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[GROMACS] 求助:跑分子动力学模拟、血红素和组氨酸NE2原子需要增加配位键吗?

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本帖最后由 yaoshi1206 于 2025-3-22 14:17 编辑

最近在做一个含血红素蛋白COX2(环氧化酶-2)的分子动力学模拟,下载的蛋白(4COX)文件中,血红素上铁Fe是5配位的结构,组氨酸的NE2与Fe形成配位键。
发现用pdb2gmx (选charmm36力场)生成的拓扑结构,配位组氨酸指定为3.Coupled to Heme (HIS1),检查拓扑文件发现[bonds]中没有组氨酸NE2与Fe的成键信息,动力学模拟的过程中,血红素在1ns之内经脱离原来的位置? 这样情况需要拓扑文件添加血红素上Fe与NE2的成键信息吗?

下图是从RSCB数据库下载的4COX的血红素周围构象



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发表于 Post on 2025-3-22 16:35:02 | 只看该作者 Only view this author
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