公社群聊Q&A整理：2015.06.04 01 ~ 2015.06.08 01 Mark

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-3-5 21:21:06

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-3-5 21:25 编辑

本帖由 @978142355 整理

相关概况可阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html
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2015.06.04 01 ~ 2015.06.08 01 Mark.txt (78.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2015.06.04 00:59:57
Q:
[图片]
A:
有必要再明确说一下Sob回复问题的优先级：计算化学公社>群>>>>>>>>>>>私聊
私聊：现已经在QQ签名上明确注明“不接受一般性计算化学问题的私聊”。计算化学问题中除了内容涉及保密，或者Multiwfn相关的，得到回复的几率较低。因为这是1v1的解答，受众人群最少。
群：内容写得清楚的，能直接回复的凡是看到就会回复。但是一般不会很详细，毕竟打的字很快就被冲走了。当没时间，或者问题描述含糊不清没法直接回答时，也不会回答。
计算化学公社：所有帖子只要能回复的，都会尽量仔细回复，一个也不会漏掉。不仅是 1v多，而且打的字能永久保存，有仔细回复的价值。
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2015.06.04 01:26:54
Q:
请问老师：使用multiwfn计算静电势时，手册中写到
[图片]，HF分子里没有涉及到氢键供体H2O中的H(3号原子),为什么对于HF分子还要忽略3号原子核呢？
A:
你的目的是仅仅计算静电势，还是打算按手册4.1.2节所写基于静电势做那种特殊的分析？
Q:
打算按手册4.1.2节所写基于静电势做那种分析氢键的强弱。
A:
那是选项3，不是3号原子。
照着例子操作一遍，看屏幕上的提示就会明白
这个例子里H2O是Donor，是指的它作为lewis碱，而非作为氢键供体
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2015.06.04 01:39:15
Q:
谁在电脑旁，帮忙下载几篇文献，ACS数据库的，谢谢！~
A:
Sobereva(190258442) 17:01:14
求文献前先用sci-hub自行解决，看群共享里的群规章制度
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2015.06.04 01:57:15
Q:
Sob老师，请问对于含有多根氢键的小团簇，我利用每个范德华表面穿透mutual penetration距离的加合来衡量整个体系的氢键作用强弱是否合理呢？
A:
[图片]
合理，但不建议只用这个指标来衡量
Q:
那有没有比较可靠的方法来衡量整个体系的氢键强弱变化呢？
A:
总相互作用能的考察是必不可少的。然后做AIM分析之类，考察bcp性质
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2015.06.04 01:59:50
Q:
http://www.guokr.com/post/90225/ 应该把这个加进群规
A:
这些已经在群规里提到的《在网上求助计算化学问题时的注意事项》帖子里谈了很多了
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2015.06.04 02:02:15
Q:
书籍整理到论坛?
A:
不打算转移到论坛
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2015.06.04 02:05:24
Q:
sob老师，MUltiwfn可以做一个轨道的线、面和空间的各种性质吗
A:
可，quite easy
这里都示例了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=462
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2015.06.04 02:09:18
Q:
假设两个小分子之间以氢键这种弱相互作用连接，再加入一个小分子，也是氢键作用和他们连接，我想通过RDG，来分析第三个小分子的加入对前两个分子相互作用氢键的影响，这种方式是否合适？
A:
可以。但如果从图上看不出太大差异，最好用AIM定量考察BCP的性质的变化
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2015.06.04 03:30:37
Q:
Multiwfn 3.3.7的4.200.4处做NICS计算的时候，出现以下问题(给出out文件夹后显示找不到out文件)
[图片]
A:
你得先运行那些输入文件
Q:
运行过了，是linux运行的
输入文件是win的
A:
屏幕上的示例已经很清楚了，你只需要写路径以及前缀，不要写序号
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2015.06.04 03:43:38
Q:
请教大家一个问题~一般来说物理化学上的意义，Gibbs能变（<0或>0）说明反应的自发非自发过程，大于80kJ/mol一般认为不发生；活化能垒的大小判断反应速率，一般超过30kcal/mol认为反应太慢很难能观测。那么在量化计算对应的判断依据又是什么呢？
A:
没有所谓量化的判断依据。量化只是计算出有物理意义的数据而已
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2015.06.04 04:00:05
Q:
对与生物大分子，如何在gv中整体移动分子的一部分？
A:
先把那个部分和其余部分的键断掉，然后按住shift和alt拖动
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2015.06.04 04:01:40
Q:
http://item.jd.com/1333425494.html
这个如何？
A:
U太弱
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2015.06.04 04:07:31
Q:
9 0.620112 222121220100
11 -0.071469 212221220100
14 0.071859 221212220100
18 0.215233 221212220100
29 0.120368 222111220200
74 0.072812 221222121000
78 0.209433 221222121000
81 0.549945 222122211000
82 -0.258161 222122211000
85 -0.064131 212222211000像这种一个态是好几个态的混合应该把它当做什么态？
[图片]
A:
那些只是组态函数，不是电子态。
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2015.06.04 04:34:38
Q:
打扰大家一下，请教大家个问题！我用路径# td(nstates=20) ub3lyp/genecp geom=connectivity可以正常计算完成，加了溶剂化关键词后就不能运算了 scrf=(pcm,solvent=acetonitrile) ，我又换为cpcm,iefpcm都不行，错误信息为 No special actions if energy rises.
Defaulting to unpruned grid for atomic number 44.
PCMQM-DMPCM-2 allocation failure: iend,mxcore= 8123214 5654737
Error termination via Lnk1e in h:\l502.exe at Wed Jun 03 19:38:45 2015
我用的是window系统，用gauss03
A:
改用g09
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2015.06.04 04:57:05
Q:
请问，multiwfn能直接用cube文件做电荷密度差值么？
A:
可以
Q:
输出一个新的cube？
A:
对
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2015.06.04 05:03:47
Q:
sob：怎么根据组态函数判断电子的占据状态
[图片]
像这种感觉很乱的
A:
2、1、0已经描述了组态函数的占据方式
实际多电子波函数没有单电子轨道的概念，也没法说哪个轨道被占据或没占据
Q:
那这种情况怎么判断他的电子态呢？
根据系数最大的？
A:
电子态具体指什么？
Q:
[图片]
A:
只有对称性相同的组态函数才能发生混合，所以考察哪个都一样，可以先看权重最大的
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2015.06.04 06:12:46
Q:
Multiwfn如何能产生所有振动频率的数据文本呢，我直接选择产生IR，然后有输出，可是输出的频率一列比实际out文本的要多，不知道为什么呢
A:
选项-1输出的不可能比实际的更多，输出文件里有多少就会输出多少。
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2015.06.04 16:44:42
Q:
sob老师好，如果要讨论激发态与激发态的相互作用，计算上有没有针对性方法，就好像基态与激发态的变化可以用NTO来可视化那种？谢谢老师
A:
没有
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2015.06.04 17:02:52
Q:
[图片]老师，邮箱里的赖文的量子化学是第几版呢？
A:
不要看这个中文的，太老
Q:
谢谢老师，那，那本英文的呢？
是第几版的呢？
A:
5ed
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2015.06.04 17:15:44
Q:
sob老师，想问一下，荧光的计算，有没有系统的步骤可以照着操作？
是这样嘛，我说一下，您看看对不对。高斯画分子，优化，优化后的坐标计算td。然后拿这个td后的坐标再opt？再拿opt的坐标td？
td后坐标也会变嘛？
A:
[图片]
对
Q:
想请问一下，第一次opt td计算相当于计算的紫外，第二次是荧光，这样理解对吗？
A:
opt td是优化第一激发态。直接取最后一步输出的最低的那个态的激发能就行了。
Q:
嗯，谢谢老师。最后一步是指的什么意思？
是第二次td的结果么
A:
优化过程最后一轮迭代的输出
Q:
还是有点晕
刚才树老师说要进行opt td opt td这样的来回两次
A:
opt td优化激发态的每一步都会做一次TDDFT计算并输出激发能，你取最后一次输出的
td opt一步就够了
第一次opt只是优化基态，这样优化激发态所需步数比你随便画个初始结构要少些
Q:
原来是这样。opt结束后就是激发态了？
A:
td opt结束后就是激发态的极小点结构，因此最后一步对应的就是激发态极小点结构下的激发能
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2015.06.04 17:22:42
Q:
[图片]
作业中断，出现这种错误，求解？》
[图片]
计算的IRC
A:
IRC里写上LQA
Q:
必须的吗？
以前的都没加…
A:
[图片]
Q:
# oniom(b3lyp/genecp:pm6) IRC=(calcfc,LQA,stepsize=10,maxpoints=10)
对吗？
A:
对
Q:
还有，以前的没加，但是步幅和步数都很小，计算的结果应该可信吧？
A:
可信
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2015.06.04 17:38:27
Q:
sob老师但是对于基态的紫外计算的时候，第一激发态的强度不一定是最强的，这是候第一激发态还是最重要的么
A:
不是
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2015.06.04 18:02:25
Q:
求文献
http://link.springer.com/article/10.1134%2FS1070363215020322
A:
用sci-hub.org自行解决
http://link.springer.com.sci-hub.org/article/10.1134%2FS1070363215020322
求文献前务必先尝试sci-hub.org
若发现所求的文献能用sci-hub.org获得却依然求文献，将按照群共享里“思想家公社群规章制度（2015-Jun-3）”里的说明进行禁言处理！
Q:
谢谢sob 昨天我试了出错了
A:
这两篇文献都是能用sci-hub.org下载到的
有1%的可能性sci-hub下不到，特别是网站刚挂出来几日的文献
所以为了不错怪求助者，我肯定是要先试一下的
一次不行隔几个小时、隔天再试
Q:
sci-hub.org
是 www.sci-hub.org 吗
A:
群共享里群规章制度里有对sci-hub的说明
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2015.06.04 18:17:48
Q:
请问老师：用相同的方法优化结构之后，用不同的方法计算单点能并且产生波函数文件wfn然后导入到multiwfn中做AIM分析，请问不同方法计算出来的波函数对AIM构型有影响吗？比如用方法1做出来的在AB之间存在键关键点用方法2做出来的在AB之间不存在键关键点，会出现这种情况吗？
A:
临界点的出现与否以及位置对于计算级别不敏感，只要你的级别1 >=B3LYP/6-31G*的水平，继续提高方法或者基组，BCP位置不会有明显区别
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2015.06.04 18:19:25
Q:
谁有CPMD的源代码？
A:
刚才求CPMD的发在这了
