计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 217|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Lammps] 热解分子动力学lammps报错该如何解决?Not a valid floating-point number: 'H'

[复制链接 Copy URL]

2

帖子

0

威望

15

eV
积分
17

Level 1 能力者

本帖最后由 peekaboo 于 2025-4-15 15:37 编辑

程序报错结果
PS F:\YL\DEC-2>  mpiexec -n 26 lmp -in DEC.in -sf gpu -pk gpu 1
LAMMPS (15 Jun 2023)
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (src/comm.cpp:98)
  using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
Reading data file ...
  orthogonal box = (0.008875009 0.18883454 -0.079766046) to (29.692575 29.872535 29.603934)
  1 by 2 by 13 MPI processor grid
  reading atoms ...
  7200 atoms
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
  special bond factors lj:    0        0        0
  special bond factors coul:  0        0        0
     0 = max # of 1-2 neighbors
     0 = max # of 1-3 neighbors
     0 = max # of 1-4 neighbors
     1 = max # of special neighbors
  special bonds CPU = 0.002 seconds
  read_data CPU = 0.059 seconds
ERROR on proc 0: Not a valid floating-point number: 'H' (src/REAXFF/reaxff_ffield.cpp:584)
Last command: pair_coeff      * * CHO2008.reax C H O

job aborted:
rank: node: exit code[: error message]
0: DESKTOP-F3OD1NN: 1: process 0 exited without calling finalize
1: DESKTOP-F3OD1NN: 123
2: DESKTOP-F3OD1NN: 123
3: DESKTOP-F3OD1NN: 123
4: DESKTOP-F3OD1NN: 123
5: DESKTOP-F3OD1NN: 123
6: DESKTOP-F3OD1NN: 123
7: DESKTOP-F3OD1NN: 123
8: DESKTOP-F3OD1NN: 123
9: DESKTOP-F3OD1NN: 123
10: DESKTOP-F3OD1NN: 123
11: DESKTOP-F3OD1NN: 123
12: DESKTOP-F3OD1NN: 123
13: DESKTOP-F3OD1NN: 123
14: DESKTOP-F3OD1NN: 123
15: DESKTOP-F3OD1NN: 123
16: DESKTOP-F3OD1NN: 123
17: DESKTOP-F3OD1NN: 123
18: DESKTOP-F3OD1NN: 123
19: DESKTOP-F3OD1NN: 123
20: DESKTOP-F3OD1NN: 123
21: DESKTOP-F3OD1NN: 123
22: DESKTOP-F3OD1NN: 123
23: DESKTOP-F3OD1NN: 123
24: DESKTOP-F3OD1NN: 123
25: DESKTOP-F3OD1NN: 123
PS F:\YL\DEC-2>





