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[CP2K] 求助为什么cp2k跑气相AIMD时硫酸和二甲胺不能形成团簇

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各位老师好,我用cp2k跑气相AIMD,体系是一个硫酸和一个二甲胺,我想看到两者形成团簇(如图理想情况),但是实际情况是两个分子越跑越远,没有形成团簇的迹象。我怀疑是分子数量太少于是改为了2个硫酸和2个二甲胺,但是原子直接跑散了。很想解决上述问题,感谢各位老师。

跑崩.png (31.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

原子跑散了

原子跑散了

跑远.png (16.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

两个分子跑远了

两个分子跑远了

理想情况.png (43.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

理想情况

理想情况

mix2.cif

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cp2k.inp

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sub_cp2k

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发表于 Post on 2025-4-10 16:13:58 | 只看该作者 Only view this author
可以试试体系周围加一个球形势函数限制分子运动范围

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-10 20:14:55 | 只看该作者 Only view this author
love_yy 发表于 2025-4-10 16:13
可以试试体系周围加一个球形势函数限制分子运动范围

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2025-4-10 20:44:27 | 只看该作者 Only view this author
这个需要大量轨线才能观察到吧,初始速度可以设置成相对的,使它们碰撞

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发表于 Post on 2025-4-11 01:56:25 | 只看该作者 Only view this author
跟分子数没关系
计算级别对弱相互作用描述不理想、温度太高、初始距离太远或相对朝向不理想等都可能导致无法结合。

建议先用genmer+molclus做构型搜索,以最稳定的二聚体结构当动力学的初始构型
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

CP2K用户没事甭用BLYP,要用便宜的纯泛函用PBE。并且没事甭用过时的Nose-Hoover热浴,一律用CSVR


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 10:10:34 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2025-4-10 20:44
这个需要大量轨线才能观察到吧,初始速度可以设置成相对的,使它们碰撞

感谢老师回答!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 10:26:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-11 01:56
跟分子数没关系
计算级别对弱相互作用描述不理想、温度太高、初始距离太远或相对朝向不理想等都可能导致无 ...

感谢老师,我尝试一下

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