链接：http://pan.baidu.com/s/1c0bG0vQ 密码：vt0e
内含3.17.1版源码、手册，以及所有额外的包
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2015.06.04 18:24:42
Q:
采用Multiwfn计算的电子密度拉普拉斯值，本应该是共价键，结果算出来的是例子键，是咋么回事？
A:
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/416352702012822580719/
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2015.06.04 18:30:42
Q:
[图片]请问老师这是怎么回事呢
A:
输入文件结构或许有问题
Q:
[图片]请问老师这是我的输入文件，应该怎么改啊
A:
什么也不用改
Q:
那怎么出现错误了啊
A:
不说什么错误我怎么知道
Q:
核磁用这么小的基组能行吗
A:
对于计算NICS没问题
Q:
[图片]这是出现的错误提示
A:
你的输入文件不是Multiwfn自动生成的。自动生成的应该是这样。里面有了geom=connectivity就不会使得高斯自动判断成键关系
%chk=./benzene.chk
# b3lyp/6-31+g* NMR geom=connectivity
b3lyp/cc-pvtz opted
0 1
C 0.00000000 1.39078800 0.00000000
C 1.20445700 0.69539400 0.00000000
C 1.20445700 -0.69539400 0.00000000
C 0.00000000 -1.39078800 0.00000000
C -1.20445700 -0.69539400 0.00000000
C -1.20445700 0.69539400 0.00000000
H 0.00000000 2.47288200 0.00000000
H 2.14157800 1.23644100 0.00000000
H 2.14157800 -1.23644100 0.00000000
H 0.00000000 -2.47288200 0.00000000
H -2.14157800 -1.23644100 0.00000000
H -2.14157800 1.23644100 0.00000000
Bq -8.492127 -8.823127 -6.350127
Bq -8.492127 -8.823127 -6.037854
Bq -8.492127 -8.823127 -5.725582
Bq -8.492127 -8.823127 -5.413309
Bq -8.492127 -8.823127 -5.101037
...
Bq之后是诸如
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
...
----------------------------------------------------
2015.06.04 18:35:07
Q:
请教老师，用Gview，这两种内坐标输出方式是如何控制的，我总是得到第一种
[图片]
A:
gview保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=740
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2015.06.04 18:53:23
Q:
频率优化出来了，还报错
好奇怪
你们有遇到这样的情况过吗
A:
很明显，优化没收敛
Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.000000 0.000002 YES
RMS Force 0.000000 0.000001 YES
Maximum Displacement 0.000052 0.000006 NO
RMS Displacement 0.000021 0.000004 NO
Predicted change in Energy=-4.088599D-12
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 100
-- Flag reset to prevent archiving.
收敛到这种程度已经足够了，不用管报错
----------------------------------------------------
2015.06.04 19:00:40
Q:
、我设置的opt（maxcyc=300）；为什么在log文件中NStep 只有100
A:
有内定上限，取决于几何变量数
这么设毫无意义，只会白浪费时间
Q:
内定上限是无法修改的？
A:
得自己改程序
Q:
可是老师用wfn自动生成的进行运算出现也是这个错误
A:
我很不喜欢Multiwfn被简写成wfn或mwfn
Q:
multi才是特点[Emoticon]
A:
竟然还有把Multiwfn写成Mullikenwfn的
好在还不是millikenwfn
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2015.06.04 19:24:19
Q:
麻烦问一下各位专家，对含TL的化合物进行电荷的计算用什么基组合适？
A:
def2-SVP、lanl08、SDD之类都可以
并不需要为电荷计算而专门考虑
Q:
这些基组在gaussian里有吗？
A:
def2-SVP从g09 B.01开始内置
lanl08不是内置的
SDD是内置的
Q:
这些方法对tl的电荷计算结果影响不大是吗
A:
只要不是Mulliken之类对基组敏感的原子电荷计算方法，不会有多大差异
Q:
那用哪种方法计算最可靠合理呢？谢谢
A:
看群共享里《原子电荷计算方法的对比》的讨论
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2015.06.04 19:37:09
Q:
[图片]请问到底如何由拉普拉斯图中看出键关键点位置，就把正负确定了。
A:
实线代表正值区域，临界点落在这样的区域，显然是正值
Q:
是不是通过实线和虚线交界处来确定键关键点？
A:
BCO临界点位置就是图中的蓝点，用不着什么确定
Q:
采用multi计算出来的拉普拉斯电子密度图中，没给出键关键点位置，不知咋么确定了？
A:
无不喜欢Multiwfn被以任何方式缩写
临界点分明在图中清清楚楚已经标出来了
怎么会没给出？
如果你要坐标，在拓扑分析界面选0，屏幕上立刻就显示了
Q:
[图片]这是我做的拉普拉斯电子密度图，不知咋么看正负，和点的位置？
A:
怎么把临界点显示在平面图上看手册4.4.6节的例子。
简单来说，先在拓扑分析功能（主功能2）把临界点找出来，然后再照常作平面图即可。离作图平面近的临界点都会显示在图中
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2015.06.04 20:59:23
Q:
用packmol建盒子怎么能让某一结构位于许多水分子中间？
A:
用关键词设定此分子的出现空间范围，并且设定让水分子的出现范围比它大，可以包住它
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2015.06.04 23:21:44
Q:
[图片]
请教大家，满足这个描述的输入文件应该怎么写呢？谢谢
A:
scrf(SMD,solvent=generic,read)
末尾空一行写eps=40.0
Q:
谢谢
那原子半径那儿是默认的？
A:
非要用UFF半径就后面再写radii=UFF
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2015.06.04 23:25:16
Q:
请问大家，碳笼内放金属，然后优化，这个初始放金属的位置有讲究吗？
A:
没什么讲究
Q:
再追问一句，老师，假如最终A位置是稳定的，那么我放在B位置最终这个金属会移动到A位置，然后收敛，对吗？
A:
也不排除有多个极小点结构的可能。如果就一个极小点，会是你说的这样。
----------------------------------------------------
2015.06.04 23:39:35
Q:
高斯，dmol，vasp有GPU加速或这方面的研发趋势么？
A:
高斯有
不过别报太高期待
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2015.06.04 23:44:12
Q:
l 有没有开源的PM7或PM6-DH+代码
A:
没你直
没有开源的
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2015.06.04 23:46:16
Q:
各位老师好，我看到文献中有人用高斯计算natural atomic orbital (NAO)，我在说明书当中没有找到NAO关键词，是高斯不能做这个吗？
A:
高斯做NBO分析时自动先产生NAO
几乎所有NBO分析都是基于NAO做的。
----------------------------------------------------
2015.06.04 23:57:25
Q:
再请教老师一下，1、高斯中用NBO分析得到的Isotropic Fermi Contact Couplings，和费米耦合常数有什么关系呢？2、turbomole能做费米耦合常数分析吗？谢谢。
A:
Isotropic Fermi Contact Couplings不是NBO分析输出的。凡是开壳层高斯都会输出，就是原子核位置的自旋密度。费米耦合常数具体的我想不起来了
----------------------------------------------------
2015.06.05 00:01:48
Q:
请问结果优化出错，log文件最后为 >>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(RB3LYP) = -457.561454867 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.1396D-01 -V/T = 2.8285
KE= 2.502383822529D+02 PE=-1.231888745106D+03 EE= 4.067212070480D+02
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in d:\guassian09\l502.exe at Thu Jun 04 16:00:10 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 1 minutes 18.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 9 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
请问是怎么回事啊
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/4163527020104114190737/
----------------------------------------------------
2015.06.05 00:04:42
Q:
恩恩，谢谢老师。还想请问View中建好模型，输出了gjf文件，但是再次打开的时候键没了？
请问老师为什么啊？
A:
纯粹根据距离判断的。不用管
----------------------------------------------------
2015.06.05 00:06:47
Q:
求文献，谢谢：http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0016236171900147
A:
又是能用sci-hub下的[Emoticon]
Sobereva(190258442) 10:05:13
求文献前务必先尝试sci-hub.org
若发现所求的文献能用sci-hub.org获得却依然求文献，将按照群共享里“思想家公社群规章制度（2015-Jun-3）”里的说明进行禁言处理！
----------------------------------------------------
2015.06.05 00:39:35
Q:
高斯一般输出文件都有一段数据，例如：
1|1|UNPC-UNK|Freq|UB3PW91|LANL2DZ|C6H6Au1N2O2(2)|PCUSER|31-May-2015|0|
|#N GEOM=ALLCHECK GUESS=READ SCRF=CHECK GENCHK UB3PW91/LANL2DZ FREQ||T
itle Card Required||0,2|C,2.1759518639,-0.5199678455,0.|C,2.8684991868
,0.7057987408,0.|C,4.2588403333,0.7048766437,0.|C,4.9818045098,-0.5198
176562,0.|C,4.2592689938,-1.7447520142,0.|C,2.8693229745,-1.7455855243
,0.|H,2.3073204224,1.6336078959,0.|H,4.7991251998,1.647914301,0.|H,4.7
99658002,-2.6877536918,0.|H,2.3083045645,-2.6736273141,0.|N,6.35782107
63,-0.520647866,0.|H,6.8789059262,0.3424359522,0.|H,6.877265462,-1.384
7674913,0.|N,0.7298237391,-0.5270578282,0.|O,0.1165241566,-1.645057163
8,0.|O,0.1161989659,0.6052548912,0.|Au,-2.6320000688,0.4745725864,0.||
Version=x86-Win32-G03RevB.04|State=2-A'|HF=-627.3472199|S2=0.751707|S2
-1=0.|S2A=0.750003|RMSD=6.062e-009|RMSF=1.593e-004
|Dipole=4.4567356,-0.2190784,0..................