CHO2008.reax如下
Reactive MD-force field: C/H/O               
39       ! Number of general parameters                                       
   50.0000 !Overcoordination parameter                                          
    9.5469 !Overcoordination parameter                                          
   26.5405 !Valency angle conjugation parameter                                 
    1.7224 !Triple bond stabilisation parameter                                 
    6.8702 !Triple bond stabilisation parameter                                 
   70.0000 !C2-correction                                                      
    1.0588 !Undercoordination parameter                                         
    4.6000 !Triple bond stabilisation parameter                                 
   12.1176 !Undercoordination parameter                                         
   13.3056 !Undercoordination parameter                                         
  -70.5044 !Triple bond stabilization energy                                    
    0.0000 !Lower Taper-radius                                                  
   10.0000 !Upper Taper-radius                                                  
    2.8793 !Not used                                                            
   33.8667 !Valency undercoordination                                          
    6.0891 !Valency angle/lone pair parameter                                   
    1.0563 !Valency angle                                                      
    2.0384 !Valency angle parameter                                             
    6.1431 !Not used                                                            
    6.9290 !Double bond/angle parameter                                         
    0.3989 !Double bond/angle parameter: overcoord                              
    3.9954 !Double bond/angle parameter: overcoord                              
   -2.4837 !Not used                                                            
    5.7796 !Torsion/BO parameter                                                
   10.0000 !Torsion overcoordination                                            
    1.9487 !Torsion overcoordination                                            
   -1.2327 !Conjugation 0 (not used)                                            
    2.1645 !Conjugation                                                         
    1.5591 !vdWaals shielding                                                   
    0.1000 !Cutoff for bond order (*100)                                       
    2.1365 !Valency angle conjugation parameter                                 
    0.6991 !Overcoordination parameter                                          
   50.0000 !Overcoordination parameter                                          
    1.8512 !Valency/lone pair parameter                                         
    0.5000 !Not used                                                            
   20.0000 !Not used                                                            
    5.0000 !Molecular energy (not used)                                         
    0.0000 !Molecular energy (not used)                                         
    2.6962 !Valency angle conjugation parameter                                 
  3    ! Nr of atoms; cov.r; valency;a.m;Rvdw;Evdw;gammaEEM;cov.r2;#            
            alfa;gammavdW;valency;Eunder;Eover;chiEEM;etaEEM;n.u.               
            cov r3;Elp;Heat inc.;n.u.;n.u.;n.u.;n.u.                           
            ov/un;val1;n.u.;val3,vval4                                          
C    1.3674   4.0000  12.0000   2.0453   0.1444   0.8485   1.1706   4.0000     
      9.0000   1.5000   4.0000  30.0000  79.5548   4.8446   7.0000   0.0000     
      1.1168   0.0000 181.0000  14.2732  24.4406   6.7313   0.8563   0.0000     
     -4.1021   5.0000   1.0564   4.0000   2.9663   0.0000   0.0000   0.0000     
H    0.8930   1.0000   1.0080   1.3550   0.0930   0.8203  -0.1000   1.0000     
      8.2230  33.2894   1.0000   0.0000 121.1250   3.7248   9.6093   1.0000     
     -0.1000   0.0000  61.6606   3.0408   2.4197   0.0003   1.0698   0.0000     
    -19.4571   4.2733   1.0338   1.0000   2.8793   0.0000   0.0000   0.0000
O    1.2450   2.0000  15.9990   2.3890   0.1000   1.0898   1.0548   6.0000     
      9.7300  13.8449   4.0000  37.5000 116.0768   8.5000   8.3122   2.0000     
      0.9049   0.4056  59.0626   3.5027   0.7640   0.0021   0.9745   0.0000     
     -3.5500   2.9000   1.0493   4.0000   2.9225   0.0000   0.0000   0.0000         
  6      ! Nr of bonds; Edis1;LPpen;n.u.;pbe1;pbo5;13corr;pbo6                  
                         pbe2;pbo3;pbo4;n.u.;pbo1;pbo2;ovcorr                  
  1  1  80.8865 107.9944  52.0636   0.5218  -0.3636   1.0000  34.9876   0.7769  
         6.1244  -0.1693   8.0804   1.0000  -0.0586   8.1850   1.0000   0.0000  
