如何利用martini力场构建蛋白与RNA的粗粒化模拟体系

yuk1kaze · 发表于 Post on 2025-4-8 13:48:02

参考martini官方的方法基于martini3力场成功构建了蛋白的粗粒化结构，但是官方网站虽然给出了核酸的力场参数itp文件，却没有给出从核酸的pdb文件转化为粗粒化结构的方法，只有基于martini2力场的方法，请问可以用martini3力场来构建模拟体系吗？

硕风 · 发表于 Post on 2025-7-9 11:51:12

同求

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[GROMACS] 如何利用martini力场构建蛋白与RNA的粗粒化模拟体系