这一段东西有用吗？
A:
一般研究用不着，但写一些程序，需要提取数据时，有时得从这里提取。这是最终数据，可以避免前面输出的信息遭成干扰
Q:
数据结果应该在前面也有，是吧
A:
对
----------------------------------------------------
2015.06.05 00:48:55
Q:
分布概率代表什么，玻尔兹曼分布概率大和小时候分别能说明什么，谢谢
A:
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/4163527020129201300353/
----------------------------------------------------
2015.06.05 01:07:29
Q:
群主，你之前百度空间得文章现在转移到什么位置了
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1074
----------------------------------------------------
2015.06.05 01:14:37
Q:
[图片] [图片]，我要算CdSe团簇，想使用混合基组，如上设置后报错 Error termination via Lnk1e in /soft/lkx/program/g09/l101.exe
错在哪里
A:
Cd没定义赝势，参考此贴
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/41635270201046850154/
并且把(PDB...)都去掉
----------------------------------------------------
2015.06.05 01:19:45
Q:
请问multiwfn 是否可以画 fuki function?
A:
可，看手册4.5.4节
----------------------------------------------------
2015.06.05 02:01:23
Q:
[图片]
算了个配合物的
sob老师觉得上面的图有啥需要改进的么
A:
RDG等值面数值取得偏大，导致出现一些额外的红色和蓝色区域，并不对应弱相互作用，使图像复杂了
Q:
嗯谢谢sob老师我修改一下RGD等值面数值
sob老师，等值面的设定，是在这个里面么[图片]
A:
VMD里，graphics-representation
Q:
嗯好的谢谢老师
老师，我把Range设定了0---0.5，可是拖动下面的滚动条，根本不受这个限制。而且Range也自己又变了
[图片]
A:
直接在isovalue旁边输入数值最省事
Q:
好奇怪输入了数值，然后即使点了Apply 图像也不动
我录一个gif 老师看一下
嗯这次可以了谢谢老师
好像是跟我电脑上开着的一个软件有冲突
sob老师，我发现一个问题，我的这个聚合体（直接用的结构文件），里面的金属原子，好像最后都成了C了。
[图片]
中间黄色圈圈的应该是一个Cd原子
可在VMD里看到的是跟C一个颜色。也没有跟旁边的连接起来
实际上，Cd是与N原子配位的
A:
修改着色方式即可
coloring method-element
Q:
嗯谢谢老师。那个没有连接的问题是因为在原始的pdb文件里没有连接的问题么
coloring method-element
老师，这个没找到，我找的是Color Control-Element-Cd-
不过点了后颜色依旧没有改变
A:
graphics-reprentation里
----------------------------------------------------
2015.06.05 02:15:08
Q:
sob老师那个范德华半径默认的1.3 一般都是这个值不用修改吧？
A:
输入数值后点回车
----------------------------------------------------
2015.06.05 02:42:28
Q:
如何个一个原子加点电荷？如[图片]
不是直接加在原子上
A:
写上charge关键词。在分子结构后面空一行写比如0.2 0.3 0.15 3.2就说明在0.2,0.3,0.15的位置放了电量为3.2个质子的电荷
Q:
好的，（1）对于负电荷，就直接在3.2前写-3.2
(2) 在不同位置放电荷，就直接写吗如 xyz -2, 空一行，xyz -2
A:
不要用内坐标，否则你根本不知道背景电荷和原子的相对位置
----------------------------------------------------
2015.06.05 02:47:39
Q:
是这样吗？
A:
每个背景电荷之间不用空行
----------------------------------------------------
2015.06.05 03:44:56
Q:
sob老师，通过定义Cd-N之间的键Cutoff，把Cd-N连接起来了，可是，杂环里的N-N也连接起来了，这个有办法去掉么？
先出来的键是杂环里的，所以没法通过调节Cutoff去掉
A:
用普通方式显示，通过mouse-add/remove bond点击相应两个原子调整连接关系
----------------------------------------------------
2015.06.05 04:06:44
Q:
[图片]做td100计算时候，出现这个问题，有哪位老师前辈知道是哪里出错吗？[图片]com文件
A:
根本没出错
Q:
可是，这不是正常终止吧
A:
如果已经终止了，重新算
或者换个版本
----------------------------------------------------
2015.06.05 04:10:30
Q:
[图片][图片]老师 ,按照你说的把PDB...删掉了，您说Cd，没有定义赝势，Lanl2dz不就是赝势基组吗
A:
帖子里写得很明确
----------------------------------------------------
2015.06.05 04:34:33
Q:
请问下我优化两分子复合物之后分析他们的电荷分布和单体时候的差别，是不是做复合物的布居分析和单体的布居分析，之后相减就可以了呢？
A:
是
Q:
分析单体电荷的时候所用的几何构形是复合物中的还是自己单个优化之后的？
A:
都可以，使目的而定
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2015.06.05 04:56:02
Q:
请问大家遇到审稿人让引用文献但是文章和自己的研究又没什么关系吗
[图片]
都不知道插在哪里好
A:
一般就是在introduction里
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2015.06.05 05:19:13
Q:
sob老师，昨天向您请教的一个问题，就是能不能做一个轨道的点线面的各种性质，比如一个轨道中的电子密度在一条线上的变化情况，这种Multiwfn可以做吗？我发现只有做[图片]时候，才可以选择具体的一个轨道，做其他性质时，不能选择轨道。
A:
进主功能6的选项26，把其它轨道的占据数都设成0，然后作一条线上的电子密度图，曲线就时对应那条轨道的密度。
----------------------------------------------------
2015.06.05 05:44:52
Q:
各位大神..问问计算化学是做什么的。。
我是学生物的。。
求深入浅出介绍一发
A:
理论方法结合计算机程序通过运算研究各种化学问题
Q:
...比如什么问题
A:
每天多关注本群聊天内容和计算化学公社论坛，自然就知道了
如果急于得到答案，ask google
----------------------------------------------------
2015.06.05 05:50:47
Q:
找分子过渡态，通过不同的主变量，一个虚频是-400左右另一个是-1000左右是不是取-1000的作为过渡态还是两者全取？？？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
这不是过渡态，而是二阶鞍点
Q:
二阶鞍点？求老师相关帖子[Emoticon]
A:
不值得写帖子
[图片]
Q:
过渡态是一阶鞍点二阶鞍点表示什么意义？[Emoticon][Emoticon]
A:
无化学意义
----------------------------------------------------
2015.06.05 05:57:24
Q:
如果计算得出的M-M单键的WBIs是0.2,那么我们可以推断当该M-M的WBIs是0.4时，为双键吗？
A:
不能
这根本就没法说是单键
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2015.06.05 06:01:04
Q:
老师我看文献上有很多金属之间的WBIs都很小，有些文献说当金属之间的WBIs为0.88时，他是4重建，我迷糊了，请问老师这是怎么回事呢？
A:
那都是需标
比如Re2Cl8 2- 被认为是四重键，Mayer键级算出来是2.7，起码数量级还接近
虚标
Q:
虚标？老师：请问您有相关的帖子吗？我不是特别的明白。什么是虚标？
只要没叫审稿人骂成狗就行
A:
就是胡说八道，或者高估多重键
Q:
先按Sob老师的建议试试吧，谢谢老师~~@Sobereva
A:
有那么一丝证据也多算一重键，这就是虚标
Q:
啊！还带这么玩的啊，该文章的发的期刊还是挺好的
A:
C2多重键都忽悠到nature子刊了
Q:
当年U2六重键忽悠到science上
老师：关于WBIs关于共价键来说：WBIs=1,是单键，等于2是双键，如果是离子键呢？是不是WBIs始终小于1呢？
A:
也看什么离子键，是几价的。比如BeO是1.7。
1价的离子键不会大于1
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2015.06.05 06:01:52
Q:
请问一下大家，本来想仿照量化讲义上的电场中提到的文献，在电场存在条件下看看简单的亚硫酸氢根给质子能力的变化，可是会出现倾向于产生氢氧根和二氧化硫，可是我想看的是氢离子被离解的变化，我该怎么处理呢？
A:
或许实际就是那样，你也可以优化时把SO3固定住
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2015.06.05 06:38:31
Q:
最近在看jacs上的communication，看了10篇的样子，没发现纯计算的。是jacs上的communication都要求实验+计算吗？
A:
纯计算除非很有名气，像是schleyer、grimme那样的
Q:
那Angew.Chem.Int.Edit.呢？
当然也是communication
A:
也差不多
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2015.06.05 06:51:30
Q:
[图片]Sob老师这些是破解可用的吗
A:
当然
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2015.06.05 06:52:00
Q:
直接优化得到mulliken电荷和 pop=NBO得出的有什么区别呢？
A:
pop=NBO输出的是NPA电荷。和Mulliken电荷的差异见群共享原子电荷计算方法的对比
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2015.06.05 07:04:50
Q:
我还想问一个低级的问题。1，opt31步，用记事本打开log文件， Mulliken atomic charges 出来的mulliken电荷数据有三组，1483行开始有一组，31370位置有一组，32791行有一组。不太懂为什么有三组，我理解应该没opt一步都输出一次。那最终数据应该是32791那组吧？
A:
用最后输出的
Q:
1另外，log文件中 Mulliken atomic charges: 数据后面又跟着 Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms: 的数据，想考察电荷分布，是不是应该用Mulliken atomic charges后面的数据
A:
对
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2015.06.05 07:50:39
Q:
sob老师，你觉得高斯优化和频率计算时收敛标准用conver=6和更高级的conver=8有没有区别呢，尤其是做热力学分析时
A:
用默认的，别自己改
Q:
哦，那默认的优化和频率计算时多少呢，我记得以前帖子里好像写的是6和7，不知道对不对
A:
都是8
Q:
级别都很高哦
对于金属结构，默认的收敛标准老是优化失败，想着先采用低级别优化，然后高级别，这样是否可取呢？
A:
可
Q:
好的，谢谢您了
不好意思，再麻烦问下sob老师，是不是我不管怎么设置收敛标准，如conver=6，在计算频率的时候都将会采用默认的标准conver=8吗？
A:
否
Q:
那就是开始设置conver为多少，频率计算就为多少吗
自己设置后，优化和频率都和设置的一样了
A:
对
----------------------------------------------------
2015.06.05 16:00:08
Q:
请问：O2的键级为2，O2+正离子的键级为5/2，按照分子轨道理论，那么O2+正离子的稳定性大于O2，那么就意味着O2容易失去一个电子形成O2+正离子，也就是说O2的还原性很强，但是实际上不是这样的，原因何在？
A:
电子与核之间的吸引势是很大的，虽然电离掉电子后会使得键级增大、键增强，但在抵抗核吸引势上需要耗费更多能量，所以O2的电离能是正的。
----------------------------------------------------
2015.06.05 16:21:05
Q:
请问sob老师 sander.MPI免费吗
A:
免费。这是免费的ambertools包里的模块
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2015.06.05 17:13:08
Q:
老师，高斯可以寻找不同温度下的过渡态吗，怎么设置啊
什么软件可以研究反应机理，可能的过渡态，要求可以设定温度
A:
过渡态结构本身就不依赖于温度，过渡态结构的热力学量才依赖于温度设定
----------------------------------------------------
2015.06.05 18:40:00
Q:
Oniom分三层时，最终的能量怎么用高中低层能量计算？
A:
这里就有式子
Journal of Molecular Structure (Theochem) 461-462 (1999) 1-21
----------------------------------------------------
2015.06.05 18:51:15
Q:
请问使用[图片]公式计算氢键相互作用能时，结构优化必须使用 MP2/6-311++G** 吗？使用别的方法和基组优化后的构型再用MP4(SDQ)/aug-cc-pVTZ 计算静电势，可以吗？
A:
可以。
----------------------------------------------------
2015.06.05 18:58:32
Q:
请问FormBX had a problem.怎么解决？
A:
如果是优化，opt=cartesian
或者调整内坐标的定义
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2015.06.05 19:02:15
Q:
高斯软件的的误差范围是多少
<0.1kcal/mol?
<0.01kcal/mol?
自身的误差
同一个结构在不同时间不同机器上跑
A:
这纯粹看数值设定以及所用的计算级别，完全不是程序的事
Q:
都是默认参数
同一个机器不同时间跑
单点能相差0.01kcal
A:
如果你是指数值重现性的误差，只要你不开并行，软件环境相同，同样的CPU结果能精确重现
Q:
单点矫正能相差了0.06kcal/mol
奥可能是并行造成的
0.06kcal/mol 这么大？
A:
把收敛限设严、调整数值设定（诸如增加积分格点精度）
Q:
积分格点精度不一样
A:
除非是很高精度计算，否则0.6kcal/mol这样的差异也完全可以接受
----------------------------------------------------
2015.06.05 19:24:34
Q:
sob老师，之前看到的您的一个“显示VMD原子编号”的帖子找不见了@Sobereva
A:
在VMD中显示原子序号的方法
文/Sobereva
First release: 2013-Jul-30 Last update: 2014-Jul-23
VMD虽然灵活强大，但是却没有提供一般的分子可视化软件的直接显示全部原子序号的功能，比较不方便。但是这也可以手动或者通过脚本来实现。
手动实现的办法就是按数字键1，然后依次点击打算显示原子编号的原子，然后进入Graphics-Labels，选中所有条目，然后点击Properties标签页，在Format框里面输入%i。那些原子的编号就显示在图中了。如果觉得标签位置不合适，可以拖动Properties标签页里Offset里的十字使位置合适。在Global Properties标签页里可以设文字大小和粗细。修改文字颜色的方法是在Graphics-Colors里的Categories里选择Labels，Names里选择Atoms，然后再选择一种颜色。
如果原子很多，则可以将以下脚本拷贝到命令行窗口运行来定义一个命令atmlab，
proc atmlab {range id} {
set sel [atomselect $id $range]
set k 0
foreach i [$sel list] {
label add Atoms $id/$i
label textformat Atoms $k { %i }
label textoffset Atoms $k { -0.11 -0.0055 }
incr k
}
$sel delete
label textsize 1.2
}
之后，若想让所有ID为3的体系的原子编号都显示，就输入atmlab all 3。如果比如想让只有在34号原子的5埃范围以内的原子的标签显示，就输入atmlab "within 5 of index 34" 3
运行label delete Atoms all命令可以将所有标签都删掉。
如果想让元素名和原子编号同时显示，则把%i改为%e%i。如果想让原子编号从1开始而非从0开始，把%i改为%1i。
为了省事，还可以再定义一个命令
proc lab {} {
atmlab all [molinfo top]
}
运行lab就会把top的体系的原子编号都显示。
比较遗憾的是，虽然用如上方法可以显示出原子编号，但是如果用CPK之类方式显示，就会把原子标签给覆盖掉。而且标签大小没法随视角的远近变化自动缩放。
----------------------------------------------------
2015.06.05 19:32:24
Q:
sob老师，vmd去氢，您说“selectatom noh”，是直接输进去命令吗
A:
selected atom框里面输入noh点回车
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2015.06.05 19:36:42
Q:
我想比较2个异构体间原子电荷分布，用multiwfn计算的哪个电荷分布比较合理（基态和激发态的）？
A:
ADCH、NPA（NBO输出的）、CHELPG等等都可以
Q:
这些对基态和激发态的电荷分析都很可靠么？很少看到激发态的电荷分析，有推荐的文献么？
A:
都可靠。分析上没什么特殊的
----------------------------------------------------
2015.06.05 20:43:54
Q:
老师，高斯计算频率时，关键词这么写的
%nproc=16
%chk=/home/ess/zhchouen/witherite/freq.chk
%mem=4000MB
#P B3LYP/def2TZVP opt=(Z-matrix, maxcycle=1000, loose) scf=xqc charge nosymm freq
有这么多基函数
3256 basis functions, 5372 primitive gaussians, 3778 cartesian basis functions
412 alpha electrons 412 beta electrons
结构优化收敛之后频率大概跑了一周，然后终止了
Solved reduced A of dimension 6426 with 312 vectors.
