmtop文件没有问题，也对PDB文件中原子名称在nvt里进行了注释，请问应该如何修改呢？(base) master@localhost:~/cp2ktest$ cp2k.popt -i nvt.inp
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*                            RESTART INFORMATION                              *
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*                                                                             *
*    RESTART FILE NAME: 7M3Z_OPT-1_1000.restart                               *
*                                                                             *
* RESTARTED QUANTITIES:                                                       *
*                       CELL                                                  *
*                       COORDINATES                                           *
*                       RANDOM NUMBER GENERATOR                               *
*                       VELOCITIES                                            *
*                       PARTICLE THERMOSTAT                                   *
*                       REAL TIME PROPAGATION                                 *
*                       PINT BEAD POSITIONS                                   *
*                       PINT BEAD VELOCITIES                                  *
*                       PINT NOSE THERMOSTAT                                  *
*                       PINT GLE THERMOSTAT                                   *
*                       HELIUM BEAD POSITIONS                                 *
*                       HELIUM PERMUTATION STATE                              *
*                       HELIUM FORCES ON SOLUTE                               *
*                       HELIUM RNG STATE                                      *
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DBCSR| CPU Multiplication driver                                           XSMM (U)
DBCSR| Multrec recursion limit                                              512 (U)
DBCSR| Multiplication stack size                                           1000 (D)
DBCSR| Maximum elements for images                                    UNLIMITED (U)
DBCSR| Multiplicative factor virtual images                                   1 (U)
DBCSR| Use multiplication densification                                       T (D)
DBCSR| Multiplication size stacks                                             3 (U)
DBCSR| Use memory pool for CPU allocation                                     F (U)
DBCSR| Number of 3D layers                                               SINGLE (U)
DBCSR| Use MPI memory allocation                                              F (U)
DBCSR| Use RMA algorithm                                                      F (U)
DBCSR| Use Communication thread                                               T (U)
DBCSR| Communication thread load                                             87 (D)
DBCSR| MPI: My process id                                                     0
DBCSR| MPI: Number of processes                                               1
DBCSR| OMP: Current number of threads                                         1
DBCSR| OMP: Max number of threads                                             1
DBCSR| Split modifier for TAS multiplication algorithm                  1.0E+00 (U)


  **** **** ******  **  PROGRAM STARTED AT               2025-03-10 16:30:02.875
***** ** ***  *** **   PROGRAM STARTED ON                             localhost
**    ****   ******    PROGRAM STARTED BY                                master
***** **    ** ** **   PROGRAM PROCESS ID                                   382
  **** **  *******  **  PROGRAM STARTED IN                 /home/master/cp2ktest

CP2K| version string:                                       CP2K version 2024.1
CP2K| source code revision number:                                  git:b4a17a5
CP2K| cp2kflags: omp libint fftw3 libxc libgrpp elpa parallel mpi_f08 scalapack
CP2K|             xsmm plumed2
CP2K| is freely available from                            https://www.cp2k.org/
CP2K| Program compiled at                          Tue Nov 26 20:14:02 CST 2024
CP2K| Program compiled on                                             localhost
CP2K| Program compiled for                                                local
CP2K| Data directory path                         /home/master/cp2k-2024.1/data
CP2K| Input file name                                                   nvt.inp

GLOBAL| Force Environment number                                              1
GLOBAL| Basis set file name                                           BASIS_SET
GLOBAL| Potential file name                                           POTENTIAL
GLOBAL| MM Potential file name                                     MM_POTENTIAL
GLOBAL| Coordinate file name                                         system.pdb
GLOBAL| Method name                                                        CP2K
GLOBAL| Project name                                                        NVT
GLOBAL| Run type                                                             MD
GLOBAL| FFT library                                                       FFTW3
GLOBAL| Diagonalization library                                            ELPA
GLOBAL| DGEMM library                                                      BLAS
GLOBAL| Minimum number of eigenvectors for ELPA usage                        16
GLOBAL| Orthonormality check for eigenvectors                          DISABLED
GLOBAL| Matrix multiplication library                                 ScaLAPACK
GLOBAL| All-to-all communication in single precision                          F
GLOBAL| FFTs using library dependent lengths                                  F
GLOBAL| Grid backend                                                       AUTO
GLOBAL| Global print level                                                 HIGH
GLOBAL| MPI I/O enabled                                                       T
GLOBAL| Total number of message passing processes                             1
GLOBAL| Number of threads for this process                                    1
GLOBAL| This output is from process                                           0
GLOBAL| Stack size for threads created by OpenMP (OMP_STACKSIZE)        default
GLOBAL| CPU model name                   AMD Ryzen 7 6800H with Radeon Graphics
GLOBAL| CPUID                                                              1002
GLOBAL| Compiled for CPUID                                                    0

*** HINT in environment.F:920 :: The compiler target flags (generic) used ***
*** to build this binary cannot exploit all extensions of this CPU model  ***
*** (x86_avx2). Consider compiler target flags as part of FCFLAGS and     ***
*** CFLAGS (ARCH file).                                                   ***


MEMORY| system memory details [Kb]
MEMORY|                        rank 0           min           max       average
MEMORY| MemTotal              6943056       6943056       6943056       6943056
MEMORY| MemFree               5915184       5915184       5915184       5915184
MEMORY| Buffers                 40684         40684         40684         40684
MEMORY| Cached                 384728        384728        384728        384728
MEMORY| Slab                    94984         94984         94984         94984
MEMORY| SReclaimable            35732         35732         35732         35732
MEMORY| MemLikelyFree         6376328       6376328       6376328       6376328


