欢迎试用在线分子，波函数，轨迹显示与编辑软件qMolStar

coolrainbow · 发表于 Post on 2025-3-18 17:26:56

本帖最后由 coolrainbow 于 2025-3-18 17:34 编辑

大家好，我们非常高兴和大家宣传一下我们最近的一个工作。开源软件MolStar （Mol*）是一个非常优秀的在线分子可视化程序，但是该程序主要适用于生物分子显示，不适合有机分子和波函数，原始的菜单也很难用，并且也没有分子编辑功能。我们基于MolStar做了大量的工作，推出了一个全新的分子可视化程序，暂时定名为qMolStar，比起原版添加了海量新功能，欢迎大家试用！

地址：http://molstar.szbl.ac.cn/viewer/
无需下载，点击即用！

格式
分子：qMolStar支持从XYZ、PDB、GRO、CIF、SDF、MOL等等几乎所有的分子格式
轨迹：几乎所有的拓扑文件格式（PSF，ITP等等）和轨迹文件格式（XYZ，DCD，等等）
波函数：支持波函数文件MWFN格式和高斯输入格式

下载：
支持直接输入PDB ID、SMILES式、PUBCHEM ID编号打开文件，无需手动下载

格式转换：
一键实现所有分子格式的转换

图片识别分子：
基于背后的AI模型，可以一键从图片识别出分子！
https://zhjun-sci.com/_images/image2mol.mp4
可以尝试把下图拖进网页里，就可以立即识别出三维结构

编辑：
实现接近GaussView的分子构造功能，可以从零开始画分子下载！
https://zhjun-sci.com/_images/build-mol.mp4

轨迹：
一键实现分子轨迹转换视频操作，无需安装任何插件，可下载mp4,avi,gif格式。
https://zhjun-sci.com/_images/record.mp4

波函数：
以Multiwfn作为后端，可以快速显示分子轨道和其它实空间函数，并可下载cube文件
https://zhjun-sci.com/_images/mo-view.mp4

分子选择：
支持VMD和pymol等多种语法选择分子，可以精确对分子进行可视化操作
https://zhjun-sci.com/_images/vmd-sel.mp4

下面是一些其它视频：

https://zhjun-sci.com/_images/view-mol.mp4
https://zhjun-sci.com/_images/view-mol2.mp4
https://zhjun-sci.com/_images/view-pdb.mp4

qMolStar每天都在上线新功能，欢迎大家提出宝贵意见！

截图：

gentle · 发表于 Post on 2025-3-19 15:04:57

老师很厉害啊，这工具有考虑开源吗？molstar可以很方便的嵌入前端工程，也有streamlit上的实现，如果想用老师的工具二次开发是需要联系老师吗？

lanthanum · 发表于 Post on 2025-3-19 16:44:03

把这个作为前端，将ABCluster功能都接入该多好啊。

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-3-19 17:33:49

要不再集成一个画键线式的工具（比如Ketcher或者ChemDoodle），画完直接AI识图生成三维结构，实现收费的某Draw+某3D的效果……

说起来，PBC相关的编辑功能有计划加入么？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-3-19 17:46:12

这个AI一键识别太酷了，可否识别化学反应？以及在预先自定义R基的情况下，给一个含R基的分子结构，AI模型生成结构时能否自动把预先定义的R基装到分子上？
另外结合大语言模型，可否做【键线式+自然语言指令】转化为三维结构？比如画一个葡萄糖，然后告诉AI模型“列举出这个分子的羟基上面加2~4个甲基，得到的所有可能的分子”，输出若干xyz文件

wal · 发表于 Post on 2025-3-19 18:14:22

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-19 17:33
要不再集成一个画键线式的工具（比如Ketcher或者ChemDoodle），画完直接AI识图生成三维结构，实现收费的某D ...

都画完键线式了为什么还要AI识图 XD 这些绘板都可以转mol格式导出很多库都能直接3D化的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-3-19 18:29:44

wal 发表于 2025-3-19 18:14
都画完键线式了为什么还要AI识图 XD 这些绘板都可以转mol格式导出很多库都能直接3D化的

因为这个键线式可能是从文献里截的，乃至在会议上拍的别人的ppt

wal · 发表于 Post on 2025-3-19 18:37:42

wzkchem5 发表于 2025-3-19 18:29
因为这个键线式可能是从文献里截的，乃至在会议上拍的别人的ppt

这个我晓得我玩过别人的此类开源项目
但是我回复的那位小伙伴说嵌入个化学绘板，先在绘板上画键线式，画完再AI识别转结构，这个工作流就有点神奇了 XD

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-3-19 18:41:51

wal 发表于 2025-3-19 18:37
这个我晓得我玩过别人的此类开源项目
但是我回复的那位小伙伴说嵌入个化学绘板，先在绘板上画键线式， ...

哦，那确实。
不过如果AI识图能够更加robust，这种工作流也不是不可以。可以这么想，不是也有大把的人用deepseek解决百度一下就能解决的问题。。。但也不能说此时用deepseek就是神奇的工作流

wal · 发表于 Post on 2025-3-19 18:56:17

wzkchem5 发表于 2025-3-19 18:41
哦，那确实。
不过如果AI识图能够更加robust，这种工作流也不是不可以。可以这么想，不是也有大把的人用 ...

短期有点难吧，不说开源项目，我用过提供这种功能的商业化软件(他们号称是AI识别)，起码在我使用的那段时间里它偶尔还是会出错的，尤其是会认错带电荷的原子
相较之下，绘板的API目前来说还是比较稳的，没咋听说哪家绘板有严重BUG

neocc · 发表于 Post on 2025-3-19 19:10:59

本帖最后由 neocc 于 2025-3-19 19:13 编辑

棒~
之前在vscode里面有个基于mol*的插件，初次使用非常惊艳，10w原子的pdb秒开渲染效果也很棒，苦于迁移学习成本太高，还是回到了vmd。
张老师做的这个网站兼容vmd操作，非常适合新手入门。

coolrainbow · 发表于 Post on 2025-3-19 19:56:38

gentle 发表于 2025-3-19 15:04
老师很厉害啊，这工具有考虑开源吗？molstar可以很方便的嵌入前端工程，也有streamlit上的实现，如果想用老 ...

再等一段时间，功能再多一些，反馈的bug再修复一些，会开源的

coolrainbow · 发表于 Post on 2025-3-19 19:57:11

lanthanum 发表于 2025-3-19 16:44
把这个作为前端，将ABCluster功能都接入该多好啊。

会做的，但是现在task list很长，要慢慢来

coolrainbow · 发表于 Post on 2025-3-19 19:58:37

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-19 17:33
要不再集成一个画键线式的工具（比如Ketcher或者ChemDoodle），画完直接AI识图生成三维结构，实现收费的某D ...

当前这个程序已经支持PBC了，包括显示超胞，不过还在继续优化

coolrainbow · 发表于 Post on 2025-3-19 19:59:31

wzkchem5 发表于 2025-3-19 17:46
这个AI一键识别太酷了，可否识别化学反应？以及在预先自定义R基的情况下，给一个含R基的分子结构，AI模型生 ...

要做这个，请先给我两个研究生

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[建模与可视化] 欢迎试用在线分子，波函数，轨迹显示与编辑软件qMolStar

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