FullF1: Do perturbations 1 to 3.
Isotropic polarizability for W= 0.000000 743.52 Bohr**3.
End of Minotr F.D. properties file 721 does not exist.
End of Minotr F.D. properties file 722 does not exist.
End of Minotr F.D. properties file 788 does not exist.
Leave Link 1002 at Thu Jun 4 12:48:52 2015, MaxMem= 524288000 cpu: 21527117.5
Internal input file was deleted!
Error termination via Lnk1e at Thu Jun 4 12:48:52 2015.
这是怎么回事呀？
A:
你计算过程中的临时文件被某人或者系统自动删掉了，
Q:
我问了超算的老师，他们看了删除记录说*.rwf文件是在作业报错之后两分钟系统自动删除的*.rwf。记录里没有显示*.inp。
这样的数值巧合很常见吗？如果重新算又要话很长时间，结果还是报错就悲剧了[Emoticon] @我本是个娃娃
A:
临时文件不是光指的rwf，还包括高斯自动产生的临时输入文件
----------------------------------------------------
2015.06.05 21:08:31
Q:
[图片]sob老师，这种散点图，右边的空阻部分，和左边氢键部分一样，都是越靠近左边越强吧
A:
右边的越靠右越强
Q:
嗯明白了谢谢老师
还有一个问题想问一下老师，VMD做的图，绿色是金属Cd原子，和周围蓝色的N是配位的。但默认是断开的，我按照老师说的给连接了，但他们周围有这个作用面，能不能去掉呢
[图片]
A:
没法直接去掉
要么RDG数值设小点，或者看散点图，把特定sign(lambda2)rho数值范围的区域的给屏蔽掉（这两个区域的密度值应该比其它弱相互作用区域更大）
----------------------------------------------------
2015.06.06 00:11:09
Q:
只是查询无机物的结构，那个chemspider，没研究懂啊@JPMorgan
结构优化后没有形成化学键[图片]
请问为什么啊？
正常结束opt进程
A:
你量量键长是多少，是否显著比一般的同类键长要长很多
----------------------------------------------------
2015.06.06 01:27:39
Q:
量子化学软件中文网[图片],这是什么原因，排除了，不是浏览器的问题。
A:
点右键，把编码改成GB2312
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2015.06.06 03:25:12
Q:
请问，像志强E5-2669V3这样的QS正显版有的但正式发布版没有的型号是因为什么在正式发布的版本里没有了呢？
就是正式版中为何把他们取消了呢
A:
Intel在规划产品线的时候有一些考虑，编号很多很繁杂，最后做适当地改动很常见。
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2015.06.06 03:28:25
Q:
[图片]
倒数第二行那个
! Cu, Zn, Pd, Ag, Au, Hg:
的Pd应该是Cd吧
For reasons of computational expense due to the large size of our systems, frequency calculations were not carried out on the minima.
Wavefunction stability calculations were performed to confirm that the calculated wavefunctions corresponded to those of the ground state.
请问这两句话是什么意思
A:
体系太大，频率分析算不动
做了波函数稳定性测试，表明确实收敛到了基态波函数
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2015.06.06 06:19:15
Q:
明天毕业答辩[Emoticon]
今天好像没看到sob老师出没
一打开就看到好大一张百合图啊w
A:
这是极致美好的百合！
Q:
单身狗已那么多，请不要再去百合。
请不要以单身狗为理由阻止人类进行美好的百合活动w
A:
此言差矣！
百合是人间最美好、纯洁的感情
为了守护百合，牺牲自己的幸福在所不惜
Q:
对对对！
prove it. 为什么百合就一定比异性恋要好？
A:
你还没有被百合所震撼过
看看《吹响！上低音号》第8话吧（虽然不看前7话未必能完全了解妙处）
Q:
[图片]噢，那个很让人兴奋啊
成为一名百合男子与你自身的取向也没有什么矛盾的地方啊w
A:
一般无矛盾，但极个别的时候则会面临命运的抉择。
比如高坂虽然喜欢久美子，也同时喜欢自己，自己有较高成功攻略高坂的可能性。这个时候就要选择，是去攻略高坂以获得自己的幸福，还是甘愿舍弃自己的幸福而守护极致的美丽。
花寺启介一定选择后者。
Q:
我还以为百合只是用于女性。男性也有百合这种说法吗？
A:
当然不是
没想到群里也有看百合男子的
Q:
请去研读《百合男子》这部作品就会明白。
A:
我是挺钦佩花寺启介的
Q:
对，百合长在百合大义面前的坚定的确让人钦佩。
对应于女性的百合 (Yuri)的说法，男性是叫蔷薇 (Yaoi)。
A:
以前做的一张图，群里也发过
[图片]
Q:
YOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO
看到了哲♂学www
大神，伪百合是指？
其实，我觉得这个问题可以往小处看。
比如碰到某个妹子，对其他妹子就没了兴趣。但这种对其他妹子兴趣的减低，并不表示性取向变化，因为这个时候性取向已无关紧要。
我觉得人总是会在某个瞬间倾心于某个人，我自己是觉得这种倾心是感情里是最美好的事情。
A:
简单来说就是伪娘X少女
经典的伪百合：《少女爱上姐姐》
Q:
[图片]我周围有哲♂学也有蕾丝边
A:
你真的看过哲♂学片么？
Q:
不过想来想去还是蕾丝边＞＞Gay
我周围结婚的partner们也是有的w 这个现在接受度在逐渐增高了吧。
不，我是说三次元……
例如说本科时代一个宿舍最后毕业的两个出柜
A:
我是指比利、贝奥兰迪、Van、金阁、银阁那些哲♂学片
Q:
[图片]不唯美啊
Sob特指兄贵型的么？
A:
不是兄贵不算哲♂学
----------------------------------------------------
2015.06.06 07:07:33
Q:
Sob老师，请问一下水的力场参数，就是关于键长和键角的谐振子表示，有没有什么文献有说？
我查了SPC/E的，貌似它是当做硬球来处理的……
A:
一般就是普通的谐振势
也可以用约束算法固定几何构型不变
Q:
唔，但是貌似这样MD只能跑NVT不能够跑NPT……
A:
这和跑NVT、NPT并无关系
gmx里SPC/E是用settle约束的算法
----------------------------------------------------
2015.06.06 07:12:23
Q:
哦，谢谢
那是不是如果我的体系原子比较多，结构比较多
那些opt到了平台但是不收敛的结构，我取其中一个构象去算这个稳定性测试过了，说明一下可能也能被接受
baidu看应该是把结构拿出来加个stable关键字就行了
A:
stable是测试波函数稳定性，而不是测试几何结构是否在极小点，两码事
波函数稳定性是指对于一个特定的结构，是否真正得到了基态的波函数
----------------------------------------------------
2015.06.06 07:29:35
Q:
老师，八月份的培训班有邀请函吗？发票呢？
A:
当然有
Q:
就算不是百合也是罪，打错
到时候通知里会写吧
A:
敌视、阻碍百合才是罪
会
Q:
我又只能做一个安静的旁观者，
A:
外表美型与否不重要，重要的是内心是否美
Q:
对了老师，实用量子化学什么时候出版？
撰写进度如何？
A:
明年吧，估计下半年能写出来
因为开过基础量化班了，书的基本骨架已经有了
Q:
那老师，这本书适合纯理论还是应用性计算
A:
应用为主
百合不是仅仅两个少女相互喜欢那么简单，百合的美和伟大，必须观赏过百合经典才能真切体会。
当年被《爆裂天使》的一个百合镜头所震撼后，深感BG，尤其是现实中的BG，境界和百合差太远太远了。
签名本，估计科音量化培训班现场售卖时才可能有
价格不是自己想怎么定就怎么定，本身作者就拿不到多少钱，甚至完全不获利
Q:
可不可以在前言部分追加一个印刷的签名啊
A:
看情况吧。
Q:
会出售Kindle版或者电子版吗？像在Amazon上面那样。
对，前言或者序
A:
没这个打算
Q:
其实很好奇老师怎么介绍自己
是的
A:
一定会争取让秋山澪这个名字出现在序言的感谢部分
Q:
sob老师真是有爱心
秋山零是谁
好像是某部动漫的主角
秋山澪是Sob酱的恋人啊
A:
博士论文开头的致谢就把秋山澪写进去了
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2015.06.06 07:38:23
Q:
高斯算周期性的是不是不如ms更方便
A:
高斯周期性计算极慢，一维周期性的速度还凑合
Q:
我想算过渡态，但是里面有离子晶体
反应物里
A:
要么挖出一块晶体当孤立体系计算，要做周期性就别用高斯，Dmol3之类可以用
Q:
挖出一块晶体具体如何操作呢
A:
MS就可以挖
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2015.06.06 07:43:31
Q:
老师，问一个非量化的问题，我想配一台可以玩高级一点游戏，请问硬件的配置应该是什么样子的呢？
A:
看你的预算。显卡用GTX960挺划算
内存8GB够了
硬盘2T
Q:
五千到六千，主要是大部分游戏烧cpu
A:
CPU i5-4670或E3-1230 v3
Q:
主频大吗
A:
游戏根本不怎么烧CPU，看显卡。把钱投入在显卡上带来的性能提升远比投入到CPU高得多得多
Q:
大部分游戏都把推荐配置定到主频3.0左右，
A:
游戏的推荐配置净瞎写，感觉都是不怎么懂硬件的人写的
不要管官方的推荐配置要求
Q:
老师您推荐的怎么不是酷睿7？
台式机的酷睿7不是比双核的好吗？
A:
没意义，见此文CPU部分的讨论
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=109
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2015.06.06 11:53:49
Q:
请问在一般的结合自由能的计算上，熵效应是不是经常忽略不计？
certain methods construct a background tree using 16S rRNA sequences which they use as the canonical tree of life.
