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[综合交流] 密度着色散点图绘制脚本

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Level 5 (御坂)

吃猫咪的鱼

本帖最后由 imasen 于 2025-4-10 08:23 编辑

对于类似 Hirshfeld surface 指纹图(http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html) 这类依赖散点密度进行着色的绘图需求,如果希望尝试不同的色彩渐变效果,可以参考以下脚本。该脚本提供了完整的绘图流程,同时展示了 matplotlib 内置的多种颜色映射方案的视觉效果,方便对比和选择。

脚本链接(https://github.com/imasenHF/jupy ... _density_plot.ipynb
示例


以下是脚本中几个关键参数的简要说明:

  • bins = 150 — 网格数量(分辨率)
用于通过 np.histogram2d 将坐标空间划分为 150 × 150 的网格,以计算每个点的局部密度。值较大,分辨率更高,但密度色彩变化会不明显;
  • s = 8 — 散点大小
控制散点图中每个点的绘制大小(像素面积),通过 plt.scatter(x1, y1, s=8, ...) 设置。
  • cmap = 'Spectral_r' — 颜色映射方案
脚本中提供了可选的内置映射方案和示例。

用户可根据背景、审美和用途选择最合适的色彩方案。


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Uus/pMeC6H4-/キ + 3 赞!(想到我那VMD渐变色的帖了

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