  1  2 180.6309   0.0000   0.0000  -0.4794   0.0000   1.0000   6.0000   0.6281  
        12.2202   1.0000   0.0000   1.0000  -0.0670   6.8158   0.0000   0.0000  
  2  2 153.3934   0.0000   0.0000  -0.4600   0.0000   1.0000   6.0000   0.7300  
         6.2500   1.0000   0.0000   1.0000  -0.0790   6.0552   0.0000   0.0000
  1  3 163.3110  83.9973  54.4316  -0.5220  -0.3123   1.0000  10.2503   1.0000  
         0.3553  -0.3757   7.0000   1.0000  -0.1331   4.6021   0.0000   0.0000  
  2  3 160.0000   0.0000   0.0000  -0.5725   0.0000   1.0000   6.0000   0.5626  
         1.1150   1.0000   0.0000   0.0000  -0.0920   4.2790   0.0000   0.0000  
  3  3 142.2858 145.0000  50.8293   0.2506  -0.1000   1.0000  29.7503   0.6051  
         0.3451  -0.1055   9.0000   1.0000  -0.1225   5.5000   1.0000   0.0000                 
  3    ! Nr of off-diagonal terms; Ediss;Ro;gamma;rsigma;rpi;rpi2               
  1  2   0.1200   1.3861   9.8561   1.1254  -1.0000  -1.0000
  1  3   0.1347   1.8343   9.7934   1.3139   1.1498   1.1039                    
  2  3   0.0283   1.2885  10.9190   0.9215  -1.0000  -1.0000  
  18   ! Nr of angles;at1;at2;at3;Thetao,o;ka;kb;pv1;pv2                        
  1  1  1  74.9085  44.7514   0.9144   0.0000   0.0050   0.3556   2.5715        
  1  1  2  68.0294  13.4722   5.5819   0.0000   0.6849   0.0000   1.0031        
  2  1  2  68.4575  22.1235   1.2937   0.0000   3.0000   0.0000   1.5009        
  1  1  3  15.7798   9.0805   4.0304   0.0000   1.8785  70.0000   1.1737        
  2  1  3  65.0000  13.4505   1.8249   0.0000   1.5646   0.0000   1.2173        
  3  1  3  74.7266  45.0000   1.8020 -16.7178   2.6091   0.1000   2.3556        
  1  2  2   0.0000   0.0000   6.0000   0.0000   0.0000   0.0000   1.0400        
  1  2  1   0.0000   7.5000   5.0000   0.0000   0.0000   0.0000   1.0400        
  1  2  3   0.0000  45.0000   3.0000   0.0000   1.0000   0.0000   1.0400        
  2  2  2   0.0000  27.9213   5.8635   0.0000   0.0000   0.0000   1.0400        
  2  2  3   0.0000   8.5744   3.0000   0.0000   0.0000   0.0000   1.0421        
  3  2  3   0.0000  15.0000   2.8900   0.0000   0.0000   0.0000   2.8774        
  1  3  1  76.7840  44.2266   0.9343   0.0000   1.3483   0.0000   1.8301        
  1  3  3  63.9120  17.1680   0.8751   0.0000   0.0693  50.9415   3.0000        
  1  3  2  79.6413  28.6488   0.3789   0.0000   1.6776   0.0000   1.0010        
  2  3  2  85.8000   9.8453   2.2720   0.0000   2.8635   0.0000   1.5800        
  2  3  3  79.5453  45.0000   2.1630   0.0000   3.0000   0.0000   1.2391        
  3  3  3  80.7324  30.4554   0.9953   0.0000   1.6310  50.0000   1.0783
  21   ! Nr of torsions;at1;at2;at3;at4;;V1;V2;V3;V2(BO);vconj;n.u;n            
  1  1  1  1   2.1207  26.8713   0.5160  -9.0000  -2.8394   0.0000   0.0000     
  1  1  1  2   1.4658  44.1251   0.4411  -5.3120  -2.1894   0.0000   0.0000     
  2  1  1  2   1.4787  40.5128   0.4396  -5.2756  -3.0000   0.0000   0.0000     
  1  1  1  3   0.9963  17.2365   0.1491  -2.5000  -1.0000   0.0000   0.0000     
  2  1  1  3   1.5159  28.6602   0.7169  -7.5489  -3.0000   0.0000   0.0000     
  3  1  1  3  -0.2000  23.6540  -1.0000  -5.9155  -1.1552   0.0000   0.0000     
  1  1  3  1   1.8231  46.5696  -1.0000  -3.0536  -3.0000   0.0000   0.0000     
  1  1  3  2   1.4836  80.0000   0.0363  -4.7349  -1.0000   0.0000   0.0000     
  2  1  3  1   0.5983  49.5033   0.7210  -3.4046  -1.6880   0.0000   0.0000     
  2  1  3  2  -0.2000  76.3511   1.0000  -4.0709  -1.0000   0.0000   0.0000     
  1  1  3  3  -0.2000   5.0000  -1.0000  -3.6523  -2.9000   0.0000   0.0000     
  2  1  3  3   2.5000  80.0000   1.0000  -2.6071  -3.0000   0.0000   0.0000     
  3  1  3  1  -0.2000  80.0000  -1.0000  -3.6863  -3.0000   0.0000   0.0000     
  3  1  3  2   2.5000  38.8954  -0.8368  -4.6681  -2.9000   0.0000   0.0000     
  3  1  3  3  -0.2000  78.1766   0.0250  -2.8895  -3.0000   0.0000   0.0000     
  1  3  3  1   2.5000   0.1000   1.0000  -2.6905  -2.7573   0.0000   0.0000     
  1  3  3  2   0.5241  69.2788  -1.0000  -4.4539  -2.8081   0.0000   0.0000     
  2  3  3  2   2.5000   0.1000  -0.4869  -2.8372  -1.0000   0.0000   0.0000     
  1  3  3  3   2.5000   0.1000   1.0000  -3.4298  -1.0000   0.0000   0.0000     
  2  3  3  3  -0.2000   0.1000  -1.0000  -3.5698  -1.0000   0.0000   0.0000     
  3  3  3  3  -0.2000   0.1000   1.0000  -3.8409  -1.0000   0.0000   0.0000                                       
  1    ! Nr of hydrogen bonds;at1;at2;at3;Rhb;Dehb;vhb1   
  3  2  3   2.1200  -3.5800   1.4500  19.5000                                

CHO2008.reax

9.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

力场文件

DEC.data

365.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

数据文件

DEC.in

1.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

in文件

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 20:13 , Processed in 0.242037 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list