canonical 现在也被用了在生物里，新奇。
A:
是的。算也很难算准
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2015.06.06 16:42:56
Q:
请教大家有没有介绍赝势基组的LanL2DZ适用范围的相关文献，我想引用一篇。
A:
[图片]
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2015.06.06 17:27:32
Q:
[图片]
[图片]
介绍赝势基组的LanL2DZ
感觉这ppt的风格像sob老师的
这是章永凡老师的课件吧~看过一些，讲得也很清楚仔细
A:
章永凡那个课件有很多问题。诸如说SDD基组相对较少使用、对于主族元素一般使用CEP系列的基组，明显很具有误导性
还有什么“除了稀土和放射性元素外均可使用赝势基组”，明摆着是错的
我写的ppt不会有那么多错误
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2015.06.06 18:03:13
Q:
那就是说E5-2699 V3这样的QS正显版使用起来也没什么问题吧
A:
也不敢说100%稳定，但可靠性还是够的
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2015.06.06 22:22:46
Q:
中二病犯了，竟然给自己梳了个麻花辫[图片]
A:
你应该尝试双马尾
麻花辫没意思
Q:
我一般都是编到一边
双马尾什么的，还是要配合服装才行
等我改天换个校服好了
A:
这样还可以
[图片]
Q:
[图片]画面太美我不敢看
图还挺漂亮
不过不是我的菜
是我的菜就行了
今天发现元气寿司好像换代言了
本来是麻友友的
这会换了
我本来挺喜欢东海堂的蛋糕的，自从不再是我女神代言，我也是不爱了[图片]
完了，我总是冷场
以后叫我冷场王算了
A:
你的话题没有讨论性
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2015.06.06 22:42:40
Q:
求教：Gaussian Development Version; Revision H.20;是高斯的什么版本？谢谢。
A:
内部版本，只有开发者知道
Q:
谢谢大神
那能买吗
A:
不能
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2015.06.06 22:43:57
Q:
您改过gamess么？我想在gamess里面加个标签。
A:
加什么标签？
Q:
加一个输入的参数。
A:
稍微一改就行了
Q:
[图片]
这样的
每个module下面没有输入文件表
A:
什么叫输入文件表？
Q:
我再组织一下语言再提问了，打扰您了
[图片]
我吧0改成我要的参数就行的吧，不用我动NAMEIO这个subroutine吧？
A:
如果你确切知道0对应的参数的含义直接改就行，subroutine代码不用动
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2015.06.06 23:15:30
Q:
学妹刚刚帮我编了个蝎子辫，好喜欢她[图片]
而且我学妹是女神，人送外号，湖北高圆圆
[图片]
自从大神说我现充之后，我就觉得不爆照了
我看我学妹都是这样的表情[Emoticon]
[图片]我好像不认识你~
A:
无妨，就麻花辫论麻花辫
Q:
如果好看，什么发型都好看
稍等，我去换成头像@Sobereva
发型很重要
只控双马尾
A:
只有两种最好：
姬发式
双马尾
Q:
巫女那种的[Emoticon]
AKB有首歌，叫马尾与发箍
全是单马尾
A:
单马尾太普通，貌似多半天朝高中都这种
Q:
这都是学校规定的
当然单马尾也不错
双马尾是外在的美，从平衡感上说，它弥补了手在长度上所产生的突兀感，从视觉上给予一种鲜活感。而傲娇，毫无疑问，这是一种人类对羞于表达的感情的天性啊，自然的含蓄难道不是一种美德么？轻风淡云，双马尾悠悠地随之舞起，那种渐行渐远的距离感让我不由得攥紧了拳头；明眉皓齿，回眸一笑百媚生，小巧可爱的双马尾半掩红润健康的脸颊，我的拳头已经攥得爆出了青筋；欲说还羞，想要奔流急切如浪涛般的爱慕却又被高傲的堤坝所阻挡，潮水一次次奋力地拍打着自己与生俱来的本性，俏脸涨得通红，双臂胡乱挥摆，词不达意乃至口吃，最后不得不沿着蛮横和暴力的盘山公路一圈圈到达至福的顶峰，猛然间亢奋的血液润湿了我干燥的鼻腔，仿佛久旱逢甘霖般，一水春意向下流，汨汨地淌着，伴着两行极喜的清泪。
双马尾协调地含蓄地跳动了一下，这一点点势能的增加却在我的心头予以了沉重的一击。在万有引力的作用下，势能达到峰值后不同程度地开始下降。先后落下的双马尾和环形卷发一样具有那灵动的弹性，然而却比后者更加自然而不做作，随着脚步的移动，双马尾完成了另一半抛物线，并优雅舒缓地向上飘动完成了一个平滑的悬浮过程，再次开始了下坠的周期。这里是沿海，傍晚的空气有时显得有点潮湿，然而这湿度似乎也被她的双马尾一并带走了，我感到了一阵强烈的口干舌燥，不仅仅是对这种无懈可击的美感，更是对伟大的物理和数学那五体投地的拜服。
A:
往往也只是为了图省事而已
Q:
[图片]
这种啊
A:
俗
Q:
搞得学校像伊朗朝鲜似的
A:
管得太多事，不让染发就罢了，女生居然还不能披肩发
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2015.06.06 23:30:34
Q:
论坛有人维护吗？麻烦验证一下
谢谢
A:
刚才并没收到注册申请。如果你是之前申请的，都审批过了
Q:
昨天注册的
A:
已经审批过了
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2015.06.06 23:41:58
Q:
科幻电影《阿凡达》虚构了利用“脑—脑接口”技术实现异体生物控制的科学梦想。日前，这一想法在上海交通大学得以实现。硕士研究生李广晔在导师张定国的指导下，成功利用人类的大脑意念遥控活体蟑螂。
A:
这报道感觉太虚
Q:
木http://www.sxdaily.com.cn/n/2015/0606/c703-5692645-1.html
该成果获得2015年国际机器人与自动化学会(IEEE RAS)学生视频竞赛第二名，并将在机器人顶级会议ICRA2015上展示。
A:
没法看详细的，蟑螂太恶心
能控制小白鼠再说
而且能遥控小白鼠走迷宫才有意义
Q:
靠人的意念？
网上有视频
小老鼠头上装个灯泡
控制灯泡就可以控制老鼠的行为
靠意念？难
A:
得能够植入芯片直接控制大脑，否则吊一个灯泡一看就是人为操控的
Q:
[图片]可以控制这只蟑螂去咬死这屋子里的所有蟑螂吗
A:
直接在芯片里置入个咬其它蟑螂的程序，放到蟑螂上，蟑螂就能自动执行，就好了。把动物当运行程序的载体
Q:
哈哈
啥程序？
蟑螂又不是主机
视频里演示的小老鼠是提前注射过药物的
A:
原则上动物都可以作为主机使用。
靠注射药物远没有那么强的可控性
给人装上个神AI的芯片，就可以成为超级士兵
Q:
呵呵
硅基生命？
A:
最终人类还是必须通过电子设备来进化自我的
Q:
人类已经摆脱进化论回了
轮回
老师对于缸中之脑这种猜想有什么见解，这对于蟑螂的新闻有什么启发呢？
A:
逐步脱离肉体的约束是人类发展的必然趋势
Q:
我们的灵魂会依附于电脑硬件吗？
A:
蟑螂这还不足以说什么。
Q:
人类大脑的工作，跟计算机是两码事儿
所以我不信什么芯片控制大脑
A:
最终灵魂被移植到计算机上运行是很有可能的，这是获得永生的完美手段之一
Q:
更不信硅基生命
我倒是设想过拿这个题材写科幻
不过仅仅是科幻罢了
我希望我的灵魂能够依附在一块固态硬盘上
人只有大脑不能移植，也就是说，大脑信息保存完好，意味着永生，
灵魂.......