*** Fundamental physical constants (SI units) ***

*** Literature: B. J. Mohr and B. N. Taylor,
***             CODATA recommended values of the fundamental physical
***             constants: 2006, Web Version 5.1
***             http://physics.nist.gov/constants

Speed of light in vacuum [m/s]                             2.99792458000000E+08
Magnetic constant or permeability of vacuum [N/A**2]       1.25663706143592E-06
Electric constant or permittivity of vacuum [F/m]          8.85418781762039E-12
Planck constant (h) [J*s]                                  6.62606896000000E-34
Planck constant (h-bar) [J*s]                              1.05457162825177E-34
Elementary charge [C]                                      1.60217648700000E-19
Electron mass [kg]                                         9.10938215000000E-31
Electron g factor [ ]                                     -2.00231930436220E+00
Proton mass [kg]                                           1.67262163700000E-27
Fine-structure constant                                    7.29735253760000E-03
Rydberg constant [1/m]                                     1.09737315685270E+07
Avogadro constant [1/mol]                                  6.02214179000000E+23
Boltzmann constant [J/K]                                   1.38065040000000E-23
Atomic mass unit [kg]                                      1.66053878200000E-27
Bohr radius [m]                                            5.29177208590000E-11

*** Conversion factors ***

-> [a.u.]                                              1.82288848426455E+03
[Angstrom] -> [Bohr] = [a.u.]                              1.88972613288564E+00
[a.u.] = [Bohr] -> [Angstrom]                              5.29177208590000E-01
[a.u.] ->                                               2.41888432650478E-17
[a.u.] -> [fs]                                             2.41888432650478E-02
[a.u.] -> [J]                                              4.35974393937059E-18
[a.u.] -> [N]                                              8.23872205491840E-08
[a.u.] -> [K]                                              3.15774647902944E+05
[a.u.] -> [kJ/mol]                                         2.62549961709828E+03
[a.u.] -> [kcal/mol]                                       6.27509468713739E+02
[a.u.] -> [Pa]                                             2.94210107994716E+13
[a.u.] -> [bar]                                            2.94210107994716E+08
[a.u.] -> [atm]                                            2.90362800883016E+08
[a.u.] -> [eV]                                             2.72113838565563E+01
[a.u.] -> [Hz]                                             6.57968392072181E+15
[a.u.] -> [1/cm] (wave numbers)                            2.19474631370540E+05
[a.u./Bohr**2] -> [1/cm]                                   5.14048714338585E+03



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                     FRONTIERS IN SIMULATION TECHNOLOGY

                        C.J. Mundy, S. Balasubramanian,
                     Ken Bagchi, J. Hutter, Ari Seitsonen
                      IFW Kuo, T. Laino, J. VandeVondele
                                 Version 1.0




CELL| Volume [angstrom^3]:                                        344035.962527
CELL| Vector a [angstrom]:      70.402     0.000     0.000   |a| =    70.402000
CELL| Vector b [angstrom]:       0.000    70.410     0.000   |b| =    70.410000
CELL| Vector c [angstrom]:       0.000     0.000    69.404   |c| =    69.404000
CELL| Angle (b,c), alpha [degree]:                                    90.000000
CELL| Angle (a,c), beta  [degree]:                                    90.000000
CELL| Angle (a,b), gamma [degree]:                                    90.000000
CELL| Numerically orthorhombic:                                             YES
CELL| Periodicity                                                           XYZ

CELL_REF| Volume [angstrom^3]:                                    344035.962527
CELL_REF| Vector a [angstrom    70.402     0.000     0.000   |a| =    70.402000
CELL_REF| Vector b [angstrom     0.000    70.410     0.000   |b| =    70.410000
CELL_REF| Vector c [angstrom     0.000     0.000    69.404   |c| =    69.404000
CELL_REF| Angle (b,c), alpha [degree]:                                90.000000
CELL_REF| Angle (a,c), beta  [degree]:                                90.000000
CELL_REF| Angle (a,b), gamma [degree]:                                90.000000
CELL_REF| Numerically orthorhombic:                                         YES
CELL_REF| Periodicity                                                       XYZ

EWALD| Summation is done by:                                               SPME
EWALD| Alpha parameter [       ANGSTROM^-1]                              0.4000
EWALD| Real Space Cutoff [          ANGSTROM]                            8.4348
EWALD| G-space max. Miller index                         80        80        80
EWALD| Spline interpolation order                                             6

CELL_TOP| Volume [angstrom^3]:                                    344035.962527
CELL_TOP| Vector a [angstrom    70.402     0.000     0.000   |a| =    70.402000
CELL_TOP| Vector b [angstrom     0.000    70.410     0.000   |b| =    70.410000
CELL_TOP| Vector c [angstrom     0.000     0.000    69.404   |c| =    69.404000
CELL_TOP| Angle (b,c), alpha [degree]:                                90.000000
CELL_TOP| Angle (a,c), beta  [degree]:                                90.000000
CELL_TOP| Angle (a,b), gamma [degree]:                                90.000000
CELL_TOP| Numerically orthorhombic:                                         YES
CELL_TOP| Periodicity                                                       XYZ

*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]                                                                     *
*  \___/                             CPASSERT failed                          *
*    |                                                                        *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                                    topology_input.F:491 *
*******************************************************************************


===== Routine Calling Stack =====

            4 topology_control
            3 fist_init
            2 fist_create_force_env
            1 CP2K
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
([size=12.573px]parmed[size=12.573px]parmed