A:
信息保存完好但不运转起来，算不上永生，那和直接冻起来没什么两样，现在也能做到
Q:
有个电影叫第六日，就是讲克隆一个人，把大脑信息传给他。
A:
等以后有闲时间肯定专门研究大脑
Q:
我实在没办法设想我自己被储存在NASA或者是超算中心的服务器里
A:
现在的计算能力还差得太远太远，看似计算机运行大脑不现实正是因为计算能力还远不够高
Q:
现在的计算能力还差得太远太远，看似计算机运行大脑不现实正是因为计算能力还远不够高///////这是搞IT的人的普遍认识，其实完全不对。
搞化学的，如果还这么想，那就是错上加错了。
A:
绝对是对的
所有问题都可以通过模拟来解决，大脑中发生的过程也绝不例外
Q:
可以考虑类似神经网络、那种模糊的模型。
我一直想写个神经网络拟合的程序
为什么所谓的碳基生命，其化合物的核心骨架是酰胺？
所有问题？
训练那些节点，让他们跟大脑信息高度拟合
A:
从物质构成的形式去讨论是没意义的
正如同计算可以模拟出任何实际化学反应
顶多是机器模拟出的大脑运作速度，无论怎么提升计算能力，也比起实际人脑要慢很多很多，但这无妨
Q:
人类最精美的设计，都不如自然界最简单的一个小分子
能够模拟出情绪么？和自主思考？
A:
并不要求实际可解决，甚至是否有真正解决的可能性，只要求原理上能实现，就够了
正如同交换相关泛函，虽然目前找到的都只是近似的形式，但毫无疑问精确的形式是确实存在的，知道这点便足矣
绝对可以
Q:
正如同计算可以模拟出任何实际化学反应/////你真是这么认为的？
A:
当然可以模拟出，模拟不出来才怪
Q:
那看来是我们对模拟的定义不同了
A:
所有化学过程的物理基础都已经十分明确了，是否可解只是计算能力的问题，Dirac当年的名言正是这个意思
Q:
这是两码事儿
那谁来预测一下我能得到什么手性？ee是多少？
机器可以无限的接近人脑，但是不能替代人脑，但是一些没有必要的就可以被近似掉
从物质构成的形式去讨论是没意义的/////必须要从构成来讨论，否则怎么能做到一样？
A:
做AIMD任何问题都能解决，只不过如今计算能力太差，模拟从空间和时间的尺度都太小而已
Q:
能近似掉？看来我对模拟的理解跟大家很不一样了。
生物都是有手性的，不了解这个，怎么模拟？
我不相信外消旋的计算机能模拟手性的人脑
我也乐观啊
但是要尊重现实
刚才我的问题，答案在基础有机化学里面就有
因为酰胺稳定
大自然费了那么多力气进化出CON的骨架，不是没道理的
A:
大脑模拟分为两种：
1 直接通过物理基础模拟，完美重实际大脑内部发生的一切化学过程（原子的运动）
2 通过数学模型，诸如神经网络之类，从算法上模拟出大脑的运行方式，计算量显然远远低于1
1是完美理想状况，实际没有希望，但原理上绝对正确。2是相对有希望的实现方式
Q:
如果有一天这种情况实现了，也是在硬件提升了不少的前提下，做了打量的近似
大量
A:
如果拘泥于物质的构成形式，最终人类就没法发展了
Q:
不
有错了
又
为何所有生命的直接能量来源都是ATP？
A:
CHNO局限性太大，永远被这种形式束缚，就没有突破性的发展
Q:
所谓的生命多样性，还是有统一的分子基础的
这是宇宙法则
我一直酝酿写一本书，题目大概叫做：外星人和你一样
宇宙法则不是生物，而是物理
A:
如果你非要把生命的定义局限在CHNO形式的构成上，那我也没什么好说的了
Q:
同意
A:
我眼里，凡是能有自主思维能力的存在，皆称为生命
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2015.06.07 00:01:52
Q:
想问一下，NBO和密立根电荷在定性上是一致的吗？
A:
世界上没有所谓的密立根电荷
也没有NBO电荷
NPA电荷和Mulliken电荷的差异在群共享里原子电荷计算方法的对比里面有详细讨论
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2015.06.07 00:06:12
Q:
请教一个问题就是我计算完IRC作图图注该怎么写啊
A:
看其它文献一般怎么写就怎么写
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2015.06.07 00:14:55
Q:
[图片]哪位大神指导一下force.c.是什么个含义
A:
力常数
Q:
谢谢老师，请问这个力常数与具体的LJ作用势之间的sigma和epsilon之间有什么联系吗
A:
LJ是原子间相互作用势，力常数涉及的是成键的势，没有直接关系
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2015.06.07 00:40:27
Q:
特大号外：美国公司宣布人类已经攻克癌症
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3OTA1MTQwOQ==&mid=205594981&idx=1&sn=0f2f380d9d67e00c8b37032c5a60f466&scene=1&from=groupmessage&isappinstalled=0#rd
A:
这种科技报道总是标题夸大化
Q:
2013年的新闻，可能还是不成熟 http://www.guokr.com/post/448164/
吸引眼球普通人要治疗的话还不知道等多久
A:
如果各种科技新闻的标题都成真的能付诸于实际，人类发展都前进好几百年了
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2015.06.07 00:49:44
Q:
老师，请问，这两幅图是在小分子的团簇上分别加了一个水分子和两个水分子的RDG图，通过看弱相互作用部分散点变的密集，能说明弱相互作用变大了吗？[图片][图片]
A:
密集与否没意义。要看spike的位置，并且结合等值面图看
Q:
就是还要绘制ρ(r)vsRDG图，来看spike的位置的变化吗？
A:
应该是绘制sign(lambda2rho) vs RDG填色等值面图。
spike的位置是从散点图上看。
Q:
这两个的spike值感觉看不出什么差别，[图片]，[图片]
A:
先看等值面图，后看散点图
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2015.06.07 01:10:16
Q:
[图片]
请问，为什么我8HDIFFD后面加空格才能编译通过啊？
不加空格报这个错误，
error #5125: End of statement found while lexing a hollerith constant
A:
那就加呗
可能代码写法上利用了一些特殊的Fortran规则
一般自己写代码不会这样
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2015.06.07 01:44:11
Q:
请问老师：用二级稳定化能判断氢键的强弱时，如果一个分子团簇里有多根氢键，那么着些氢键的二级稳定化能可以加和来代表总的强度吗？（比如想比较：一个含有三根氢键的团簇和一个含有四根氢键的团簇。）
A:
不鼓励用E2进行判断，此文靠后部分有讨论
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/4163527020147289150339/
Q:
好的，老师，通过静电势来计算相互作用能，[图片]这个可以相加吗？
A:
只要几个氢键之间耦合不强烈就可以相加
Q:
那怎么判断氢键之间耦合的强度呢？
A:
看氢键出现的位置是否挨得紧密
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2015.06.07 02:42:02
Q:
老师您有微博吗？
A:
无
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2015.06.07 04:34:55
Q:
北京科音自然科学研究中心（www.keinsci.com）将于2015年8月10日至13日于北京开办“第二届量子化学波函数分析暨Multiwfn程序使用培训班”。本培训致力于推广、传播量子化学波函数分析方法，介绍功能强大、独立自主开发、在国际有广泛影响力的Multiwfn多功能波函数分析程序（http://multiwfn.codeplex.com）的使用，使广大理论、计算化学科研工作者能够将波函数分析充分应用于实际问题的研究当中，加深对化学问题本质层次的认识。
本次培训全部课程将由Multiwfn波函数分析程序的开发者卢天博士讲授。是也是知名计算化学QQ讨论群“思想家公社”(18616395)的群主之一、高水平计算化学论坛“计算化学公社”(bbs.keinsci.com)的创始人、网名Sobereva的主要使用者之一。
此次培训班的第一轮通知见http://www.keinsci.com/workshop/2WFN_ann1.html，最新相关消息都将在科音的网站上通知。欢迎各位踊跃报名参加并转发此消息。
老师，怎么又变成了那个什么酒店了呢
这是最后定的地方，传媒大学的会场时间不合适
A:
传媒大学太黑
Q:
[Emoticon]
A:
后来变卦
Q:
满脑子都是怎么搂钱
有录像吗？
都快出五环了
A:
没录像
Q:
上海的话以后可能会有专场
A:
短期内没这个打算
Q:
老师，发票的抬头怎么写呢？
A:
一般就写大学的名字
Q:
报会议费就可以了
workshop可以翻译成研讨会
第二届量子化学波函数分析暨Multiwfn程序使用培训班第一轮通知
要是能改成
第二届量子化学波函数分析暨Multiwfn程序使用研讨会第一轮通知
估计会好报账一点，，现在报账很难
A:
谁需要这么改，提前跟我们说一下就行了
邀请函上会改成相应的
Q:
老师，需要邀请函的可以在邮件里注明吗
A:
默认会提供
Q:
需要把程序手册先看看吗？
A:
有时间可以看，但不是必须的
Q:
会议地点在什么酒店？
A:
看通知
群公告
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2015.06.07 08:37:55
Q:
请问加关键词field=x-10是在X的反方向加0.001a.u.的电场对否？gaussian说明书中说Field=XXYZ-20表示与默认方向相反加一大小为0.0020au的电场又是什么意思这里面的ＸＸＹＺ表示什么方向呢？
A:
XXYZ是十六极矩的一个分量，不是单一方向的电场
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2015.06.07 11:11:59
Q:
谢谢sob老师，那向X的反方向加0.001au电场就直接写field=X-10就可以了吧？
A:
[图片]
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2015.06.07 18:48:34
Q:
The total bond order >= 0.050000
# 1: 1(C ) 2(C ) 1.30185421
# 2: 1(C ) 4(C ) 0.06701057
# 3: 1(C ) 6(C ) 1.38545000
# 4: 1(C ) 20(O ) 0.91916447
# 5: 2(C ) 3(C ) 1.47724684
# 6: 2(C ) 5(C ) 0.10569184
# 7: 2(C ) 17(C ) 0.77993460
# 8: 3(C ) 4(C ) 1.41138904
# 9: 3(C ) 6(C ) 0.08412306
# 10: 3(C ) 15(C ) 0.80171330
# 11: 4(C ) 5(C ) 1.36561873
# 12: 4(C ) 11(C ) 0.85706553
# 13: 5(C ) 6(C ) 1.46842451
# 14: 5(C ) 8(C ) 0.88160509
# 15: 6(C ) 7(H ) 0.91150337
# 16: 8(C ) 9(H ) 0.91284270
# 17: 8(C ) 10(H ) 0.90391726
# 18: 8(C ) 49(O ) 0.85337454
在算键级的时候怎么知道那个和那个原子对应啊
这个标记和View中的标记不是对应的
求教，何如知道谁和谁对应啊
求解答问题啊
A:
显然是对应的，序号都标明了，和gview里看到的完全一样
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2015.06.07 21:41:41
Q:
[图片]
A:
你得把变量的定义改成相应的。dsqrt接受的是双精度浮点变量，f2必须声明成real*8才行
分子动力学斐洛(1050106883) 09:58:09
这个错误是精度的问题吗[图片]
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2015.06.07 21:45:52
Q:
[图片]
A:
看手册4.9节。
今年8月的培训班也会专门详细讲键级的计算
小书童(1549204404) 08:47:44
Multiwfn怎么计算键级啊？求帮助，给个教程连接就行。[图片]
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2015.06.07 21:54:56
Q:
刚才老板扫了扫我的微信，然后我们互加了好友[图片]
A:
双马尾效果不错
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2015.06.07 22:31:25
Q:
嗯嗯谢谢sob老师但是我是把他原来makefile里的autodouble选项去掉了的是这个去掉了导致的精度问题吗但是如果不去掉编译器不识别呢 unrecognized@Sobereva
A:
这个选项代表如果没有明确声明是单精度还是双精度，就都当成双精度考虑。
可能是编译器版本问题，或者用的不是指定的编译器，导致无法识别此选项
Q:
嗯嗯 readme里有说如果编译器版本不一样就要修改我用的是mpif90 也就是编译的时候指定双精度编译就可以了吧应该怎么指定了现在对编译器的选项还不是很了解呢[Emoticon]
A:
这个几句话说不清楚，得看具体情况。而且如果没有经验的话很难讲明白。
mpif90只是个壳，你用什么编译器编译的MPI库这个壳就对应于什么实际的编译器
应尽量用程序专门指定的编译器去编译。
Q:
[Emoticon]好的我现在应该怎么做呢
[图片]
我的是这个版本我应该下一步怎么做呢 sob老师
A:
你先查查autodouble那个选项你的这个编译器版本是否支持，如果不支持，是否之后的版本或者是被其它编译器支持的
Q:
这个应该怎么查呢不好意思我水平不是很好麻烦老师了
我只知道我如果单独用ifort没有报错但是用ifort不能编译他显示无法找到命令
用mpifort也是无法识别autodouble
A:
你编译MPI库用的是gcc+gfortran，所以mpifort无法识别autodouble
Q:
所以我应该重新编译mpi库还是
有其他办法吗
A:
重新编译MPI
Q:
这次我应该用什么编译呢
A:
icc+ifort
Q:
我重新编译后对我之前用当前的mpi库并行编译的软件有影响吗
A:
你编译的时候可以指定MPI库产生在什么目录下，专门指定一个，这不影响你原来的。编译你当前的程序的时候用的MPI也指定成你刚才产生的那个
Q:
好的
A:
如果把原先的MPI覆盖了，原先能MPI并行的我不敢确保不受影响
Q:
也就是我这次把mpi编译到其他目录里吧
A:
对
Q:
为什么我config到usr/local/mpich后来找不到他了没有在那个地方生成是怎么回事呢
A:
先得make，然后make install，才会安装到那个目录
Q:
make之前要修改makefile指定icc和ifort是吗
A:
视MPI具体的库而定，有的可以直接在configure时用诸如FC=ifort CC=icc来指定
Q:
那我这个可以吗是mpich-3.1.3
A:
你直接改makefile也可以（如果里面有相应设定的话）
Q:
我现在config后直接make失败了
A:
我早已改投openMPI了，mpich具体的忘了
Q:
好的
A:
这类问题远程说不清楚，多琢磨琢磨google google总有办法
Q:
开始编译了我现在什么也没指定他make是用什么编译器make的呢
A:
configure自动判断系统里有什么编译器，你没指定就不好说了，可能是gcc+gfortran，你用top命令看看当前是什么编译器在运作就知道了
Q:
额。。。看不懂
如果在config的时候指定应该怎么写呢
A:
openmpi是这样，mpich也可以试试
./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort
Q:
好的
它显示c compiler cannot create executable
这是怎么回事
是不起里面有个编译器出问题了呢
是CC＝icc这个有问题吗还是
A:
光有那么句提示谁也不知道原因
Q:
是要看config.log吧
[图片]
老师是icc编译器有问题吗
A:
icc要么没装要么没设定对环境变量，另外MPICH也未必能那么写（先看安装说明）。
Q:
这个编译器有谁有吗能给我发一份吗这个好像要自己写Email的吧
系统上还没装icc和icpc
A:
上计算化学公社 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=379
Q:
老师 icpc的有吗这个不用安装是吧
A:
具体的我了解也并不深
就在icc里
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2015.06.08 00:18:20
Q:
请问过渡态的虚频会对熵焓等热力学参数有所贡献么？
A:
无
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2015.06.08 00:46:00
Q:
有个话题，请感兴趣的同学讨论下。
对于量子化学，看原始文献重要，还是看教材收获更多？
A:
基础教材看够了就行了，更多深入、专业的知识需要看文献进一步拓展。但很多人连一本基础量化书都没正经看过，这很容易导致研究中犯低级错误、频繁问低级问题，文献也看得一知半解。
Q:
基础教材不是那么简单的
A:
觉得难要么没看对书，要么没耐心
Levine的Quantum chemistry，只要高数及格，英语过四级，慢慢看就不会看不懂，至少看懂90%是没问题的
没有教材，这类问题google是最好的老师，还得加上自己多琢磨多试
Q:
嗯嗯但是不知道一开始先往哪个方向走呢就是先看哪个
老师刚才说的quantum chemistry是只要有高数和英语基础就好了吧不需要先会量子力学啥的吧
以后感觉需要用到QE 这个软件的基础就是quantum chemistry把
A:
前半本几乎都在讲量子力学基础
看完这书等于顺便学了基础量子力学
Q:
好的这本应该是非常基础的对吧
A:
QE应该看第一性原理的书，入门的可以看Density Functional Theory-A Practical Introduction。但是看了levine这本也绝对有好处
对
Q:
我对量子化学不是很理解以为第一性原理计算就是量子化学[Emoticon]
A:
[图片]
Q:
是说量子化学包含后面两者吗
A:
哪后两者？
Q:
第一性原理和分子模拟
好像不对
A:
量子化学当中的固体量子化学这个分支很大程度上和第一性原理这个概念是交叠的。分子模拟不算
Q:
原来是这样
A:
语义最广的实际上是分子模拟，往大了说前三者都算。比如JMM前三者的内容都有。
Q:
然后其实都是计算化学是吗
A:
虽然也可以说都属于计算化学，但是计算化学这个词有点偏重强调计算，同时也不能忽视理论成份。
Q:
这样的话ab intio跟first principle含义不一样了吧
A:
都是说法的问题，量化口的爱用前者，物理口的爱用后者
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2015.06.08 00:52:44
Q:
sob老师我想进一步了解一下这些Linux上安装编译软件的细节比如编译器的选项 makelife和config文件的语法之类的有没有什么资料和教材
A:
编译程序必须靠摸爬滚打，成功编译过几个程序以后就逐渐通了
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2015.06.08 00:53:53
Q:
哪位传我份 Multiwfn 手册啊
A:
官网就有
multiwfn.codeplex.com
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2015.06.04 01 ~ 2015.06.08 01 Mark

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